按照物种丰度对OTU表格进行拆分-丰富和稀有物种识别

最新推荐文章于 2022-11-23 14:58:58 发布

wilzjdba

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本文链接：https://blog.csdn.net/wlzjdba/article/details/107403306

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本文介绍了如何根据物种丰度将OTU表格拆分为六类：稀有、丰富、中等、条件稀有、条件丰富和条件稀有或丰富物种，明确了各类物种的丰度定义，为后续的生物信息学分析提供了指导。

摘要由CSDN通过智能技术生成

稀有物种 (rare taxa, RT)，在所有的样本中丰度均低于0.1%；

丰富物种 (abundant taxa, AT)，在所有的样本中丰度均高于1%；

中等物种 (moderate taxa, MT)：

在所有样本中丰度在0.1%至1%之间；

条件稀有物种 (conditionally rare taxa, CRT)：

在所有样本中丰度均低于1%，同时在部分样本中丰度低于0.1%；

条件丰富物种 (conditionally abundant taxa, CAT)：

在所有样本中丰度均高于0.1%，同时在部分样本中丰度高于1%；

条件稀有或丰富物种 (conditionally rare or abundant taxa, CRAT)：

在部分样本中的丰度在低于0.1%，同时在部分样本中的丰度高于1%。

otu <- read.delim('otu_table.txt', row.names = 1)

稀有物种（RT），在所有样本中相对丰度都低于0.01%。

otu_ART <- otu[apply(otu, 1, function(x) max(x)<0.0001), ]
write.table(otu_ART, 'otu_ART.txt', col.names = NA, sep = '\t', quote = FALSE)

丰富物种（AT），在所有样本中相对丰度都高于1%。

otu_AAT <- otu[apply(otu, 1, function(x) min(

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