测序数据质量控制:一键完成质量过滤、去重复与序列修剪

高通量测序在文库准备和测序过程中可能出现质量问题，如低质量碱基、特异序列干扰、3'/5'端错误、非特异性PCR扩增和接头污染等，这些问题会影响后续的序列比对和基因表达量估算。虽然部分问题可通过序列质控、去接头和误差校正等策略解决，但仍有一些潜在问题难以处理，需要对结果进行详细讨论。

目前有许多用于Read质量评估和预处理的软件。质量评估软件如FastQC和PRINSEQ，内置质量过滤标准并支持结果可视化，PRINSEQ还提供去接头功能；预处理软件则包括Trimmomatic、Cutadapt和FastX等。前面我们一起学习过FastQC、Trimmomatic、Cutdapt和Trim Galore，今天我们再来学习常用的软件PRINSEQ。它是2011年的开源工具，凭借其"评估-过滤-修复"三位一体的功能，已成为生物信息学领域的基础设施级软件。对其他几款工具感兴趣的同学可以参考以下推文（点击蓝色字体跳转）：

生信软件，就是赢家通吃：最佳FASTQ质控软件

都2025年了，谁还不会下一代测序（NGS）数据质控（三）

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