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开此贴做GDSC的数据分析记录。

再看两篇吧，看看有没有啥思路。

研究19 种代谢相关生活方式和临床危险因素与 DSC （食管癌、胃癌、结直肠癌、肝细胞癌、胆道癌和胰腺癌）之间的关联。结果发现喝酒是胃癌 (odds ratio (OR) = 0.95;95% confidence interval (CI): 0.93–0.98)与肝癌 (OR = 1.11;95% CI: 1.05–1.18)的危险因素，咖啡消耗是肝癌的保护因素。甘油三酯与胆道癌风险降低相关（OR=0.53;95%CI：0.34-0.81），尿酸与胰腺癌风险相关（OR=0.59;

这篇文章做的话感觉还是较简单的，可能就是有自己的数据。从代谢组入手，再到孟德尔随机化分析。

昨天看到文献，称饮酒与痛风无关联，甚是疑惑，今天刚好看了一篇新文献，虽然不是主要讲饮酒与痛风的，但也有牵扯到这方面内容，而且是相反的内容，特记录一下。

最近看了微信公众号，jimmy谈到生信与基础之间，个人觉得生信与基础技术是无高低之分的，本质上都是科研中为了证实结果的一个工具。生信的实质是用计算机分析数据，接触基础比较好，感觉是实验操作。分析上游为实验（数据来源），实验下游为分析，二者并无高低之分。要做好科研，技术是必备的，但科研思路更为重要。没有思路，没有立意，没有生物学故事，光有技术只是个各个PI的工具人。如何培养科研思路？无他，从文献中学，从文献中总结。综述是你了解一个领域的快速方法，帮你塑造框架。具体的研究文章，则往里添加血肉。

由于别人提醒我TCGA的数据可以利用TCGAbiolinks下载并处理，所以我决定阅读该包手册，主要是该包应该是有更新的，我看手册进行更新了，所以也许这是一个值得学习的包。

地址：https://docs.gdc.cancer.gov/Data_Dictionary/viewer/#?

IF:4.4 中科院分区:2区 生物学WOS 分区:Q1。

IF：6.0 中科院分区:2区 生物学WOS分区：Q1被引次数： 4背景：癌细胞具有无限期自我更新和增殖的能力[2]。在一部分癌细胞中获得干细胞样特征可促进细胞的持续增殖和去分化。此外，消除非干细胞但不消除干细胞可赋予癌症抗性和复发性。干细胞样和非干细胞样癌细胞的混合赋予肿瘤内异质性 （ITH）。此外，对免疫消除的抵抗已被证明是干细胞样癌细胞的一种特性[3]。

IF:4.6 中科院分区:2区 综合性期刊。

癌症干细胞是肿瘤组织中极少数的肿瘤细胞，具有无限增殖、自我更新和多向分化等生物学特性，可以在该肿瘤中形成一系列异质的细胞群[6,7]。研究发现，癌症干细胞表面表达多种ABC转运蛋白[8]，可有效将化疗药物转运至细胞外，从而减少化疗药物对细胞的损伤;此外，癌症干细胞强大的修复能力可以最大程度地修复损伤[9]。因此，肺癌干细胞的存在是肺癌患者存活率低、对常规放化疗抵抗力强、手术或放疗后易复发的主要原因之一[10]。

通过整合LUAD患者的单细胞和bulk-RNA测序数据来鉴定铜死亡相关的干性基因（CRSGs）。随后，采用一致聚类分析对铜死亡相关干性亚型进行分类，并采用LASSO-Cox回归构建预后标志。还研究了预后标志与免疫浸润、免疫治疗和干性标志之间的关联。

文章数据：11 LUAD primary tumor (PT) ，10 BM samples (GSE131907)采用拷贝数变异（CNV）和克隆性分析来说明BM肿瘤的细胞起源。通过伪时间轨迹分析鉴定脑转移相关上皮细胞（BMAEC）。通过使用机器学习算法，开发了BM指数，该指数代表了bulk - RNA-seq数据中BMAECs的相对丰度，揭示BM高风险。基于癌细胞系药物敏感性数据来预测BMAEC的靶向药物。

看点肺癌生信文献吧，只写点不了解的部分和觉得我认为有必要的部分，其余略过。

今天先不阅读肺癌的了，先读一篇胃癌的文章。

IF:6.2 中科院分区:2区 医学WOS 分区:Q1之前有了解到新辅助治疗与辅助治疗都是在术前为增加疗效而进行的，这篇文章讲到I-III期的NSCLC更倾向于切除，这个时间点可分为早期与晚期。这个III期应该不包括B登记，因为后面讨论还有一句“ IIIB NSCLC patients who were often deemed unresectable”。文章提出有文献称在 IIIA 、IIB 阶段术前进行新辅助化疗更有益，但在更低阶段时就不明确了。

该篇文章研究的是小细胞肺癌，与前两篇不一致，本文是由4个要点，METTL3 、线粒体自噬、m6A、化疗耐药。

风险因子：吸烟史、家族史、放射暴露、空气污染、慢性肺病晚期PD-1/PD-L1抑制剂单药使用或联合化疗药物作为标准治疗。局部肺癌晚期，建议化疗后免疫治疗。可切除的建议辅助免疫治疗和新辅助化疗。

大概想了解下肺癌相关的知识，开此贴做记录，看看后续有没有相关的生信文章思路。