自己整理的ChIP seq分析步骤，大家谁有需要可以参考参考（持续更新）-CSDN博客

本文链接：https://blog.csdn.net/weshengxin/article/details/147525404

作者：Cy大学渣

Galaxy官方中国网站：https://usegalaxy.cn/

1.上传数据（实验组和对照组各两个文件），进入ChIP seq流程：https://usegalaxy.cn/workflows/run?id=16ca2e35a8c3c20a
水稻基因组大小：375049285（RAP）

2. 得到的结果有fastp（HTML）2个，Bowtie2（txt）2个，MarkDuplicates（BAM）2个，MACS2 callpeak（narrow peaks）（bed）1个（用于MEME-ChIP binding motif分析），MultiQC（html）1个；

3. 用ChIPseeker运行上述MACS2 callpeak（bed）结果，输出格式选择Tabular，得到：Annotated Peaks（interval）（下载保存）, Plots（pdf）（具体结合区域统计图）（下载保存）, Annotated Peaks（tabular）（包含所有结合基因的文件）（下载保存）；

4. 将BAM文件用bamCoverage运行，得到bigwig文件（IGV可视，下载保存）；

5. 热图及TSS结合统计图：用bamCompare处理BAM文件，“用于将最大样本缩放到最小样本的方法”选择“signal extranction scaling(SES), check with plotFingerprint before using it”，得到bigwig文件；然后用computeMatrix运行该bigwig文件，输出选项选择reference-point，上下游距离选择2500 bp；然后plotHeatmap对结果文件进行处理，“显示高级输出设置”选择yes，“图像文件格式”选择pdf，“图像分辨率”选择300 dpi，最终得到目的pdf（下载保存）。