在微生物研究中,质粒携带着抗生素耐药基因、毒力因子等,通过水平基因转移在不同菌株间传递。传统方法需要经过繁琐的质粒提取和测序验证,而MOB-Recon的出现,让研究者可以直接从基因组组装数据中快速锁定这些关键质粒。
MOB-Recon是MOB-Suite工具包中的一个模块,专门用于从基因组组装数据中识别和重构质粒序列。它基于质粒参考数据库,能够对输入的contigs进行分类,判断其是否为质粒序列,并提取完整的质粒序列。MOB-Recon还提供了详细的报告,包括contig的聚类信息、可能的复制子类型、松弛酶类型等,帮助研究人员更好地理解质粒的结构和功能。
功能特点
质粒序列识别
MOB-Recon内置权威质粒数据库,支持自动比对与分类,能够从基因组组装数据中准确识别质粒序列,即使质粒序列被整合到染色体中也能被检测到。
MOB-Recon通过以下创新实现了质粒重建的精准定位:
1. 数据库比对:依托全球最大的质粒参考数据库PLASDB(含超18,000个质粒序列),通过Mash算法快速锁定相似序列。
2. 染色体排除法:自动过滤已知染色体序列,精准识别整合型质粒(如文献中发现的染色体嵌入型mcr-1耐药质粒)
3. 移动