TCGA临床及肿瘤信息解读

TCGA临床信息各英文列解读

地址：https://docs.gdc.cancer.gov/Data_Dictionary/viewer/#?view=table-entity-list&anchor=clinical

一些用药

Cisplatin：顺铂，顺铂的作用机制主要通过与DNA结合，形成DNA-顺铂加合物，阻碍癌细胞的DNA合成和修复。这一过程导致癌细胞凋亡（程序性死亡），从而抑制肿瘤的生长和扩散。
Carboplatin：卡铂，第二代顺铂药物，该试剂在细胞内被激活以形成反应性铂复合物，这些复合物与亲核基团（例如DNA中富含GC的位点）结合，从而诱导链内和链间DNA交联以及DNA-蛋白质交联。这些卡铂诱导的DNA和蛋白质作用导致细胞凋亡和细胞生长抑制。该药剂具有与其母体化合物顺铂相似的杀瘤活性，但更稳定且毒性更小。
Taxol：紫杉醇，紫杉醇可以稳定和增强微管蛋白的聚合 ， 促进微管蛋白聚合、防止微管的解聚，抑制细胞的分裂过程，导致细胞发生凋亡，发挥抗癌作用。
肺癌一线治疗方案是两铂类药物+紫杉醇。
Alimta：力比泰是一种多靶点抗叶酸制剂，对多种肿瘤有抑制作用。近年来已成为非小细胞肺癌二线治疗的新策略。是一种结构上含有核心为吡咯嘧啶基团的抗叶酸制剂，通过破坏细胞内叶酸依赖性的正常代谢过程，抑制细胞复制，从而抑制肿瘤的生长。

一些网站

MCODE：从PPI识别出子模块
L1000CDS2：得到药物重利用的可能性
iRegulon：预测转录调节因子

免疫

参考文献：Cuprotosis Programmed-Cell-Death-Related lncRNA Signature Predicts Prognosis and Immune Landscape in PAAD Patients
IF:6.0 中科院分区:2区 生物学 WOS分区:Q2

A.XCELL, TIMER, QUANTISEQ, MCPCOUNTER, CIBERSORT, CIBERSORT-ABS, and EPIC algorithm与免疫得分的相关性,主打一个量大
B.免疫细胞
C.免疫检查点
D.E免疫功能热图与箱线图，其实没必要，只要一张就可以了
F.ICB响应标志与风险得分与肿瘤免疫周期的相关性。
G.tide得分

肿瘤

癌型	冷肿瘤	热肿瘤
概念	冷肿瘤是指免疫细胞浸润较少、活性较低的肿瘤类型，这些肿瘤具有较低的基因突变和肿瘤新生抗原，免疫系统较难识别和攻击肿瘤细胞。	热肿瘤是指免疫细胞浸润较多，活性较高的肿瘤类型
意义	肿瘤组织局部有较多的T淋巴细胞浸润，“免疫检查点抑制剂药物”激活T淋巴细胞有效的杀灭肿瘤细胞，因而免疫治疗的效果就比较好	肿瘤组织局部有较多的T淋巴细胞浸润，“免疫检查点抑制剂药物”激活T淋巴细胞有效的杀灭肿瘤细胞，因而免疫治疗的效果就比较好
变热方式	放疗+化疗与靶向治疗。可以通过招募具有肿瘤杀伤作用的 T淋巴细胞聚集到肿瘤周围来，从而使冷肿瘤转变为热肿瘤，提升和强化“免疫检查点抑制剂药物”的治疗效果，这也是临床上经常将免疫治疗能与放疗联合使用的道理。	减少肿瘤血管生成。肿瘤血管不仅为肿瘤的生长和转移提供营养来源，也是“冷肿瘤”中T细胞缺乏的原因之一