新手3dslicer手动肝脏切割及体积测量(详细图文)

本文介绍使用3dslicer开源软件进行肝脏图像分割与体积测量。作者尝试自动分割工具遇问题后采用手动切割,详细说明了导入数据、选择窗口窗位、勾画轮廓等分割步骤,完成分割后,还介绍了测量肝脏体积的操作,最终得出肝脏体积为1066.5ml。

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早就准备更新这篇了,由于懒癌发作,一直早葛优躺,今天刚好有点时间,就简单写下来。

3dslicer是一个开源软件,研究的人很多,废话少说,直接上图。

刚接手软件的时候,我一直想用自动分割工具,试验了Med sam,依赖安装不了;试验了英伟达的AI,NvidiaAIAssis,传服务器根本没反应,所有只有用了手动切割。有大神请指点一下。

导入患者数据并打开

点击volumes

选择合适的窗口窗位;

选择Segment Editor

点击增加一个节点

增加如下图

利用笔刷工具及擦除工具勾画出轮廓;密度相近处背景要准确勾画。可以按SHIFT后调整笔刷的粗细;

不要求所有层面勾画,但是最好是典型层面都勾画一下,特别是有毗邻脏器密度相近的层面。勾画满意后点击Grow from seeds

点击Initialize

逐层拉动看一下,有需要调整的可以调整一下;确定后点击Apply,再点击Show 3D;

点击3D后可能三维窗口未显示,可以调整一下窗口大小,有可能显示在我们看见的范围之外

这样就切割完成了。继续来测量。

首先点击Date

在我们刚才切割的肝处点右键点击Export visible segments to models

新建了一个新的切割模型,如下

点击Models,如下图

选择肝,点击Information信息

中文如下

那么我们顺利得出了肝的体积为1066.5ml。

### 使用3D Slicer进行脑部脉络丛的图像分割 #### 软件准备 为了使用3D Slicer进行脑部脉络丛的图像分割,需先访问官网下载并安装最新版本的3D Slicer软件[^1]。 #### 加载数据 启动3D Slicer后,通过`File->Add Data`选项加载含有脑部脉络丛的CT或MRI扫描图像文件。也可以直接将DICOM或其他支持格式的数据集拖拽至程序窗口内完成加载操作。 #### 初始化分割模块 进入Slicer界面,在左侧Modules面板找到并点击“Segment Editor”,这一步骤会激活用于编辑和创建新分段的功能区。 #### 创建初始轮廓 利用Slice视图下的绘图工具(Paintbrush Tool),在横断面、冠状面或是矢状面上描绘出大致覆盖目标区域——即脉络丛位置的初步边界线。此时建议放大显示倍率以提高精度,并可适当调整画笔大小适应不同解剖结构特征。 #### 自动化扩展与精细化修正 应用“Grow from Seeds”功能自动向外生长选定范围内的像素点来填充整个感兴趣对象;随后借助Erase、Scissors等辅助手段去除多余部分,确保最终形成的三维模型仅限于真实的脉络丛形态。 #### 多切片间一致性处理 对于连续多个层面均存在相同组织的情况,“Fill Between Slices”命令可以帮助快速实现跨层间的平滑过渡效果,从而构建更加完整的立体表现形式。 #### 结果评估及优化迭代 反复对比原始影像资料同生成的结果之间的吻合度,必要时返回前面任一环节继续微调直至满意为止。期间还可以尝试改变阈值设定、引入额外约束条件等方式进一步提升准确性。 #### 输出成果 确认无误之后,可通过Export按钮导出所获得的分割结果为STL、NRRD等多种常用医学可视化平台兼容的标准文件格式以便后续分析研究之用。 ```python # Python脚本示例:批量导入多张图片作为输入源 import os from slicer.util import loadVolume, saveNode directory_path = '/path/to/image/folder' for filename in sorted(os.listdir(directory_path)): if not filename.endswith('.dcm'): continue file_path = os.path.join(directory_path, filename) volume_node = loadVolume(file_path) saveNode(volume_node, "/output/path/file.nrrd") ```
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