CB：南土所梁玉婷组-细菌群落的高稳定性和代谢能力促进了土壤中易分解碳的快速减少...

摘要

不可逆转的气候变化改变了土壤碳（C）的分解和固存。然而，具有不同初始有机物含量的土壤中C成分的稳定性及其与主要分解者对气候变暖的反应的关系仍不清楚。在这项研究中，我们将具有有机质（OM）梯度（2%~9%）的黑土（Mollisols）的从原位寒冷地区转移到五个气候较暖的地区，以模拟气候变化。富含有机质的土壤（OM>5%）比贫碳土壤（OM≤5%）更容易受到移位变暖的影响，主要损失的是烷氧碳、氧芳基碳和羧基碳。微生物β多样性随纬度、温度和降水的变化表明，富含C的土壤比贫C土壤含有更多的抗性细菌群落和更敏感的真菌群落，这导致富含C的土壤中的群落在应对移位增温时具有很强的C代谢和C利用能力。我们的研究结果表明，有机质含量高的土壤对气候变化的敏感性更高，这与主要细菌分解者的稳定性和代谢能力有关，这对预测土壤-气候反馈具有重要意义。

研究背景

陆地生态系统中土壤有机碳（SOC）的持续损失对全球变暖有积极的反馈作用。然而，不同有机质含量的土壤在变暖条件下土壤C成分的变化仍是未知数，限制了我们预测土壤对气候变化的反应的能力。一些研究表明，SOC的化学复杂性和分子结构的变化可以决定温度升高下微生物的分解和C周转速度。例如，植物衍生的聚合物，如木质素，具有复杂的化学结构，不容易在短时间内分解，而低分子量的化合物，如蛋白质、碳水化合物和脂肪，更容易受到气候变暖的不利影响，因为低分子量的C代谢成本较低。有机碳的化学复杂性可以从固态核磁共振（NMR）光谱识别的官能团的化学位移中推断出来，一些研究表明，C的可分解性是按照烷氧基C>烷基C>芳香族C的顺序。因此，SOC的分解速度在某种程度上与不同分子官能团的比例有关。例如，当烷氧C和二氧烷（di-O-alkyl）C的比例高时，SOC更容易流失，而当烷基C和芳香C的比例高时，SOC不容易流失。

  SOC的稳定性被定义为土壤中有机C抵抗变化和/或损失的趋势，包括抵抗性和恢复性。SOC对变暖的稳定性与它的初始数量和稳定性有关，并可通过微生物生理学的变化而减少，包括微生物C利用效率的提高和代谢酶活性的增加。根据代谢模型，可以推断出，生化反应速度随温度的升高会增加微生物对C的分解速度，降低土壤C的总体稳定性。此外，总的有机C分解率与气候变化引起的微生物群落组成的变化密切相关。例如，最近的一项研究表明，凋零物的分解取决于细菌和真菌群落组成的变化，与真菌相比，更快的细菌群落更替对凋零物分解速率有更大的影响。然而，以前的研究显示，群落组成对土壤C稳定性的影响主要体现在整体C分解或周转率上，目前仍不清楚哪些特定的C成分更容易受到群落组成变化的影响。

  在一个干扰相对较少的单一生态系统中，物种分类可能导致一个单一的、“功能最优”的群落，由具有一系列性状和种群密度的分类群组成，很适合开发可用的资源。然而，这种“功能最佳”群落容易受到环境变化（如气候变暖）的影响，并可能最终影响分解的速度。研究表明，环境异质性与微生物群落组成的变化（即β多样性）有明显的正相关关系，它们的相互作用会改变分解速率。这一发现可能是由于微生物的生活环境变化会引起微生物相互作用的变化，如资源竞争和代谢交叉喂食，这可能会减少（如通过竞争排斥）分解者群体的功能冗余。这一发现意味着，资源可用性的差异可能在很大程度上影响微生物群落的重新组合以及分解功能。此外，由于对环境变化的敏感性不同，即使在相同的资源状态下，不同的微生物群落（如细菌和真菌）可能对气候变化表现出不同的反应。然而，在不同的资源状态下（如有机碳含量），不同的重要分解者对气候变化的反应仍然难以捉摸。

  野外移位实验为我们提供了一个机会，以阐明温度和降水同时增加对微生物群落变化和对土壤C稳定性之间关系的影响，这可以增加我们对野外综合气候变化的生态后果的理解。在此，我们通过将具有不同初始土壤有机质（SOM；范围在2%~9% SOM kg^-1soil^-1）含量的土壤（基于FAO分类的黑土）从中温带沿温度梯度南移到暖温带和亚热带地区（图1），操纵了广泛气候梯度的土壤群落。由于移位而引起的变暖（translocation warming）被用作气候变化的代理，它整合了降水和温度的变化。在土壤移置一年后，测量了原位和移位地区气候制度间的SOC官能团的变化。在此，我们提出以下假设。1）由于稳定的微生物群落可以最大限度地维持原来“功能最优”的群落结构，因此，在移位变暖导致代谢增加的情况下，微生物群落的高稳定性有望导致C损失的增加;2)与低SOM土壤相比，高SOM土壤对气候变化引起的养分有效性和土壤pH变化具有更强的缓冲能力。因此，高SOM土壤中重要的分解者(如细菌和真菌)在迁移变暖下表现出更高的稳定性，从而导致易分解C的大量分解。我们的研究结果表明，与低碳土壤相比，有机碳在高SOM土壤中的分解速度较快，且以易分解官能团为主。这种差异与菌群较高的稳定性和代谢能力有关。

图1 实验设计图解

结果

01

 SOC及C分子官能团对移置变暖的响应

为研究不同初始有机质含量的黑土中有机C对气候变化的响应，我们开展了一个有机质梯度的置换实验。所建立的梯度包括bulk土壤和整个微生物群落。具体地说，我们的实验设计包括从三个气候类型相同的相邻地点收集五种有机物含量（2%、3%、5%、7%和9% SOM kg^-1 soil^-1）的土壤，随后将这些土壤转移到五个气候类型不同的温暖地区（图1）。每个地点都包含了所有的土壤有机质梯度。对5种有机质水平的90个样品进行了SOC和DOC与纬度的线性拟合分析，以评估总SOC和特定不同C组分(如活性碳)对移位变暖的响应。结果表明，土壤移置一年后，有机C含量的变化明显与土壤中初始SOM的比例密切相关(表S4)。相当大的SOC损失仅发生在土壤有机质含量在5%-9%的范围内(每1℃约损失0.4%)(图2a)。在富含C的土壤中，DOC的损失也比在贫C的土壤中要多(大约是贫C土壤的两倍，图2b)。

图2 土壤碳对气候变化的响应

此外，我们基于固态¹³C NMR光谱评估了不同官能团的特定C组分对移位变暖的响应(图3a和补充数据1)。结果显示，在最初的地点（HL），SOC在贫C土壤中以难降解C（如烷基和N-烷基/甲氧基C）为主，在富C土壤中以易降解C（如O-烷基、O-芳基C和羧基C）为主（补充资料中图S1）。不同的分子功能团对移位升温表现出不对称的反应（图3b和c）。与最冷的HL地点相比，在富C的土壤中，移位升温减少了（~11.48%）易降解的C，增加了（~3.79%）难降解的C。相反，在贫C的土壤中，移位变暖明显减少了（~7.16%）难降解的C，增加了（~8.43%）易降解C。

图3 不同有机碳官能团对移置变暖的响应

02

 细菌和真菌群落对移置变暖的响应变化

为了检验假设2，即有机质含量高的土壤中的细菌和真菌群落结构是否比有机质含量低的土壤中的群落结构更稳定，我们用各种统计方法分析了细菌和真菌群落对移位变暖的反应（见材料和方法）。与我们的预期一致，结果显示，SOM含量是影响细菌和真菌群落的主导因素，其次是气候因素（图4a和b，表1）。但是，细菌和真菌群落在移位升温下的稳定性与初始SOM含量之间的关系是不一样的。具体来说，细菌比真菌对SOM含量更敏感，而真菌比细菌更容易受到气候变化的影响（p < 0.001，表1）。此外，线性拟合分析表明，细菌和真菌群落的β-多样性与纬度变化（p < 0.001，图4c和d）和气候因素（图S2）显著正相关。细菌β-多样性对纬度、MAP和MAT变化的响应系数（k，代表群落组成的变化率）与SOM含量呈负相关（图4e，平均为0.041-0.018），而真菌β-多样性与SOM含量呈正相关（图4f，平均为0.036-0.078）。这些结果表明，在富C土壤中，细菌群落更加稳定，而真菌群落对易位升温更加敏感。

图4 土壤有机质梯度和气候变化对微生物群落组成的影响

为了了解贫碳土壤和富碳土壤中细菌和真菌群落的潜在相互作用模式，我们使用了网络分析（图S3a和b）。在富含C的土壤中，微生物网络结构对移位变暖的反应略有变化（边数的平均变化约为5%），但在贫C的土壤中却发生了明显变化（边数的平均变化约为50%）（表S1）。并且，细菌和真菌群落之间的负关联增加了2.9-3.9倍（图S4）。网络拓扑参数显示，富C的土壤中群落的网络复杂性和连通性始终高于贫C的土壤（表S1）。

03

 土壤微生物对不同C源的代谢情况

基于BIOLOG 96孔生态微孔板，所有90个土壤样品都与31个C源进行了培养，以解析土壤微生物的C代谢能力（表S2）。与最冷的HL地点获得的结果相比，移位升温大大增加了微生物的C分解能力（图S5）。移位升温对氨基酸、聚合物和碳水化合物的C代谢能力的促进作用，在富C土壤中明显高于贫C土壤（p＜0.05，图5a）。部分Mantel分析显示，与真菌相比，细菌与群落异养分解能力的关系更大（图5b）。当真菌群落被控制时，细菌群落组成的变化明显影响群落C代谢能力（p < 0.05）。此外，细菌和真菌的群落β-多样性与六类C源的代谢之间的拟合分析显示，群落的相似性与异养分解能力之间存在明显的正相关关系，尤其是富含C的土壤中的细菌群落（图5c）。

图5 碳代谢能力与微生物群落之间的关系

04

 生物和非生物因素与土壤易降解C和难降解C的关系

为了验证假设1，我们拟合了结构方程模型（SEMs），以确定土壤性质（pH值、水分、氨氮和硝氮）、气候条件（MAT和MAP）以及细菌和真菌群落结构对贫碳土壤和富碳土壤中的易降解C和难降解C的直接和间接影响（图6a和b）。结果表明，由土壤移位引起的土壤性质和气候条件的变化可以通过影响细菌和真菌群落的β-多样性来影响土壤C的代谢能力。与贫C土壤的结果相比，移位变暖对细菌β-多样性的影响较小，但对富C土壤中真菌β-多样性的影响较大。细菌β-多样性是影响群落碳代谢能力的一个主要生物因素，分别解释了贫碳土壤和富碳土壤中碳代谢变化的24%和46%（图S6）。随机森林模型分析表明，贫C土壤中C代谢的增加主要增强了微生物对难降解C（烷基、N-烷基/甲氧基和芳基C）的分解，富C土壤中C代谢的增加主要增强了微生物对易降解C（O-烷基、O-芳基C和羧酸C）的分解（图6）。这些结果表明，富含C的土壤中短期内大量的C损失主要是由高度稳定的细菌群落造成的，它们分解了更多的易降解C。

图6 生物和非生物因素对碳代谢能力的影响

讨论

据报道，较大的土壤C储存量更容易受到气候变暖的影响。具体来说，气候变暖会使C储量超过7 kg C m-2（相当于26.42 g C kg^-1 soil^-1）的土壤中的C损失相当大。同样，我们的研究结果表明，富C的土壤（>5%的SOM，相当于28 g C kg^-1 soil^-1）中的有机C比贫碳土壤中的有机C更容易受到气候变暖的影响（图2）。土壤中的C主要由富C的土壤中的易降解C（O-烷基、O-芳基和羧基C）和贫C的土壤中的难降解C（烷基、N-烷基/甲氧基和芳基C）组成（图S1）。因为大多数微生物可以使用易降解C作为能量来源，并且代谢易降解C的速度更快，所以富含C的土壤中的C，特别是易降解C，更容易被移位变暖影响。此外，在我们的实验中定期进行除草，以减少植物源C的输入。如果有植物源C输入，结果可能会有所不同，因为大量的植物源C输入可能会抵消变暖引起的C损失。

在我们的研究中，在有机物含量低的土壤中无法检测到总C含量的差异；然而，在更精细的分子水平上的分析显示，不同的C底物对移位相关的升温的反应有很大的不同。在贫碳土壤中，难降解的C的稳定性明显下降，而易降解C的稳定性明显增加（图3b和c）。这种差异可能是由于低营养的k-策略微生物（如酸杆菌和大多数真菌，见图S7）在贫碳土壤中占主导地位，它们更喜欢使用难降解的C。根据SOM的连续模型和分子功能团的权衡，微生物对难降解C的降解可能会增加O-烷基、O-芳基C和羧基C分子的积累，因为大分子量的OM在降解过程中会持续形成小分子量的有机化合物。因此，在贫碳土壤中，移位增温可能会增加易降解基团的稳定性，但会降低难降解基团的稳定性。

我们的结果表明，在富C土壤中，微生物群落的相似性与C的代谢能力之间存在明显的正相关关系（图5c）。这一发现意味着，初始微生物群落的组成对移位增温下的异养分解能力有较大影响。出现这种影响是因为稳定性高的微生物群落（主要指群落抵抗移位升温的能力）可能比稳定性低的群落在保留原始“功能最优”群落和维持生态系统功能方面发挥更关键的作用。此外，微生物群落结构的稳定性可能会影响微生物之间潜在网络互动的稳定性。

在此，我们发现富C土壤中的微生物网络连通性和稳定性要高于贫C土壤，这些特征与生态系统的多功能性以及C的利用和分配密切相关。产生这种效应的原因可能是富C土壤中不稳定的C底物比例高，有利于底物亲和力低、生长速度高的微生物的生长和繁殖，如变形杆菌、放线菌和拟杆菌的一些成员。在富含C的土壤中，易分解C分子，如O-烷基、O-芳基和羧基C分子预计会被这些微生物迅速利用，导致C的大量损失。

与以前的研究一致，我们发现，与真菌群落的结构相比，移位升温下的细菌群落结构与原位地区细菌群落的结构更为相似（图S8），这表明细菌对气候变化的抵抗力很强。高丰度、广泛的扩散和潜在的快速生长率都有助于细菌群落适应新的环境条件，并最大限度地保持原有群落的组成。同时，可被环境过滤选择的细菌多样性较高，以及细菌对短期气候变化的反应进化得更快，也有助于细菌群落组成对气候变化作出更迅速的反应。尽管一些真核生物真菌可能表现出高生理耐受性和高代谢灵活性的个体抵抗力，但群落结构的抵抗力体现在一个群落成员对干扰的抵抗力的一致性。

对微生物β多样性随纬度、温度和降水变化的变化系数的分析表明，富C土壤比贫C土壤含有更多的抗性细菌群落，更敏感的真菌群落。细菌对土壤性质的变化更为敏感，如pH值和营养物质的可用性。这里，RDA显示，土壤性质（如SOC、TN和土壤pH值）对细菌群落结构变化的贡献是真菌群落变化的两倍（图S9）。高的SOM含量可以缓冲气候变化对土壤资源（如养分供应、水分和pH值）的干扰。变异系数和主成分分析表明，土壤资源的变化，特别是硝态氮（NO₃^-1-N）的变化，在移位升温下，在富C土壤中明显低于贫C土壤（图S10）。此外，真菌群落结构的稳定性随着OM含量的增加而下降（图4d和f），这可能是由于随着营养供应的增加，细菌传递给真菌的生存压力增强。研究报告指出，细菌和真菌的竞争优势因其环境中的营养状况而异。一般来说，生长缓慢的微生物在营养贫乏的环境中往往具有较高的竞争优势，而快速生长的微生物在营养丰富的环境中占优势。根据以前的研究，细菌在高营养环境下比真菌生长得更快。因此，富C土壤中的细菌群落可能会传递更高的压力（如养分竞争）对真菌群落的影响，从而降低真菌群落结构的稳定性。

此外，尽管我们的研究结果表明，稳定的细菌群落结构有助于在移位变暖下的C分解，但这种关系的动态变化还需要在更长的时间内进行研究和验证。随着细菌和真菌群落持续适应变暖，其群落组成的变化与C分解之间的关系将如何变化？其次，由于微生物的C分解功能基因决定了它们的C分解潜力，因此有必要评估细菌和真菌的功能基因对气候变暖的反应以及它们与SOC稳定性的关系。此外，应该注意的是，在移位变暖的情况下，较高的微生物周转率可能会通过增加微生物坏死物质（即微生物残体）来部分抵消C的损失。微生物残体的C输入和旧C的分解之间的平衡可能是影响SOC稳定性的因素之一。因此，未来的研究应集中在定量评估全球变暖下，微生物生理学和残体物质对贫碳土壤和富碳土壤中SOC稳定性的影响。

Reference

参考文献

Runlin Huang, Thomas W. Crowther, Yueyu Sui, Bo Sun and Yuting Liang. High stabiligy and metabolic capacity of bacterial community promote the rapid reduction of easily decomposing carbon in soil. Communications Biology, (2021) 4:1376. DOI:10.1038/s42003-021-02907-3.

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作者简介

【第一作者】

黄瑞林：中国科学院南京土壤研究所博士研究生，主要关注植物与微生物互作，土壤微生物生态，土壤碳循环过程等。目前以第一作者发表了1篇Microbial Biotechnology、1篇Science of the Total Environment、1篇European Journal of Soil Science、1篇Communications biology。

【通讯作者】

梁玉婷：中科院南京土壤研究所研究员，博士生导师。清华大学学士、博士，University of Oklahoma访问学者、博士后。从事土壤微生物学领域的研究，近年来在农田土壤微生物组功能与稳定机制方面取得了较为系统的研究成果,揭示了我国不同气候带典型农田土壤中微生物群落结构特征及碳氮耦合转化、地力提升功能的演变规律等。发表SCI 60余篇，中文核心10余篇。承担国家自然科学优秀青年基金、江苏省杰出青年科学基金等，中科院青促会优秀会员，担任iMeta、《土壤学报》、Soil Ecology Letters等编委，中国土壤学会土壤质量标准化委员会主任、江苏省土壤学会学术工作委员会主任。

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