PBDB Data Service：Stratigraphy of fossil occurrences（化石产出地层学）

描述

此操作返回有关发现化石的地质地层的信息。您可以将相同的过滤参数传递给 occs/list 和 occs/strata，这将为您提供事件列表和按层划分的摘要。

用法

• /data1.2/occs/strata.json?base_name=Cetacea&interval=Miocene&textresult

{
"elapsed_time":0.0015,
"records": [
{"lth":"\"carbonate\",\"limestone\",\"mixed carbonate-siliciclastic\",\"shale\",claystone,conglomerate,grainstone,lime mudstone,marl,marl/sandstone,mudstone,phosphorite,radiolarite,sandstone,sandstone/claystone,sandstone/gravel,siltstone,tuff/\"siliciclastic\"","eag":7.246,"lag":0,"cc2":"AM,AO,AR,AT,AU,AZ,BA,BE,CH,CL,CZ,DE,DK,EG,ES,FR,GE,HR,HU,IR,IT,JP,KZ,MD,MG,MT,MX,NL,NZ,PE,PK,PL,PT,RO,RS,RU,SI,SK,TF,TR,TW,UA,UK,US,ZA","nco":362,"noc":737},
{"smb":"Aalten","lth":"\"siliciclastic\"","eag":15.97,"lag":13.82,"cc2":"NL","nco":1,"noc":2},
{"smb":"Eibergen","lth":"claystone","eag":13.82,"lag":11.62,"cc2":"NL","nco":2,"noc":43},
{"smb":"Sandberg","lth":"sandstone","eag":13.65,"lag":11.1,"cc2":"SK","nco":2,"noc":3},

参数

如果要检索已知所有产出列表的地层，可以使用以下参数

• occ_id：以逗号分隔的出现标识符列表。您可以改用参数名称 id。

以下参数可用于按各种条件选择匹配项

*除了特别说明外，您可以任意组合使用它们。*这些相同的参数都可用于选择出现次数、集合或相关的地层、参考或分类群。

• clust_id：返回仅与指定地理集群相关的记录。您可以指定一个或多个集群 ID，以逗号分隔。
• coll_match：返回与collection_name和collection_aka字段匹配的字符串。仅返回属于匹配的采集记录的产出记录。字符串可以包含通配符 % 和 _ 。事实上，除非你在字符串的开头和/或结尾加上%，否则你不会匹配到任何结果。
• coll_re：与coll_match相似，唯一不同在于此项接收正则表达式。你可以使用 | 二者或多者择一，可以使用包括 \ 在内的所有标准正则表达式。
• base_name：仅返回与特定分类名相关的记录，包括所有亚类群和异名。您可以用逗号分隔来指定多个名称。您可以使用 ^ 排除掉任意名称。例如，Osteichthyes^Tetrapoda 将会选择除Tetrapoda外的所有Osteichthyes记录。
• taxon_name：仅返回与特定分类名相关的记录，包括所有异名。您可以用逗号分隔来指定多个名称。名称可以包含通配符，但如果匹配到了不止一个名称，那么只会使用数据库中产出记录数量最多的那个。
• match_name：仅返回与特定分类名相关的记录。您可以用逗号分隔来指定多个名称。名称可以包含通配符 % 和 _ ，所有与匹配到的名称相关的产出记录都会返回。将会忽略掉异名。此项比起分类学匹配而言，更像是语法匹配。
• immediate：您可以与base_name，base_id或taxon_name一起设置此项。设置此项会忽略掉指定名称的异名。此参数不需要值，在请求中包含此参数即可。
• base_id：仅返回与特定分类名相关的记录，包括所有亚类群和异名。您可以用逗号分隔来指定多个ID。请注意，您最多可以指定taxon_name、taxon_id、base_name和 base_id之一。
• taxon_id：仅返回与特定分类名相关的记录，不包括亚类群和异名。您可以用逗号分隔来指定多个ID。
• exclude_id：排除掉与指定类群ID相关的分类名称或其下级名称。这是 **^**的另一种方式。
• idreso：选择与指定分类阶元匹配的产出记录，或将同属/同科的产出记录合并。可接受的值有：
  species：仅选择鉴定为种的产出记录
  genus：仅选择鉴定到属或种的产出记录
  family：仅选择鉴定到科或属或种的产出记录
  lump_genus：仅选择鉴定到属或种的产出记录，并将同一采集记录中同属的所有产出记录合并为单条记录
  lump_gensub*：仅选择鉴定到属或种的产出记录，并将同一采集记录中同属/亚属的所有产出记录合并为单条记录
• idtype：本参数决定如何处理重新鉴定的产出记录。可接受的值包括：
  latest：仅选择每项产出记录的最新鉴定，忽略掉其余鉴定。此值为默认值。
  orig：仅选择每项产出记录的原始鉴定，忽略掉其余鉴定。
  reid：选择被重新鉴定的产出记录的所有鉴定，包括原始鉴定。忽略数据库中没有重新鉴定记录的产出记录。这可能造成每项产出记录返回多条记录。注意，如果您指定了一个分类名称，那么不符合该名称的鉴定将被忽略。您可以通过按ID专门查询您感兴趣的产出记录来找到它们，加上idtype=all。
  all：选择所有匹配其他搜索参数的鉴定。这可能会导致为给定产出记录返回多条记录。
• idqual：此参数根据其分类修饰符选择或排除产出记录。允许的值包括：
  any： 选择所有匹配项，而不考虑修饰符。这是默认值。
  certain：排除用以下任何修饰符标记的所有匹配项：aff. / cf. / ? / “” / informal / sensu lato.
  genus_certain：类似certain，但只看属/亚属，忽略物种修饰符。
  uncertain：选择用以下任何修饰符标记的所有匹配项：aff. / cf. / ? / “” / informal / sensu lato.
  new：仅选择标有以下项之一的匹配项：n. gen. / n. subgen. / n. sp.
• idmod：此参数根据分类修饰符的任意组合选择或排除产出记录。如果您需要选择无法通过 idqual 获得的修饰符组合，则可以使用此参数和/或 idgen 和 idspc。您可以指定以下一个或多个代码，以逗号分隔。如果第一个前面是 ！那么他们被排除在外。否则，仅包括标有至少一个的产出记录：
  ns：n. sp.
  ng：n. gen. or n. subgen.
  af：aff.
  cf：cf.
  sl：sensu lato
  if：informal
  eg：ex gr.
  qm：question mark（?)
  qu：quotes（“”)
• idgenmod：此参数根据属和/或亚属名称上的分类修饰符的任意组合选择或排除产出记录。请参阅上面的 idmod。
• idspcmod：此参数根据物种名称上的分类修饰符的任意组合选择或排除产出记录。请参阅上面的 idmod。
• abundance：此参数仅选择具有特定种类丰度值的产出记录。接受的值为：
  count：仅选择丰度类型为’individuals’, ‘specimens’ ‘grid-count’, ‘elements’, or 'fragments’的产出记录
  coverage：仅选择丰度类型为“%-…”的产出记录
  any：仅选择具有某种类型丰度信息的产出记录
  您也可以附加一个冒号，后跟一个十进制数。这将仅选择丰度至少为指定最小值的产出记录。
• lngmin
• lngmax：仅返回当前经度在给定边界内的记录。如果指定其中一个参数，则必须同时指定这两个参数。如果提供的边界超出 -180° 到 180° 的范围，它们将被收缩到适当的范围内。例如，如果您指定 lngmin=270 和 lngmax=360，则查询将lngmin=-90 和 lngmax=0 进行处理。在这种情况下，查询结果中的所有经度值都将调整为落在您指定的实际数值范围内。
• latmin：仅返回当前纬度至少为给定值的记录。
• latmax：仅返回当前纬度最多为给定值的记录。
• loc：仅返回当前位置（经度和纬度）属于指定范围的记录，必须以 WKT 格式给出，坐标为经度和纬度值。
• plate：仅返回位于指定地质板块上的记录。如果此参数的值以 ！ 开头，则排除指定板块上的所有记录。如果此参数的值继续以 G 开头，则这些值将被解释为 GPlates 模型中的板块编号。如果是S，则这些值将被解释为 Scotese 模型中的板块编号。否则，它们将根据参数 pgm 的值进行解释。该值的其余部分必须是板块编号。
• pgm：指定返回古坐标时要使用的古地理模型。您可以从以下列表中指定一个或多个，以逗号分隔。如果未为此参数指定值，则默认模型为 gplates。
  gplates：Wright et. al., 2013; Towards community-driven paleogeographic reconstructions
  scotese：Scotese, C.R., 2021. An Atlas of Paleogeographic Maps: The Seas Come In and the Seas Go Out, Annual Reviews of Earth and Planetary Sciences, v. 49, p. 669-718
  seton：Seton et. al., 2012; Global continental and ocean basin reconstructions since 200 Ma
• pgs：指定是返回每个采集记录的年龄范围的开头、中间还是结尾的古坐标。可接受的值为：early, mid, late。您可以指定多个作为逗号分隔的列表。
• cc：仅返回位置在指定地理区域内的记录。此参数的值应为一个或多个双字符国家/地区代码和/或三个字符的洲代码作为逗号分隔的列表。如果参数值以 ！ 开头，则属于这些区域的记录将被排除而不是包括在内。任何以 ^ 开头的国家/地区代码都将从过滤器中减去。例如：
  ATA,AU：选择来自南极洲和澳大利亚的产出记录
  NOA,SOA,^AR,^BO：选择来自北美和南美的实例，但不包括阿根廷或玻利维亚
  !EUR,^IS：排除来自欧洲的产出记录，但来自冰岛的除外
• state：仅从指示为属于指定州或省的采集记录中返回产出记录。此信息不会记录所有采集记录，并且未检查其准确性。鉴于国家/地区之间有时会重复州名称，因此建议也使用 cc 参数指定国家/地区。
• county：仅返回指定属于指定县或其他次州级行政区划的采集记录中的产出记录。此信息不会记录所有采集记录，并且未检查其准确性。鉴于县名经常在州和国家/地区之间重复，建议您同时使用 state 参数指定州，并使用 cc 参数指定国家/地区。
• continent：仅返回地理位置在一个或多个指定大陆内的记录。此参数的值应为以逗号分隔的洲代码列表。此参数已弃用;请改用cc。
• strat：仅返回属于指定地质地层或地层内的记录。您可以指定多个，用逗号分隔。名称可以包括标准的SQL通配符 % 和 _ ，并且可以跟着’fm’，‘gp’，'mbr’中的任何一个。如果未给出这些后缀，则将选择所有匹配的地层名称。如果参数值以 ！ 开头，则与此层或地层关联的记录将被排除而不是包括在内。请注意，此参数仅通过字符串匹配进行解析。地层命名法目前在数据库中没有标准化，因此可能会出现拼写错误。
• formation：仅返回属于指定地层构造内的记录。此参数已弃用，请改用 strat。
• stratgroup：仅返回属于指定地层组内的记录。此参数已弃用，请改用 strat。
• member：仅返回属于指定地层成员的记录。此参数已弃用，请改用 strat。
• lithology：仅返回记录为来自任何指定岩性和/或岩性类型的记录。如果参数值字符串以 ！然后，将改为排除匹配的记录。如果符号 ^ 出现在任何岩性名称的开头，则所有后续值将从过滤器中减去。例如：carbonate,^bafflestone。
• envtype：仅返回记录为属于任何指定环境和/或环境区域的记录。如果参数值字符串以 ！然后，将改为排除匹配的记录。如果符号 ^ 出现在任何环境代码的开头，则将从筛选器中减去所有后续值。例如：terr,^fluvial,lacustrine or !slope,^carbonate。您可以指定以下一个或多个值作为逗号分隔的列表：
  terr：任何陆相环境
  marine：任何海相环境
  carbonate：碳酸盐环境
  silicic：硅碎屑环境
  unknown：未知或不确定的环境
  lacust：湖区
  fluvial：河流区
  karst：喀斯特地带
  terrother：其他陆地区域
  marginal：边缘海洋区
  reef：礁石区
  stshallow：浅潮下带
  stdeep：深潮下带
  offshore：近海区
  slope：斜坡/盆地区
  marindet：海洋不确定区
• interval_id：仅返回其时间在给定的地质时间间隔内（由数字标识符指定）的记录。如果指定多个间隔，则使用的时间范围将从最早指定间隔的开始到最晚指定间隔的结束的连续时间段。
• interval：仅返回其时空位置在命名的地质时间间隔内（由名称指定）内的记录。您可以指定多个间隔，用逗号或短划线分隔。如果指定多个间隔，则使用的时间范围将从最早指定间隔的开始到最晚指定间隔的结束的连续时间段。
• min_ma：仅返回其时间位置至少为此的记录，单位为Ma。
• max_ma：仅返回其时间位置至多为此的记录，单位为Ma。
• timerule：根据指定的规则解析时空位置，如下所示。对于多样性输出，此规则应用于将每个匹配项放入一个或多个时态条柱中，或者在与任何条柱不匹配时忽略该项。可用的规则包括：
  contain：仅选择其时空位置严格包含在指定时间范围内的记录。这是最严格的规则。对于多样性输出，此规则保证每个匹配项最多落入一个时态图格，但许多实例将被忽略，因为它们的时间位置太宽而无法落入任何条柱中。
  major：仅选择至少 50% 的时态位置范围落在指定时间范围内的记录。对于多样性输出，此规则还保证每个匹配项最多落入一个时态条柱。许多匹配项将被忽略，因为它们的时间位置宽度是任何重叠条柱的两倍多，但忽略的次数少于contain规则。这是默认时间规则，除非您专门选择一个时间规则。
  buffer：仅选择其时间位置与指定时间范围重叠且完全位于此范围周围的“缓冲区”内的记录。这个缓冲区默认为古生代和中生代的1200万年，新生代的默认值为500万年。您可以使用参数timebuffer和late_buffer覆盖缓冲区宽度。对于多样性输出，某些事件将计为落入多个箱中。某些事件仍将被忽略，但比上述规则要少。
  overlap：仅选择其时态位置与指定时间范围重叠任意数量的记录。这是最宽松的规则。对于多样性输出，将计算所有产出记录。许多人将被计入多个条箱中。
• timebuffer：解析时间局部性时覆盖默认缓冲期。该值必须以数百万年为单位给出。仅当timerule设置为buffer时，此参数才相关。
• latebuffer：解析时间局部性时，覆盖时间范围结束时的默认缓冲期。这允许缓冲区在间隔的后期与在早期结束时不同。该值必须以数百万年为单位给出。仅当timerule设置为buffer时，此参数才相关。
• occs_created_before：仅选择与在指定日期或日期/时间之前创建的事件关联的记录。
• occs_created_after：仅选择与在指定日期或日期/时间之后创建的事件关联的记录。
• occs_modified_before：仅选择与在指定日期或日期/时间之前修改的事件关联的记录。
• occs_modified_after：仅选择与在指定日期或日期/时间之后修改的事件关联的记录。
• occs_authorized_by：仅选择与指定人员授权的事件关联的记录，这些事件由名称或标识符指示。
• occs_entered_by：仅选择与指定人员输入的由名称或标识符指示的事件关联的记录
• occs_modified_by：仅选择与指定人员修改的事件关联的记录，这些事件由名称或标识符指示
• occs_touched_by：仅选择与指定人员授权、输入或修改的事件关联的记录，这些事件由名称或标识符指示
• occs_authent_by：仅选择与由指定人员授权或输入的事件关联的记录，这些事件由名称或标识符指示
• ref_id：仅选择从指定的引用列表之一（由引用标识符指示）中输入的记录。您可以输入多个标识符，以逗号分隔的列表形式。
• ref_author：仅选择从任何作者与指定名称匹配的参考文献中输入的记录。您可以使用以下任一模式指定名称：Smith，J. Smith，**J. Smith and S. Jones
  **。最后一个表单仅选择两个名称都按任意顺序列为作者的参考文献。可以使用 % 和 _ 作为通配符，但每个名称必须至少包含一个字母。您可以包含多个名称或名称对，以逗号分隔。在这种情况下，将选择与其中任何一条匹配的记录。
• ref_primary：仅选择从主要作者与指定姓名匹配的参考文献中输入的记录（见上ref_author）。如果你给出一个像史密斯和琼斯这样的名字，那么只有当史密斯是主要作者并且琼斯也是作者时，才会选择参考文献。您可以包含多个名称或名称对，以逗号分隔。在这种情况下，将选择与其中任何一条匹配的记录。
• ref_pubyr：仅选择从指定年份或年份范围内发布的参考文献中输入的记录。参数值必须与以下模式之一匹配：2000，1990-2000，1990-，-2000。
• ref_title：仅选择从标题与指定单词匹配的引用中输入的记录。可以使用 % 和 _ 作为通配符，但该值必须至少包含一个字母。
• pub_title：仅选择从出版物中标题与指定单词匹配的参考文献中输入的记录。可以使用 % 和 _ 作为通配符，但该值必须至少包含一个字母。
• ref_abbr：仅选择其缩写与指定单词匹配的引用。可以使用 % 和 _ 作为通配符，但该值必须至少包含一个字母。这在按馆藏首字母缩略词搜索博物馆藏品时特别有用。
• pub_abbr：仅从缩写与指定单词匹配的出版物中选择引用。可以使用 % 和 _ 作为通配符，但该值必须至少包含一个字母。这在按机构首字母缩略词搜索博物馆藏品时特别有用。
• pub_type：仅选取指定类型的参照。您可以从以下列表中指定一个或多个，以逗号分隔：unpublished，journal article，serial monograph，book，book chapter，book/book chapter，abstract，guidebook，compendium，news article，Ph.D. thesis，M.S. thesis，instcoll。
• is_private：仅选择标记为私人收藏的博物馆馆藏参考，如果指定了值“no”，则排除这些参考。
• ref_doi：仅选择从具有任何指定数字对象标识符的参考文献中输入的记录。您可以指定一个或多个，以逗号分隔。

以下参数可用于生成数据存档

最简单的方法是使用下载生成器表单。

• archive_title：此参数的值指示使用指定的标题创建存档，除非已存在存档。
• archive_replace：此参数的 true 值指示如果存在具有指定标题的现有存档，则其内容应替换为当前请求的输出。如果没有此参数，如果指定的标题与现有记录匹配，则将返回错误代码E_EXISTING。如果现有记录具有 DOI，则将返回错误E_IMMUTABLE，并且无法覆盖。
• archive_authors：此参数的值（如果有）将放入已创建或更新的存档记录的“作者”字段中。
• archive_desc：此参数的值（如果有）将放入已创建或更新的存档记录的“描述”字段中。

以下参数可用于选择要检索的额外信息，以及要获取记录的顺序

• show：此参数用于选择要返回的其他信息以及每个匹配项的基本记录。其值应为以下一项或多项，以逗号分隔：coords——每个层中所选出现的地理边界（纬度和经度）
• order：指定返回结果的顺序。您可以指定多个以逗号分隔的值，每个值都可以追加 .asc 或 .desc。接受的值为：name：结果按编队名称排序，按字母顺序排序。max_ma：结果按时间顺序按年龄从大到小排序，除非您添加 .asc。min_ma：结果按时间顺序按较晚的年龄界限，从最老到最年轻排序，除非您添加 .asc。n_occs：结果按出现次数降序排序，除非您添加 .asc。如果未指定顺序，则按名称的字母顺序对结果进行排序。

当然还可以使用任何特殊参数，请参阅PBDB Data Service：Special parameters（特殊参数）。

方法

这个数据服务接受以下HTTP方法：GET，HEAD。

响应结果

使用此操作对HTTP请求的响应将包含以下列表中的字段。

1：basic

字段名（pbdb）	字段名（com）	描述
record_type	typ	此记录的类型：“str”表示层
group	sgr	在其中找到事件的组的名称
formation	sfm	发现事件的地层的名称
member	smb	在其中找到实例的成员的名称
lithology	lth	数据库中记录的该地层的岩性测井（如果有）。
max_ma	eag	与所选地点相关的地质时间范围的早期界限（以Ma为单位）
min_ma	lag	与所选地点关联的地质时间范围的后期界限（以Ma为单位）
cc_list	cc2	找到此层的国家/地区代码的逗号分隔列表
n_colls	nco	数据库中来自该层的化石集合的数量，这些化石集合包含所选集合中的实例，并被列为该层的一部分
n_occs	noc	数据库中被列为该地层一部分的化石出现次数

2：coords

字段名（pbdb）	字段名（com）	描述
lng_min	lx1	此层中选定出现的最小经度
lng_max	lx2	此层中选定实例的最大经度
lat_min	ly1	此层中选定出现的最小纬度
lat_max	ly2	此层中选定出现项的最大纬度

格式

以下响应格式可用于此操作。必须通过向 URI 路径添加适当的后缀来为请求选择所需的格式。

格式	后缀	文档
JSON	.json	JSON format
Comma-separated text	.txt	Text formats
Comma-separated text	.csv	Text formats
Tab-separated text	.tsv	Text formats

术语表

术语表	名称	默认格式	描述
PaleobioDB field names	pbdb	txt, csv, tsv	PBDB词汇表来自数据库中的基础字段名和值，并增加了一些新字段。在大多数情况下，使用此词汇表的响应将直接与从PBDB Classic接口下载的响应相比较。此词汇表是Text格式响应的默认词汇。
Compact field names	com	json	Compact词汇表是一组3个字符的字段名，旨在将响应消息的大小最小化。这是JSON格式响应的默认值。一些字段值被类似地简化，而其他字段值则被完整地传递。