win10下的RNA测序（一）

参考资料

大多数的下载软件都可以根据这篇博客下载：https://www.jianshu.com/p/6a4855023330
feature_count下载与用法 :https://blog.csdn.net/weixin_43840576/article/details/106527854
gtf文件下载：https://www.jianshu.com/p/2371e489bb1c
genome注释文件的index可以在hisat官网下下载，建议不要自己建索引，因为时间太久

第一步：下载windows下的linux系统（wsl）

基本检索下即可,下面这篇是官方的安装文档:https://docs.microsoft.com/zh-cn/windows/wsl/install-win10
后面也可用xshell连接子系统，但是这一步我暂时失败了，有时间再探索下
如何打开linux的文本夹

explorer.exe .

第二步：conda 创建环境，下载软件

比对软件hista2：下载网址https://daehwankimlab.github.io/hisat2/download/#m-musculus，而且在hista2中还能下载到小鼠以及人类的基因组以及index
samtools:由于装二进制版的实在是过于艰难，所以考虑用conda安装好了，conda装的话如果装1.7版本的话会有libcrypto.so.1.0.0的错误，安装1.9的版本就好了

conda install -c bioconda samtools=1.9 --force-reinstall

fastqc文件也搞完了
一些我的目录设置，主要方便调用

hista2_menu=/home/yuanhang/data/reference/index/hista2/mmuGrcm38/genome/grcm38
work_menu=/mnt/d/BaiduNetdiskDownload/RNA测序/X101SC20083264-Z01-J002/2.cleandata
gtf=/home/yuanhang/data/reference/gtf/hista2/mmuGrcm38/mm39.gtf

比对

# 单个样本
 hisat2 -p 16 -t -x $hista2_menu/genome -1 PBSzu-2_1.clean.fq.gz -2 PBSzu-2_2.clean.fq.gz | samtools sort -@ 2 -o ${id}.bam ; done
 # 多个样本时
  ls *.gz  | cut -d "_" -f 1 |sort |uniq  |while read id ；  do  hisat2 -p 4 -t -x $hista2_menu/genome  ；
  -1  ${id}_1.clean.fq.gz  -2 ${id}_2.clean.fq.gz  |
  samtools sort -@ 2 -o ${id}.bam ; done

done 后的字符串，比对率在98%以上，还行。这边在比对时如果加上一个-t参数会输出比对时间，但是如果你不管的话就不会跳到下一步，这造成了我比对时间长。但其实只是因为我没有点击屏幕导致的

feature_counts 计数
我吐了，这1.6的版本报的是subread内核有问题用不了，结果我去官网下了个新版的，运行，ε=(´ο｀*))可以了http://subread.sourceforge.net/

# 先下载资源包
#wget https://jaist.dl.sourceforge.net/project/subread/subread-1.6.0/subread-1.6.0-Linux-x86_64.tar.gz
#tar -zxf subread-1.6.0-Linux-x86_64.tar.gz
# 解压后设定bin文件到bashrc中，方便调用
vi ~/.bashrc 
export PATH=/home/你的目录xxxx/subread-1.6.0-Linux-x86_64/bin/:$PATH
source ~/.bashrc
# 计数
featureCounts -p  -a $gtf -T 6 -g gene_id -t exon  -o exp.txt *.bam

写在后面

后面的刚开始数据的调用，比如下载sra数据，以及sra解压成fastq数据，再到trim去接头后面再补充
第二篇应该是写feature_counts后的数据怎么处理