R语言可视化作图笔记（6）图形视觉化

图形视觉化（Graph Visualization）

网络可视化（Network Visualization）

以下是马德里三一一连环爆炸案参与者制作的关系网，数据来自两个重要变量，nodes包含了所有的序列（id），人名（label）和组别（group），edges包含了所有的连线的起始（from），终点（to），线粗（value）

> head(nodes)
  id group            label
1  1     1    Jamal Zougam 
2  2     0  Mohamed Bekkali
3  3     1   Mohamed Chaoui
4  4     0      Vinay Kholy
5  5     0    Suresh Kumar 
6  6     1 Mohamed Chedadi
 
> # edges 中存在重复的连线
> # 一是因为懒，二是节点的size数值区别更大(自动*2)

> head(edges)
  from to value
1    1  2     1
2    1  3     3
3    1  4     1
4    1  5     1
5    1  6     1
6    1  7     4

借助visNetwork和igraph生成网络图，节点的连线数为节点的大小（nodes里的value列）

library(visNetwork)
library(igraph)

 # 关系变量(?)
g <- graph_from_data_frame(edges, directed = FALSE, vertices = nodes)

 # 节点大小
value <- as.numeric(strength(g))
nodes$value <- value

visNetwork(nodes, edges, main = "Terrorist connections") %>%
  # 优化斥力是网络更好看
  visPhysics(solver="repulsion") %>% 
  visLegend(main = "Bombing group") %>% 
  # 选择（点击）某节点后生成网络的距离为1
  visOptions(highlightNearest = list(enabled =TRUE, degree = 1),
             nodesIdSelection = TRUE)

在左上角选择或者点击对应的节点，会形成以此点为核心距离为1的关系网

优化边介数来计算分类，再以此分类为组别重新绘图

ceb <- cluster_edge_betweenness(g) 

# 将结果赋予原nodes里的group列
nodes$group <- ceb$membership
visNetwork(nodes,edges, main = "Terrorist connections")%>%
  visPhysics(solver = "repulsion") %>%
  visOptions(highlightNearest = list(enabled =TRUE, degree = 1),
             nodesIdSelection = TRUE)

也可绘制igraph样貌的网络图

visNetwork(nodes,edges, main = "Terrorist connections")%>%
  visIgraphLayout() %>%
  visPhysics(solver = "repulsion") 

【没有了Q弹的感觉，但图生成更快，棱角分明】