Single fossil occurrence(单条化石产出记录)
描述
本操作将根据ID标识符返回一个化石产出记录数据。根据您选择的输出模块,返回值将包含一些描述化石产出记录的字段和一些包含此化石产出记录的采集记录。
用法
给出了两个示例:
- /data1.2/occs/single.json?id=1001&show=loc
- /data1.2/occs/single.txt?id=1001&show=loc,crmod
参数
1:以下参数决定检索的化石记录(occ_id)
- occ_id:您希望检索的化石产出记录的ID或re-ID。此参数是必需的。也可以使用参数名id。如果此参数的值是一个数字标识符或occ类型的扩展标识符,则将返回指定化石产出记录的最新标识ID。如果它是rei类型的标识符,那么将返回指定的重新标识。
2:以下可选参数有时作用巨大(idtype)
- idtype:如果此参数值为orig,则会返回指定化石产出记录的原始ID。这将覆盖任何特定重定向标识的规范。
3:以下参数用于决定检索的信息
- pgm:指定估算古坐标时使用的古地理模型。您可以从以下模型中选择其一或选择多个(用逗号分隔)。如果您没有指定此参数,默认模型是gplates。
1. gplates:Wright et. al., 2013; Towards community-driven paleogeographic reconstructions
2. scotese:Scotese, C.R., 2021. An Atlas of Paleogeographic Maps: The Seas Come In and the Seas Go Out, Annual Reviews of Earth and Planetary Sciences, v. 49, p. 669-718.
3. seton:Seton et. al., 2012; Global continental and ocean basin reconstructions since 200 Ma - show:此参数用于选择要返回的每次化石产出记录的基本记录外的附加信息。参数值可以从下列中选择其一或选择多个(用逗号分隔)。
1. full:返回化石产出记录所有附加信息的简写。目前包括以下区块:attr, class, plant, abund, coords, coll loc, paleoloc, prot, stratext, lithext, geo, comps, methods, ctaph, ecospace, ttaph, refattr。如果化石产出记录里增加了新数据块,full也会将其包含在内。如果您要构建一个URL,加入show=full是一个不错的选择。
2. acconly:过滤掉化石产出记录的冗余分类ID,只显示学术接受名。
3. attr:化石产出记录学术接受名的属性信息(作者和年份)。
4. class:化石产出记录的分类学信息:门、纲、目、科、属。
5. classext:近似class,还返回相应分类阶元的ID。
6. genus:化石产出记录归属的属名,如果该记录有属级信息。但是当使用了class或classext,本区块就是冗余的。
7. subgenus:如果该记录有的话,显示属级和亚属信息。此区块可以在class或classext外显示亚属信息,或者替换genus以同时显示属级和亚属信息。
8. ident:显示化石产出记录分类学鉴定的独立成分。这些值对应于基本记录中的identified_name值,因此很少需要此额外部分。
9. rem:关于化石产出记录的任何备注
10. img: 与此分类单元相关联的图像标识符(如果有)。这些图片来自phylopic.org。
11. plant:与化石产出记录相关的植物组织(如果有的话)。如果不是植物化石,此区块字段为空。
12. abund:化石产出记录在采集记录里的丰度信息。
13. ecospace:关于这种生物所占据的生态位信息。仅有少数类群的此区块含值。在此查看该参数返回值的列表。
14. ttaph:埋葬学信息。也可以使用别名taphonomy。在此查看该参数返回值的列表。
15. etbasis:注释输出块ecospace,指示每条信息在哪个分类级别输入。
16. coll:发现化石产出记录的采集记录名称,以及备注。
17. coords:化石产出记录的经纬度。
18. loc:化石产出记录的地理位置的其他信息。
19. bin:采集记录归属的地理集列表。
20. paleoloc:化石产出记录的古地理坐标,计算依赖于pgm指定的模型。
21. prot:指示化石产出记录师傅位于保护区。
22. time:化石产出记录的时区信息。
23. timebins:根据请求化石产出记录的时间规则,显示一个时间箱列表。通过timerule选择一个时间规则,默认是major。
24. timecompare:类似timebins,但会显示所有时间规则下的信息。
25. strat:化石产出记录的地层背景基本信息。
26. stratext:化石产出记录的地层背景详细信息。包含strat及额外字段。
27. lith:化石产出记录的岩性背景基本信息。
28. lithext:化石产出记录的岩性背景详细信息。包含lith及额外字段。
29. methods:采集时使用的方法。
30. env:化石产出记录的古环境。
31. geo:化石产出记录的地理背景信息(包含env)。
32. ctaph:化石产出记录的埋葬学和保存情况信息。
33. comps:化石记录不同碎片和相关采集记录中的碎片。
34. ref:化石产出记录的原始文献,格式化文本。如果没有原始文献,那么显示相关采集记录的原始文献。
35. refattr:原始文献的信息,作者和年份。
36. resgroup:化石产出记录和采集记录的研究团队。
37. ent:命名、录入和编辑化石产出记录的人员ID。
38. entname:录入和编辑化石产出记录的人名。
39. crmod:化石产出记录的created和modified时间戳。
当然还可以使用任何特殊参数,请参阅PBDB Data Service:Special parameters(特殊参数)。
方法
这个数据服务接受以下HTTP方法:GET,HEAD。
响应结果
使用此操作对HTTP请求的响应将包含以下列表中的字段。区块basic是一直显示的。其他的可以使用参数show来选择。
1:basic
字段名(pbdb) | 字段名(com) | 描述 |
---|
occurrence_no | oid | 标记化石产出记录的唯一的正整数 |
record_type | typ | 对象的类型:occ表示化石产出记录 |
reid_no | eid | 如果该事件被重新标识,则为该重新标识提供唯一标识符。 |
flags | flg | 对于大多数记录,此字段将为空。否则,它将包含一个或多个以下字母:R——这种鉴定已经被一个更近的鉴定所取代。换句话说,这种情况被重新确认了;I——这个鉴定是遗迹分类群;F——这个鉴定是形式分类群 |
collection_no | cid | 与此发生关联的采集记录的标识符。 |
permissions | prm | 此记录的可访问性。如果为空,则该记录是公共的。否则,这条记录的值将是以下之一:members:只有数据库成员才能访问该记录;authorizer:该记录可被其授权组以及获得许可的任何其他授权组访问;group(…):该记录仅供指定研究小组的成员查阅。 |
identified_name | idn | 化石产出记录标识的分类学名称。如果该字段与accepted_name的值相同,则com术语表中的响应将省略该字段。 |
identified_rank | idr | 所标识名称的分类等级,如果可以确定的话。如果与accepted_rank的值相同,则com术语表中的响应将省略该字段。 |
identified_no | iid | 已识别的分类名称的唯一标识符。如果为空,则该名称从未进入存储在该数据库中的分类层次结构,并且我们没有关于该化石产出记录分类的进一步信息。 |
difference | tdf | 如果标识的名称与接受的名称不同,则此字段给出原因。例如,如果标识的名称是初级同义词或命名,或者物种被重新组合,或者标识的拼写错误,则会出现此字段。 |
accepted_name | tna | 该字段的值将是与标识的名称相对应的可接受的分类名称。 |
accepted_rank | rnk | 公认名称的分类等级。如果识别的名称是一个名词或无效的,或者识别的名称没有完全输入到这个数据库的分类层次结构中,那么这可能与识别的等级不同。 |
accepted_no | tid | 此数据库中接受的分类法名称的唯一标识符。 |
early_interval | oei | 与此化石产出记录相关的特定地质时间范围(不一定是标准区间),或者如果给出了late_interval,则是该范围开始的区间 |
late_interval | oli | 结束与此化石产出记录相关的特定地质时间范围的区间,如果与early_interval的值不同 |
max_ma | eag | 与此发生相关的地质时间范围的早期界值(Ma) |
min_ma | lag | 与此发生相关的地质时间范围的晚期界限(Ma) |
reference_no | rid | 输入此数据的引用的标识符 |
2:attr
字段名(pbdb) | 字段名(com) | 描述 |
---|
accepted_attr | att | 接受名的属性(作者和年份) |
3:refattr
字段名(pbdb) | 字段名(com) | 描述 |
---|
ref_author | aut | 输入该数据的参考文献的作者。 |
ref_pubyr | pby | 输入该数据的参考文献发表的年份 |
4:class
字段名(pbdb) | 字段名(com) | 描述 |
---|
phylum | phl | 分类阶元:门 |
class | cll | 分类阶元:纲 |
order | odl | 分类阶元:目 |
family | fml | 分类阶元:科 |
genus | gnl | 分类阶元:属 |
5:classext
字段名(pbdb) | 字段名(com) | 描述 |
---|
phylum_no | phn | 门的ID |
class_no | cln | 纲的ID |
order_no | odn | 目的ID |
family_no | fmn | 科的ID |
genus_no | gnn | 属的ID |
subgenus_no | sgn | 亚属的ID |
6:genus
字段名(pbdb) | 字段名(com) | 描述 |
---|
genus | gnl | 分类阶元:属 |
7:ident
字段名(pbdb) | 字段名(com) | 描述 |
---|
primary_name | idg | 鉴定化石记录的分类学名称(少数)。这通常是一个属,但可能是一个更高的分类阶元。 |
primary_reso | rsg | primary_name的分辨率,例如:sensu lato或n. gen. |
subgenus_name | idf | 鉴定化石记录的亚属名称(如果有) |
subgenus_reso | rsf | subgenus_name的分辨率,例如:aff.或n. subgen. |
species_name | ids | 鉴定化石记录的种名称(如果有) |
species_reso | rss | species_name的分辨率,例如:cf.或 n.sp. |
8:rem
字段名(pbdb) | 字段名(com) | 描述 |
---|
occurrence_comments | ocm | 关于此化石记录的其他注释,如果有的话。 |
9:img
10:plant
字段名(pbdb) | 字段名(com) | 描述 |
---|
plant_organ | pl1 | 与化石记录有关的植物器官,如果有的话。这个字段将是空值,除非记录的是植物化石。 |
plant_organ2 | pl2 | 与化石记录相关的附加植物器官。 |
11:abund
字段名(pbdb) | 字段名(com) | 描述 |
---|
abund_value | abv | 化石记录在其采集记录中的丰度 |
abund_unit | abu | 丰度单位 |
12:ecospace
字段名(pbdb) | 字段名(com) | 描述 |
---|
taxon_environment | jev | 发现这种生命形式的一般环境或环境。参阅生态学和埋葬学术语 |
environment_basis | jec | 指定从其中继承环境信息的分类。 |
motility | jmo | 生物是否有运动、附着和/或附生,以及它的运动方式(如果有的话)。参阅生态学和埋葬学术语 |
life_habit | jlh | 这种生物的一般生活方式和位置。参阅生态学和埋葬学术语 |
vision | jvs | 这种生物拥有的视觉程度。参阅生态学和埋葬学术语 |
diet | jdt | 这种生物的一般饮食或摄食方式。参阅生态学和埋葬学术语 |
reproduction | jre | 这种生物的繁殖方式。参阅生态学和埋葬学术语 |
ontogeny | jon | 简要描述这种生物的个体发生。参阅生态学和埋葬学术语 |
ecospace_comments | jcm | 如果有其他关于生态空间的评论的话。 |
13:etbasis
字段名(pbdb) | 字段名(com) | 描述 |
---|
motility_basis | jmc | 指定为其设置运动信息的分类群。埋藏学和生态空间信息继承自父类群,除非设置了特定的值。 |
life_habit_basis | jhc | 指定为其设置生活习惯信息的分类单元。参见上面的motitiy_basis。只有在ecospace区块也包含的情况下,这些字段才会被包含。 |
vision_basis | jvc | 指定为其设置视觉信息的分类单元。参见上面的motitiy_basis。只有在ecospace区块也包含的情况下,这些字段才会被包含。 |
diet_basis | jdc | 指定为其设置饮食信息的分类单元。参见上面的motitiy_basis。只有在ecospace区块也包含的情况下,这些字段才会被包含。 |
reproduction_basis | jrc | 指定为其设置繁殖信息的分类单元。参见上面的motitiy_basis。只有在ecospace区块也包含的情况下,这些字段才会被包含。 |
ontogeny_basis | joc | 指定为其设置个体发育信息的分类单元。参见上面的motitiy_basis。只有在ecospace区块也包含的情况下,这些字段才会被包含。 |
taphonomy_basis | jtc | 指定为其设置埋葬信息的分类。参见上面的motitiy_basis。只有在ecospace区块也包含的情况下,这些字段才会被包含。 |
14:ttaph
15:coll
字段名(pbdb) | 字段名(com) | 描述 |
---|
collection_name | cnm | 标识采集记录的任意名称,不一定是唯一的 |
collection_subset | cns | 如果此记录是另一记录的一部分,此字段指明是哪一部分 |
collection_aka | aka | 化石记录的替代名称,或关于它的附加注释。 |
16:coords
字段名(pbdb) | 字段名(com) | 描述 |
---|
lng | lng | 化石记录的经度(度) |
lat | lat | 化石记录的纬度(度) |
17:loc
字段名(pbdb) | 字段名(com) | 描述 |
---|
cc | cc2 | 该化石记录所在的国家,编码为ISO-3166-1 alpha-2 |
state | stp | 化石记录所在的州或省(如果已知) |
county | cny | 化石记录所在的县或市,如果知道的话 |
latlng_basis | n/a | 所报告的化石记录位置的基础 |
latlng_precision | n/a | 化石记录坐标的精度。按上面的链接查看代码值列表。 |
n/a | prc | 表示地理坐标的基础和精度的两字母代码。在使用紧凑术语表的响应中,将报告此字段,而不是latlng_basis和latlng_precision。按上面的链接查看代码值列表。 |
geogscale | gsc | 化石记录的地理刻度 |
geogcomments | ggc | 关于化石记录地理位置的附加注释 |
18:bin
字段名(pbdb) | 字段名(com) | 描述 |
---|
bin_id_3 | lv3 | 化石记录或集群所在的三级集群的标识 |
bin_id_2 | lv2 | 化石记录或集群所在的二级集群的标识 |
bin_id_1 | lv1 | 化石记录或集群所在的一级集群的标识 |
19:paleoloc
字段名(pbdb) | 字段名(com) | 描述 |
---|
paleomodel | pm1 | 由参数pgm指定的主要模型。此字段仅在指定多个模型时包含。 |
geoplate | gpl | 根据参数pgm所表示的初级模型来评价化石记录所在的地质板块的标识符。这可能是一个数字或一个字符串。 |
paleoage | ps1 | 指示这些古坐标是否在每个化石记录的年龄范围的早期、中期或晚期计算 |
paleolng | pln | 根据参数pgm*所表示的原始模型,对化石记录的古经度进行了计算。 |
paleolat | pla | 根据参数pgm表示的原始模型,对化石记录的古纬度进行了计算。 |
paleoage_b | ps1_b | 交互年龄选择器 |
paleolng_b | pln_b | 对应于交互年龄选择器的古经度 |
paleolat_b | pla_b | 对应于交互年龄选择器的古纬度 |
paleoage_c | ps1_c | 交互年龄选择器 |
paleolng_c | pln_c | 对应于交互年龄选择器的古经度 |
paleolat_c | pla_c | 对应于交互年龄选择器的古纬度 |
paleomodel2 | pm2 | 由参数pgm指定的替代模型。此字段仅在指定多个模型时包含。也可能有paleomodel3等。 |
geoplate2 | gp2 | 一个替代的地质板块标识符,如果pgm参数表明一个以上的模型。也可能有geoplate3等。 |
paleoage2 | ps2 | 指示第二个古坐标是在每个化石记录的早期、中期还是晚期计算的 |
paleolng2 | pln2 | 如果pgm*参数表明有多个模型,则为集合提供一个替代的古经线。也可能有paleolng3等。 |
paleolat2 | pla2 | 如果pgm参数表明有多个模型,则为集合提供一个替代的古纬度。也可能有paleolat3等。 |
paleoage2_b | ps2_b | 交互年龄选择器 |
paleolng2_b | pln2_b | 对应于交互年龄选择器的古经度 |
paleolat2_b | pla2_b | 对应于交互年龄选择器的古纬度 |
paleoage2_c | ps2_c | 交互年龄选择器 |
paleolng2_c | pln2_c | 对应于交互年龄选择器的古经度 |
paleolat2_c | pla2_c | 对应于交互年龄选择器的古纬度 |
20:prot
字段名(pbdb) | 字段名(com) | 描述 |
---|
cc | cc2 | 该化石记录所在的国家,编码为ISO-3166-1 alpha-2 |
protected | ptd | 化石记录所在土地的受保护状态(如已知)。 |
21:time
字段名(pbdb) | 字段名(com) | 描述 |
---|
cx_int_no | cxi | 所选时间尺度中覆盖与化石记录或集群关联的整个时间范围的最特定的单个间隔的标识符。 |
22:timebins
字段名(pbdb) | 字段名(com) | 描述 |
---|
time_bins | tbl | 根据为此操作选择的时间规则,将此化石记录或集合放置到其中的时间间隔列表。您可以通过包含datainfo参数来查看选择了哪条规则。值为 - 表示时间范围太大,无法匹配该时间规则下的任何bin。 |
23:timecompare
字段名(pbdb) | 字段名(com) | 描述 |
---|
time_contain | tbc | 根据contain时间规则,将化石记录或集合放置到其中的时间间隔列表,或者 - 如果范围太大。 |
time_major | tbm | 根据major时间规则,将化石记录或集合放置到其中的时间间隔列表,或者 - 如果范围太大。 |
time_buffer | tbb | 根据buffer时间规则,将化石记录或集合放置到其中的时间间隔列表,或者 - 如果范围太大。 |
time_overlap | tbo | 根据overlap时间规则,将化石记录或集合放置到其中的时间间隔列表 |
24:strat
字段名(pbdb) | 字段名(com) | 描述 |
---|
formation | sfm | 化石记录所在的地层(如果已知) |
stratgroup | sgr | 化石记录所在的地层组(如果已知) |
member | smb | 化石记录所在的地层成员(如果已知) |
25:stratext
字段名(pbdb) | 字段名(com) | 描述 |
---|
stratscale | ssc | 该采集记录涵盖的地层范围 |
zone | szn | 采集记录所在的地层带(如果已知) |
localsection | stratext | 采集记录所在的地层部分(如果已知) |
localbed | slb | 采集记录所在的岩床(如果已知) |
localbedunit | slu | 计算岩床时使用的计量单位 |
localorder | slo | 描述当地岩床的顺序(如果已知) |
regionalsection | srs | 采集记录所在的局部地层(如果已知) |
regionalbed | srb | 采集记录所在的局部岩床(如果已知) |
regionalbedunit | sru | 计算局部岩床时使用的计量单位 |
regionalorder | sro | 描述局部岩床的顺序(如果已知) |
stratcomments | scm | 关于采集记录地层背景的其他评论(如果有的话) |
26:lith
字段名(pbdb) | 字段名(com) | 描述 |
---|
lithdescript | ldc | 对采集记录地点岩性方面的详细说明 |
lithology1 | lt1 | 为采集记录地点描述的第一个岩性;该数据库每个化石记录最多可以代表两种不同的岩性 |
lithification1 | lf1 | 为该遗址描述的第一个岩性的岩化状态 |
minor_lithology1 | lm1 | 与该遗址描述的第一个岩性相关的次要岩性 |
lithology2 | lt2 | 为采集地点描述的第二种岩性(如果有) |
lithification2 | lf2 | 为该地点描述的第二岩性的岩化状态。有关值,请参见上文。 |
minor_lithology2 | lm2 | 与该遗址描述的第二种岩性相关的次要岩性(如果有的话) |
27:lithext
字段名(pbdb) | 字段名(com) | 描述 |
---|
lithadj1 | la1 | 描述第一种岩性的形容词 |
fossilsfrom1 | ff1 | 化石是否取自第一个描述的岩性 |
lithadj2 | la2 | 描述第二岩性的形容词(如果有的话) |
fossilsfrom2 | ff2 | 化石是否取自第二个描述的岩性 |
28:methods
字段名(pbdb) | 字段名(com) | 描述 |
---|
collection_type | cct | 化石记录的类型或用途。 |
collection_methods | ccx | 所采用的一个或多个方法。 |
museum | ccu | 收藏标本的博物馆。 |
collection_coverage | ccv | 存在但未具体列出的化石。 |
collection_size | ccs | 实际收集的化石数量。 |
rock_censused | ccr | 岩石数量。 |
collectors | ccc | 采集人的名字 |
collection_dates | ccd | 收集完成的日期。 |
collection_comments | ccm | 关于收集方法的评论。 |
taxonomy_comments | tcm | 关于发现内容的分类的评论。 |
29:env
字段名(pbdb) | 字段名(com) | 描述 |
---|
environment | env | 与采集地点相关的古环境 |
30:geo
字段名(pbdb) | 字段名(com) | 描述 |
---|
environment | env | 采集遗址的古环境 |
tectonic_setting | tec | 采集地点的构造环境 |
geology_comments | gcm | 关于收集地点地质的一般评论 |
31:ctaph
字段名(pbdb) | 字段名(com) | 描述 |
---|
pres_mode | tpm | 该字段报告PBDB收集表上的“保存”选项卡中的保存,发生和矿化模式。 |
preservation_quality | tpq | 保留了解剖细节的质量。 |
spatial_resolution | tps | 保存信息的空间分辨率。 |
temporal_resolution | tpt | 保存信息的时间分辨率。 |
lagerstatten | tpl | 在此采集记录中找到的lagerstätten类型。 |
concentration | tpc | 该收藏中发现的化石的丰度 |
orientation | tpo | 该收藏中发现的化石的方向。 |
abund_in_sediment | tpa | 沉积物丰度 |
sorting | tpr | 尺寸排序程度 |
fragmentation | tpf | 碎片化程度 |
bioerosion | tpb | 生物侵蚀程度 |
encrustation | tpe | 结壳程度 |
preservation_comments | pcm | 保存注释(如果有)。 |
32:comps
字段名(pbdb) | 字段名(com) | 描述 |
---|
assembl_comps | cps | 在此采集记录中找到的大小类。此字段的值将是以下一项或多项:macrofossils, mesofossils, microfossils |
articulated_parts | cpa | 该采集记录中连接身体部位的丰度。 |
associated_parts | cpb | 此采集记录中相关身体部位的丰度。 |
common_body_parts | cpc | |
rare_body_parts | cpd | 此采集记录中罕见的身体部位列表。 |
feed_pred_traces | cpt | 在此采集记录中找到的觅食/捕食痕迹的列表(如果有)。 |
artifacts | cpf | 在此采集记录中找到的项目列表(如果有)。 |
component_comments | acm | 组分的注释(如果有) |
33:ref
字段名(pbdb) | 字段名(com) | 描述 |
---|
primary_reference | ref | 与此记录关联的主要引用(作为格式化文本) |
34:resgroup
字段名(pbdb) | 字段名(com) | 描述 |
---|
research_group | rgp | 与此馆藏相关的研究小组(如果有)。 |
35:ent
字段名(pbdb) | 字段名(com) | 描述 |
---|
authorizer_no | ati | 授权输入此记录的人员的标识符 |
enterer_no | eni | 实际输入此记录的人员的标识符。 |
modifier_no | mdi | 上次修改此记录的人员的标识符(如果已修改)。 |
36:entname
字段名(pbdb) | 字段名(com) | 描述 |
---|
authorizer_no | ati | 授权输入此记录的人员的标识符 |
enterer_no | eni | 实际输入此记录的人员的标识符。 |
modifier_no | mdi | 上次修改此记录的人员的标识符(如果已修改)。 |
authorizer | ath | 授权输入此记录的人员的姓名 |
enterer | ent | 实际输入此记录的人员的姓名 |
modifier | mdf | 上次修改此记录的人员的姓名(如果已修改)。 |
37:crmod
字段名(pbdb) | 字段名(com) | 描述 |
---|
created | dcr | 创建此记录的日期和时间。 |
modified | dmd | 上次修改此记录的日期和时间。 |
格式
以下响应格式可用于此操作。必须通过向 URI 路径添加适当的后缀来为请求选择所需的格式。
术语表
术语表 | 名称 | 默认格式 | 描述 |
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PaleobioDB field names | pbdb | txt, csv, tsv | PBDB词汇表来自数据库中的基础字段名和值,并增加了一些新字段。在大多数情况下,使用此词汇表的响应将直接与从PBDB Classic接口下载的响应相比较。此词汇表是Text格式响应的默认词汇。 |
Compact field names | com | json | Compact词汇表是一组3个字符的字段名,旨在将响应消息的大小最小化。这是JSON格式响应的默认值。一些字段值被类似地简化,而其他字段值则被完整地传递。 |