PBDB Data Service：Single fossil occurrence（单条化石产出记录）

描述

本操作将根据ID标识符返回一个化石产出记录数据。根据您选择的输出模块，返回值将包含一些描述化石产出记录的字段和一些包含此化石产出记录的采集记录。

用法

给出了两个示例：

1. /data1.2/occs/single.json?id=1001&show=loc
2. /data1.2/occs/single.txt?id=1001&show=loc,crmod

参数

1：以下参数决定检索的化石记录（occ_id）

• occ_id：您希望检索的化石产出记录的ID或re-ID。此参数是必需的。也可以使用参数名id。如果此参数的值是一个数字标识符或occ类型的扩展标识符，则将返回指定化石产出记录的最新标识ID。如果它是rei类型的标识符，那么将返回指定的重新标识。

2：以下可选参数有时作用巨大（idtype）

• idtype：如果此参数值为orig，则会返回指定化石产出记录的原始ID。这将覆盖任何特定重定向标识的规范。

3：以下参数用于决定检索的信息

• pgm：指定估算古坐标时使用的古地理模型。您可以从以下模型中选择其一或选择多个（用逗号分隔）。如果您没有指定此参数，默认模型是gplates。
  1. gplates：Wright et. al., 2013; Towards community-driven paleogeographic reconstructions
  2. scotese：Scotese, C.R., 2021. An Atlas of Paleogeographic Maps: The Seas Come In and the Seas Go Out, Annual Reviews of Earth and Planetary Sciences, v. 49, p. 669-718.
  3. seton：Seton et. al., 2012; Global continental and ocean basin reconstructions since 200 Ma
• show：此参数用于选择要返回的每次化石产出记录的基本记录外的附加信息。参数值可以从下列中选择其一或选择多个（用逗号分隔）。
  1. full：返回化石产出记录所有附加信息的简写。目前包括以下区块：attr, class, plant, abund, coords, coll loc, paleoloc, prot, stratext, lithext, geo, comps, methods, ctaph, ecospace, ttaph, refattr。如果化石产出记录里增加了新数据块，full也会将其包含在内。如果您要构建一个URL，加入show=full是一个不错的选择。
  2. acconly：过滤掉化石产出记录的冗余分类ID，只显示学术接受名。
  3. attr：化石产出记录学术接受名的属性信息（作者和年份）。
  4. class：化石产出记录的分类学信息：门、纲、目、科、属。
  5. classext：近似class，还返回相应分类阶元的ID。
  6. genus：化石产出记录归属的属名，如果该记录有属级信息。但是当使用了class或classext，本区块就是冗余的。
  7. subgenus：如果该记录有的话，显示属级和亚属信息。此区块可以在class或classext外显示亚属信息，或者替换genus以同时显示属级和亚属信息。
  8. ident：显示化石产出记录分类学鉴定的独立成分。这些值对应于基本记录中的identified_name值，因此很少需要此额外部分。
  9. rem：关于化石产出记录的任何备注
  10. img： 与此分类单元相关联的图像标识符(如果有)。这些图片来自phylopic.org。
  11. plant：与化石产出记录相关的植物组织（如果有的话）。如果不是植物化石，此区块字段为空。
  12. abund：化石产出记录在采集记录里的丰度信息。
  13. ecospace：关于这种生物所占据的生态位信息。仅有少数类群的此区块含值。在此查看该参数返回值的列表。
  14. ttaph：埋葬学信息。也可以使用别名taphonomy。在此查看该参数返回值的列表。
  15. etbasis：注释输出块ecospace，指示每条信息在哪个分类级别输入。
  16. coll：发现化石产出记录的采集记录名称，以及备注。
  17. coords：化石产出记录的经纬度。
  18. loc：化石产出记录的地理位置的其他信息。
  19. bin：采集记录归属的地理集列表。
  20. paleoloc：化石产出记录的古地理坐标，计算依赖于pgm指定的模型。
  21. prot：指示化石产出记录师傅位于保护区。
  22. time：化石产出记录的时区信息。
  23. timebins：根据请求化石产出记录的时间规则，显示一个时间箱列表。通过timerule选择一个时间规则，默认是major。
  24. timecompare：类似timebins，但会显示所有时间规则下的信息。
  25. strat：化石产出记录的地层背景基本信息。
  26. stratext：化石产出记录的地层背景详细信息。包含strat及额外字段。
  27. lith：化石产出记录的岩性背景基本信息。
  28. lithext：化石产出记录的岩性背景详细信息。包含lith及额外字段。
  29. methods：采集时使用的方法。
  30. env：化石产出记录的古环境。
  31. geo：化石产出记录的地理背景信息（包含env）。
  32. ctaph：化石产出记录的埋葬学和保存情况信息。
  33. comps：化石记录不同碎片和相关采集记录中的碎片。
  34. ref：化石产出记录的原始文献，格式化文本。如果没有原始文献，那么显示相关采集记录的原始文献。
  35. refattr：原始文献的信息，作者和年份。
  36. resgroup：化石产出记录和采集记录的研究团队。
  37. ent：命名、录入和编辑化石产出记录的人员ID。
  38. entname：录入和编辑化石产出记录的人名。
  39. crmod：化石产出记录的created和modified时间戳。

当然还可以使用任何特殊参数，请参阅PBDB Data Service：Special parameters（特殊参数）。

方法

这个数据服务接受以下HTTP方法：GET，HEAD。

响应结果

使用此操作对HTTP请求的响应将包含以下列表中的字段。区块basic是一直显示的。其他的可以使用参数show来选择。

1：basic

字段名（pbdb）	字段名（com）	描述
occurrence_no	oid	标记化石产出记录的唯一的正整数
record_type	typ	对象的类型：occ表示化石产出记录
reid_no	eid	如果该事件被重新标识，则为该重新标识提供唯一标识符。
flags	flg	对于大多数记录，此字段将为空。否则，它将包含一个或多个以下字母：R——这种鉴定已经被一个更近的鉴定所取代。换句话说，这种情况被重新确认了；I——这个鉴定是遗迹分类群；F——这个鉴定是形式分类群
collection_no	cid	与此发生关联的采集记录的标识符。
permissions	prm	此记录的可访问性。如果为空，则该记录是公共的。否则，这条记录的值将是以下之一：members：只有数据库成员才能访问该记录；authorizer：该记录可被其授权组以及获得许可的任何其他授权组访问；group(…)：该记录仅供指定研究小组的成员查阅。
identified_name	idn	化石产出记录标识的分类学名称。如果该字段与accepted_name的值相同，则com术语表中的响应将省略该字段。
identified_rank	idr	所标识名称的分类等级，如果可以确定的话。如果与accepted_rank的值相同，则com术语表中的响应将省略该字段。
identified_no	iid	已识别的分类名称的唯一标识符。如果为空，则该名称从未进入存储在该数据库中的分类层次结构，并且我们没有关于该化石产出记录分类的进一步信息。
difference	tdf	如果标识的名称与接受的名称不同，则此字段给出原因。例如，如果标识的名称是初级同义词或命名，或者物种被重新组合，或者标识的拼写错误，则会出现此字段。
accepted_name	tna	该字段的值将是与标识的名称相对应的可接受的分类名称。
accepted_rank	rnk	公认名称的分类等级。如果识别的名称是一个名词或无效的，或者识别的名称没有完全输入到这个数据库的分类层次结构中，那么这可能与识别的等级不同。
accepted_no	tid	此数据库中接受的分类法名称的唯一标识符。
early_interval	oei	与此化石产出记录相关的特定地质时间范围(不一定是标准区间)，或者如果给出了late_interval，则是该范围开始的区间
late_interval	oli	结束与此化石产出记录相关的特定地质时间范围的区间，如果与early_interval的值不同
max_ma	eag	与此发生相关的地质时间范围的早期界值(Ma)
min_ma	lag	与此发生相关的地质时间范围的晚期界限(Ma)
reference_no	rid	输入此数据的引用的标识符

2：attr

字段名（pbdb）	字段名（com）	描述
accepted_attr	att	接受名的属性(作者和年份)

3：refattr

字段名（pbdb）	字段名（com）	描述
ref_author	aut	输入该数据的参考文献的作者。
ref_pubyr	pby	输入该数据的参考文献发表的年份

4：class

字段名（pbdb）	字段名（com）	描述
phylum	phl	分类阶元：门
class	cll	分类阶元：纲
order	odl	分类阶元：目
family	fml	分类阶元：科
genus	gnl	分类阶元：属

5：classext

字段名（pbdb）	字段名（com）	描述
phylum_no	phn	门的ID
class_no	cln	纲的ID
order_no	odn	目的ID
family_no	fmn	科的ID
genus_no	gnn	属的ID
subgenus_no	sgn	亚属的ID

6：genus

字段名（pbdb）	字段名（com）	描述
genus	gnl	分类阶元：属

7：ident

字段名（pbdb）	字段名（com）	描述
primary_name	idg	鉴定化石记录的分类学名称(少数)。这通常是一个属，但可能是一个更高的分类阶元。
primary_reso	rsg	primary_name的分辨率，例如：sensu lato或n. gen.
subgenus_name	idf	鉴定化石记录的亚属名称(如果有)
subgenus_reso	rsf	subgenus_name的分辨率，例如：aff.或n. subgen.
species_name	ids	鉴定化石记录的种名称(如果有)
species_reso	rss	species_name的分辨率，例如：cf.或 n.sp.

8：rem

字段名（pbdb）	字段名（com）	描述
occurrence_comments	ocm	关于此化石记录的其他注释，如果有的话。

9：img

字段名（pbdb）	字段名（com）	描述
image_no	img	如果这个值是非零，你可以使用它来构造图像url，使用taxa/thumb和taxa/icon。

10：plant

字段名（pbdb）	字段名（com）	描述
plant_organ	pl1	与化石记录有关的植物器官，如果有的话。这个字段将是空值，除非记录的是植物化石。
plant_organ2	pl2	与化石记录相关的附加植物器官。

11：abund

字段名（pbdb）	字段名（com）	描述
abund_value	abv	化石记录在其采集记录中的丰度
abund_unit	abu	丰度单位

12：ecospace

字段名（pbdb）	字段名（com）	描述
taxon_environment	jev	发现这种生命形式的一般环境或环境。参阅生态学和埋葬学术语
environment_basis	jec	指定从其中继承环境信息的分类。
motility	jmo	生物是否有运动、附着和/或附生，以及它的运动方式(如果有的话)。参阅生态学和埋葬学术语
life_habit	jlh	这种生物的一般生活方式和位置。参阅生态学和埋葬学术语
vision	jvs	这种生物拥有的视觉程度。参阅生态学和埋葬学术语
diet	jdt	这种生物的一般饮食或摄食方式。参阅生态学和埋葬学术语
reproduction	jre	这种生物的繁殖方式。参阅生态学和埋葬学术语
ontogeny	jon	简要描述这种生物的个体发生。参阅生态学和埋葬学术语
ecospace_comments	jcm	如果有其他关于生态空间的评论的话。

13：etbasis

字段名（pbdb）	字段名（com）	描述
motility_basis	jmc	指定为其设置运动信息的分类群。埋藏学和生态空间信息继承自父类群，除非设置了特定的值。
life_habit_basis	jhc	指定为其设置生活习惯信息的分类单元。参见上面的motitiy_basis。只有在ecospace区块也包含的情况下，这些字段才会被包含。
vision_basis	jvc	指定为其设置视觉信息的分类单元。参见上面的motitiy_basis。只有在ecospace区块也包含的情况下，这些字段才会被包含。
diet_basis	jdc	指定为其设置饮食信息的分类单元。参见上面的motitiy_basis。只有在ecospace区块也包含的情况下，这些字段才会被包含。
reproduction_basis	jrc	指定为其设置繁殖信息的分类单元。参见上面的motitiy_basis。只有在ecospace区块也包含的情况下，这些字段才会被包含。
ontogeny_basis	joc	指定为其设置个体发育信息的分类单元。参见上面的motitiy_basis。只有在ecospace区块也包含的情况下，这些字段才会被包含。
taphonomy_basis	jtc	指定为其设置埋葬信息的分类。参见上面的motitiy_basis。只有在ecospace区块也包含的情况下，这些字段才会被包含。

14：ttaph

字段名（pbdb）	字段名（com）	描述
composition	jco	这种生物骨骼部分的组成。参阅生态学和埋葬学术语
architecture	jsa	内部骨骼结构。参阅生态学和埋葬学术语
thickness	jth	表明骨骼的相对厚度。参阅生态学和埋葬学术语
reinforcement	jsr	显示骨骼加固。参阅生态学和埋葬学术语

15：coll

字段名（pbdb）	字段名（com）	描述
collection_name	cnm	标识采集记录的任意名称，不一定是唯一的
collection_subset	cns	如果此记录是另一记录的一部分，此字段指明是哪一部分
collection_aka	aka	化石记录的替代名称，或关于它的附加注释。

16：coords

字段名（pbdb）	字段名（com）	描述
lng	lng	化石记录的经度(度)
lat	lat	化石记录的纬度(度)

17：loc

字段名（pbdb）	字段名（com）	描述
cc	cc2	该化石记录所在的国家，编码为ISO-3166-1 alpha-2
state	stp	化石记录所在的州或省(如果已知)
county	cny	化石记录所在的县或市，如果知道的话
latlng_basis	n/a	所报告的化石记录位置的基础
latlng_precision	n/a	化石记录坐标的精度。按上面的链接查看代码值列表。
n/a	prc	表示地理坐标的基础和精度的两字母代码。在使用紧凑术语表的响应中，将报告此字段，而不是latlng_basis和latlng_precision。按上面的链接查看代码值列表。
geogscale	gsc	化石记录的地理刻度
geogcomments	ggc	关于化石记录地理位置的附加注释

18：bin

字段名（pbdb）	字段名（com）	描述
bin_id_3	lv3	化石记录或集群所在的三级集群的标识
bin_id_2	lv2	化石记录或集群所在的二级集群的标识
bin_id_1	lv1	化石记录或集群所在的一级集群的标识

19：paleoloc

字段名（pbdb）	字段名（com）	描述
paleomodel	pm1	由参数pgm指定的主要模型。此字段仅在指定多个模型时包含。
geoplate	gpl	根据参数pgm所表示的初级模型来评价化石记录所在的地质板块的标识符。这可能是一个数字或一个字符串。
paleoage	ps1	指示这些古坐标是否在每个化石记录的年龄范围的早期、中期或晚期计算
paleolng	pln	根据参数pgm*所表示的原始模型，对化石记录的古经度进行了计算。
paleolat	pla	根据参数pgm表示的原始模型，对化石记录的古纬度进行了计算。
paleoage_b	ps1_b	交互年龄选择器
paleolng_b	pln_b	对应于交互年龄选择器的古经度
paleolat_b	pla_b	对应于交互年龄选择器的古纬度
paleoage_c	ps1_c	交互年龄选择器
paleolng_c	pln_c	对应于交互年龄选择器的古经度
paleolat_c	pla_c	对应于交互年龄选择器的古纬度
paleomodel2	pm2	由参数pgm指定的替代模型。此字段仅在指定多个模型时包含。也可能有paleomodel3等。
geoplate2	gp2	一个替代的地质板块标识符，如果pgm参数表明一个以上的模型。也可能有geoplate3等。
paleoage2	ps2	指示第二个古坐标是在每个化石记录的早期、中期还是晚期计算的
paleolng2	pln2	如果pgm*参数表明有多个模型，则为集合提供一个替代的古经线。也可能有paleolng3等。
paleolat2	pla2	如果pgm参数表明有多个模型，则为集合提供一个替代的古纬度。也可能有paleolat3等。
paleoage2_b	ps2_b	交互年龄选择器
paleolng2_b	pln2_b	对应于交互年龄选择器的古经度
paleolat2_b	pla2_b	对应于交互年龄选择器的古纬度
paleoage2_c	ps2_c	交互年龄选择器
paleolng2_c	pln2_c	对应于交互年龄选择器的古经度
paleolat2_c	pla2_c	对应于交互年龄选择器的古纬度

20：prot

字段名（pbdb）	字段名（com）	描述
cc	cc2	该化石记录所在的国家，编码为ISO-3166-1 alpha-2
protected	ptd	化石记录所在土地的受保护状态(如已知)。

21：time

字段名（pbdb）	字段名（com）	描述
cx_int_no	cxi	所选时间尺度中覆盖与化石记录或集群关联的整个时间范围的最特定的单个间隔的标识符。

22：timebins

字段名（pbdb）	字段名（com）	描述
time_bins	tbl	根据为此操作选择的时间规则，将此化石记录或集合放置到其中的时间间隔列表。您可以通过包含datainfo参数来查看选择了哪条规则。值为 - 表示时间范围太大，无法匹配该时间规则下的任何bin。

23：timecompare

字段名（pbdb）	字段名（com）	描述
time_contain	tbc	根据contain时间规则，将化石记录或集合放置到其中的时间间隔列表，或者 - 如果范围太大。
time_major	tbm	根据major时间规则，将化石记录或集合放置到其中的时间间隔列表，或者 - 如果范围太大。
time_buffer	tbb	根据buffer时间规则，将化石记录或集合放置到其中的时间间隔列表，或者 - 如果范围太大。
time_overlap	tbo	根据overlap时间规则，将化石记录或集合放置到其中的时间间隔列表

24：strat

字段名（pbdb）	字段名（com）	描述
formation	sfm	化石记录所在的地层（如果已知）
stratgroup	sgr	化石记录所在的地层组（如果已知）
member	smb	化石记录所在的地层成员（如果已知）

25：stratext

字段名（pbdb）	字段名（com）	描述
stratscale	ssc	该采集记录涵盖的地层范围
zone	szn	采集记录所在的地层带（如果已知）
localsection	stratext	采集记录所在的地层部分（如果已知）
localbed	slb	采集记录所在的岩床（如果已知）
localbedunit	slu	计算岩床时使用的计量单位
localorder	slo	描述当地岩床的顺序（如果已知）
regionalsection	srs	采集记录所在的局部地层（如果已知）
regionalbed	srb	采集记录所在的局部岩床（如果已知）
regionalbedunit	sru	计算局部岩床时使用的计量单位
regionalorder	sro	描述局部岩床的顺序（如果已知）
stratcomments	scm	关于采集记录地层背景的其他评论（如果有的话）

26：lith

字段名（pbdb）	字段名（com）	描述
lithdescript	ldc	对采集记录地点岩性方面的详细说明
lithology1	lt1	为采集记录地点描述的第一个岩性;该数据库每个化石记录最多可以代表两种不同的岩性
lithification1	lf1	为该遗址描述的第一个岩性的岩化状态
minor_lithology1	lm1	与该遗址描述的第一个岩性相关的次要岩性
lithology2	lt2	为采集地点描述的第二种岩性（如果有）
lithification2	lf2	为该地点描述的第二岩性的岩化状态。有关值，请参见上文。
minor_lithology2	lm2	与该遗址描述的第二种岩性相关的次要岩性（如果有的话）

27：lithext

字段名（pbdb）	字段名（com）	描述
lithadj1	la1	描述第一种岩性的形容词
fossilsfrom1	ff1	化石是否取自第一个描述的岩性
lithadj2	la2	描述第二岩性的形容词（如果有的话）
fossilsfrom2	ff2	化石是否取自第二个描述的岩性

28：methods

字段名（pbdb）	字段名（com）	描述
collection_type	cct	化石记录的类型或用途。
collection_methods	ccx	所采用的一个或多个方法。
museum	ccu	收藏标本的博物馆。
collection_coverage	ccv	存在但未具体列出的化石。
collection_size	ccs	实际收集的化石数量。
rock_censused	ccr	岩石数量。
collectors	ccc	采集人的名字
collection_dates	ccd	收集完成的日期。
collection_comments	ccm	关于收集方法的评论。
taxonomy_comments	tcm	关于发现内容的分类的评论。

29：env

字段名（pbdb）	字段名（com）	描述
environment	env	与采集地点相关的古环境

30：geo

字段名（pbdb）	字段名（com）	描述
environment	env	采集遗址的古环境
tectonic_setting	tec	采集地点的构造环境
geology_comments	gcm	关于收集地点地质的一般评论

31：ctaph

字段名（pbdb）	字段名（com）	描述
pres_mode	tpm	该字段报告PBDB收集表上的“保存”选项卡中的保存，发生和矿化模式。
preservation_quality	tpq	保留了解剖细节的质量。
spatial_resolution	tps	保存信息的空间分辨率。
temporal_resolution	tpt	保存信息的时间分辨率。
lagerstatten	tpl	在此采集记录中找到的lagerstätten类型。
concentration	tpc	该收藏中发现的化石的丰度
orientation	tpo	该收藏中发现的化石的方向。
abund_in_sediment	tpa	沉积物丰度
sorting	tpr	尺寸排序程度
fragmentation	tpf	碎片化程度
bioerosion	tpb	生物侵蚀程度
encrustation	tpe	结壳程度
preservation_comments	pcm	保存注释（如果有）。

32：comps

字段名（pbdb）	字段名（com）	描述
assembl_comps	cps	在此采集记录中找到的大小类。此字段的值将是以下一项或多项：macrofossils, mesofossils, microfossils
articulated_parts	cpa	该采集记录中连接身体部位的丰度。
associated_parts	cpb	此采集记录中相关身体部位的丰度。
common_body_parts	cpc
rare_body_parts	cpd	此采集记录中罕见的身体部位列表。
feed_pred_traces	cpt	在此采集记录中找到的觅食/捕食痕迹的列表（如果有）。
artifacts	cpf	在此采集记录中找到的项目列表（如果有）。
component_comments	acm	组分的注释（如果有）

33：ref

字段名（pbdb）	字段名（com）	描述
primary_reference	ref	与此记录关联的主要引用（作为格式化文本）

34：resgroup

字段名（pbdb）	字段名（com）	描述
research_group	rgp	与此馆藏相关的研究小组（如果有）。

35：ent

字段名（pbdb）	字段名（com）	描述
authorizer_no	ati	授权输入此记录的人员的标识符
enterer_no	eni	实际输入此记录的人员的标识符。
modifier_no	mdi	上次修改此记录的人员的标识符（如果已修改）。

36：entname

字段名（pbdb）	字段名（com）	描述
authorizer_no	ati	授权输入此记录的人员的标识符
enterer_no	eni	实际输入此记录的人员的标识符。
modifier_no	mdi	上次修改此记录的人员的标识符（如果已修改）。
authorizer	ath	授权输入此记录的人员的姓名
enterer	ent	实际输入此记录的人员的姓名
modifier	mdf	上次修改此记录的人员的姓名（如果已修改）。

37：crmod

字段名（pbdb）	字段名（com）	描述
created	dcr	创建此记录的日期和时间。
modified	dmd	上次修改此记录的日期和时间。

格式

以下响应格式可用于此操作。必须通过向 URI 路径添加适当的后缀来为请求选择所需的格式。

格式	后缀	文档
JSON	.json	JSON format
Comma-separated text	.txt	Text formats
Comma-separated text	.csv	Text formats
Tab-separated text	.tsv	Text formats

术语表

术语表	名称	默认格式	描述
PaleobioDB field names	pbdb	txt, csv, tsv	PBDB词汇表来自数据库中的基础字段名和值，并增加了一些新字段。在大多数情况下，使用此词汇表的响应将直接与从PBDB Classic接口下载的响应相比较。此词汇表是Text格式响应的默认词汇。
Compact field names	com	json	Compact词汇表是一组3个字符的字段名，旨在将响应消息的大小最小化。这是JSON格式响应的默认值。一些字段值被类似地简化，而其他字段值则被完整地传递。