Alpha多样性

最新推荐文章于 2024-10-12 16:23:00 发布
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Alpha多样性指数

Alpha多样性用于分析样品内(Within-community)的微生物群落多样性，可以反映样品内的微生物群落的丰富度和多样性。

alpha多样性指数包括丰富度、多样性、均一性等。

丰富度指数只是简单的估算群落中物种的数量，而不考虑群落中每个物种的丰度情况，例如Chao1、ACE等。

多样性指数同时考虑的物种在群落中是否存在即其所占的丰度，例如Shannon、Simpson等。

均一性指数用于评估群落中各个微生物在群落中的均匀程度，所有微生物均具有相同的丰度则均一性最高，例如Pielou等。

当研究的样本只有两组时，一般使用t-test检验组间差异。

大多数情况下，我们分析的样本可能并不是两组而是多组，此时需要使用ANVOA来检验样本间多样性指数的差异，但是ANOVA只是用于评估所有样本整体是否具有差异，各组样本间的两两比较还需要进一步使用Turkey HSD test来进行检验。

当样本组数目较多时，如果使用两两之间连线+显著性标注的方法来展示样本简单的差异会比较乱，因而通常是使用相同的字母来代表组间没有差异的样本，而常规的Turkey test检验结果只会给出p-value而并不会标出各组之间的分类结果

wilzjdba
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Alpah多样性指数-Simpson指数、Shannon指数、chao1指数
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Chao1和Ace通常用于估计未被观察到的物种丰富度，Shannon和Simpson指数用于衡量物种多样性，Richness用于描述物种的丰富度，goods_coverage用于估计样本覆盖的完整性，Pielou指数用于衡量物种的均匀度，invsimpson指数用于描述物种的多样性。Alpha多样性指数通常用来描述一个特定区域内的物种丰富度和均匀度，这个指数可以帮助我们了解一个生态系统内部的物种多样性情况，对于保护生物多样性和生态系统的健康非常重要。
alpha多样性计算
weixin_42480153的博客
08-26 6164
library(picante) alpha <- function(x, tree = NULL, base = exp(1)) { est <- estimateR(x) Richness <- est[1, ] Chao1 <- est[2, ] ACE <- est[4, ] Shannon <- diversity(x, index = 'shannon', base = base) Simpson <- diversity(...
利用metaphlan2结果计算alpha多样性
大尾猫的博客
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可视化指标计算公式_基于OTU的alpha多样性指数计算和可视化
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1. 简介物种丰富度指数(Species richness)为群落中丰度大于0的物种数之和，一般用Observed OTU(observed species)表示，但只有物种种类信息，没有丰度信息，数值范围一般为几百至几千不等，范围很大，与研究对象有关；香农指数(Shannon index)或称香农熵指数(Shannon entropy index)、香农-威纳指数(Shannon-Wiener ...
Alpha多样性之箱线图绘制
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Alpha多样性 通常用Richness,Chao1，Shannon，Simpson，Dominance和Equitability等指数来评估样本的物种多样性。 所以这个节学习主要分两个部分； ## 1 计算 α生物多样性指数 软件： R软件中vegan包 ## 1 第一步输入数据整理成矩阵 >data = read.table(inputFile, header = T, se...
扩增子分析解读6进化树,Alpha,Beta多样性
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写在前面之前发布的《扩增子图表解读》系列，相信关注过我的朋友大部分都看过了(链接直达7月文章目录)。这些内容的最初是写本实验室的学生们学习的材料，加速大家对同行文章的解读能力。《扩增子分析解读》系列文章介绍扩增子分析是目前宏基因组研究中最常用的技术，由于微生物组受环境影响大，实验间重复较差，更需要更多的实验重复和分析技术来保证结果的准确性、可重复性。本系统文章叫分析解读，即有详细的扩增子分析流程代码
211.Alpha多样性箱线图(样章，11图2视频)
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随着技术的发展，高通量测序技术已成为研究微生物群落的重要工具。这种技术使得科学家们能够解析巨量微生物DNA序列，从而获得丰富的微生物组数据，包括16S rRNA基因、ITS序列和宏基因组。然而，这些数据只是迈向揭示微生物群落复杂性的第一步。 通过对环境样本的可变区域如16S、18S、ITS序列进行高通量测序获得的原始序列数据，再对其进行聚类，数据分析，统计学差异比较等得到微生物多样性分析报告。那么，什么是微生物群落多样性？
跟着iMeta学做图｜分面箱线图展示alpha多样性并用标注差异分析结果
刘永鑫的博客——宏基因组公众号
01-21 3973
本教程相关代码已经上传至 https://github.com/iMetaScience/iMetaPlot/tree/main/230107FacetsBoxplot 如果你使用本代码，请引用：Yu-Xi Zhu. 2022. Gut microbiota composition in the sympatric and diet-sharing Drosophila simulans and ...
3、微生物α多样性分析-R
weixin_65283273的博客
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反映的是物种丰富度和均匀度的综合状况，常见的有Shannon、Simpson等。群落生态学中研究微生物多样性，通过单样品的多样性分析（α多样性）可以反映微生物群落的丰度和多样性，包括一系列统计学分析指数估计环境群落的物种丰度和多样性。反映的是群落内物种的分配状况，也即各物种相对丰度的均匀程度，在同一群落内与丰富度指数呈正相关，常见的有Pielou等。反映的是群落内物种的丰富程度，常见的有Sobs、Chao、ACE等。Sobs为该样本实际包含的OTU（或ASV等）的物种数目。而Chao为修正后的物种数目。
alpha多样性脚本
最新发布
01-13
### Alpha多样性分析简介 Alpha多样性指的是单一生态系统内生物种类的丰富度和均匀度。在微生物组研究中，通常通过计算不同类型的指数来衡量样本内的多样性。 ### Python实现Alpha多样性分析 对于Python环境下的alpha多样性分析，可以利用`pandas`处理数据并借助`skbio`(Scikit Bio)库中的函数完成多样性的计算[^1]： ```python import pandas as pd from skbio.diversity.alpha import shannon, simpson, berger_parker_d # 假设已经有一个DataFrame df存储着OTU表（每列代表一种分类单元，每行对应一个样本） def calculate_alpha_diversity(df): # 计算Shannon指数 shannon_index = df.apply(lambda x: shannon(x), axis=1) # 计算Simpson指数 simpson_index = df.apply(lambda x: simpson(x), axis=1) # 计算Berger-Parker优势种比例 bp_index = df.apply(lambda x: berger_parker_d(x), axis=1) alpha_diversities = pd.DataFrame({ 'shannon': shannon_index, 'simpson': simpson_index, 'berger_parker_d': bp_index }) return alpha_diversities ``` 此代码片段展示了如何基于给定的数据框df执行三种常见的alpha多样性指标——香农熵(shannon)，辛普森指数(simpson)，以及伯杰-帕克指数(berger_parker_d)。 ### 使用R语言进行Alpha多样性分析 而在R环境中，则可以通过`vegan`包来进行类似的运算[^3]: ```r library(vegan) # 加载物种相对丰度矩阵 matrix <- read.csv("./data/matrix_species_relab.tsv", header = TRUE, sep = "\t") # 将第一列表示样本ID移除作为样品名向量 sample_names <- rownames(matrix) otu_table <- matrix[, -1] # 执行alpha多样性测量 diversity_measures <- data.frame( Shannon = diversity(t(otu_table)), Simpson = diversity(t(otu_table), "invs"), BergerParker = specnumber(t(otu_table)) / sum(t(otu_table)) ) rownames(diversity_measures) <- sample_names print(diversity_measures) ``` 这段R脚本同样实现了对输入表格形式的OTU计数数据应用三个标准的alpha多样性测度方法：香农熵、倒置辛普森指数(inverted Simpson's Index)及伯杰-帕克密度(Berger Parker dominance)。
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