关于3Dslicer和SimpleITK各自的origin，direction，spacing，（和size）

众所周知3Dslicer和SimpleITK对三维医学图像的某些参数并不一致

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在正文之前首先要介绍IJK坐标系和RAS坐标系

IJK坐标系是对图像本身而言，三维图像是一个一个一个体素组成，IJK坐标就是这些体素的坐标或者索引，IJK一般只有非负整数值。如果以三维矩阵获取图像，那么IJK就是这个矩阵的索引。在下文的GetArrayFromImage()和arrayFromVolume()函数就是以三维矩阵获取图像。

RAS坐标系也叫世界坐标系，是物理空间中的绝对坐标系或者叫大地坐标系，如果不习惯叫RAS的话，可以记住X指向R面，Y指向A面，Z指向S面（我也经常搞混，不如就XYZ等同于RAS）。这个坐标系原点是0，长度是按mm，cm这种现实中的度量。举个例子，图像的位置对于RAS坐标系可能有各种千奇百怪的状态，如下图

 这也就是为什么会有origin和direction这两个量

 简而言之

size是体素图像的[I, J, K]，I长，J宽，K高

origin是体素图像的原点坐标对于RAS坐标系的位置

spacing体素图像每个维度上像素或体素之间的间距，一般单位mm

direction是图像的方向，即图像坐标系相对世界坐标系的角度，一般采用的是方向余弦矩阵

3Dslicer和SimpleITK里这些参数相互转化的代码见文末

在SimpleITK中，图像被read成了<class 'SimpleITK.SimpleITK.Image'>的类，这个类的函数就可以获取origin，direction，spacing，和size

import SimpleITK as sitk
imagepath = "…………/图像名.nii" # 图像路径
image1 = sitk.ReadImage(imagepath)

# size是[I, J, K]形list，I长，J宽，K高
print('image1.GetSize(): ', image1.GetSize())

# origin图像的原点坐标对于RAS坐标系的位置，顺序[R,A,S]
print('image1.GetOrigin() :', image1.GetOrigin())

# spacing每个维度上像素或体素之间的间距，单位mm，顺序[I, J, K]
print('image1.GetSpacing(): ', image1.GetSpacing())

# direction图像的方向，即图像坐标系相对世界坐标系的角度，采用的是方向余弦矩阵按行主序展成一# 维
print('image1.Get