NC | 四川大学华西二院王少璞构建大型婴幼儿肠道菌群参考目录-CSDN博客

https://doi.org/10.1038/s41467-022-32805-z

人体肠道中共生着大量微生物，他们参与机体营养代谢，影响肠道免疫系统，调节人体健康状态。肠道菌群发育具有生命阶段特异性（即婴幼儿、成年、老年等），其中婴幼儿由于饮食、消化和免疫系统、外界环境等因素影响，与成人存在巨大差异，导致其肠道菌群组成和发育具有区别于成年人的显著特征，而这些特征能够影响婴幼儿的健康状态和疾病发生。同时，婴儿期作为肠道菌群定植的关键窗口期，该时期的肠道菌群对整个生命周期的肠道菌群发育具有“种子”效应，能够影响肠道菌群的后期发育和机体健康。因此，研究早期肠道菌群为治疗婴幼儿疾病提供了新的临床诊疗方案。其中，建立婴幼儿肠道菌群基因组和基因参考目录是研究婴幼儿肠道菌群的前提基础，可以更好地阐明婴幼儿肠道菌群的发育及其与疾病的关系。

近日，四川大学华西第二医院王少璞副研究员在《Nature Communications》发表题为“A compendium of 32,277 metagenome-assembled genomes and over 80 million genes from the early-life human gut microbiome”的研究论文。研究团队通过分析来自11个国家6122个婴幼儿（0～3岁）的肠道菌群宏基因组数据，构建了32277个婴幼儿肠道菌群基因组和86,678,654个基因包括4,036,936个非冗余基因序列簇，进而建立了目前已知最大的婴幼儿肠道菌群基因组参考目录（ELGG）。为了解该基因组的功能，研究人员进一步预测其蛋白质编码序列，共获得400万个蛋白质集群，建立了婴幼儿肠道微生物的蛋白参考目录（ELGP）。通过菌种水平鉴定，该基因组目录共包含2172个菌种，包括2171细菌和1个古生菌，而其中高达60%的菌种目前无法通过体外培养获得，该发现丰富了目前婴幼儿肠道菌群的多样性，弥补了体外培养菌群的不足之处。

婴幼儿肠道菌群参考目录数据组成（a），2171细菌基因组系统发育树（b），以及蛋白参考目录与UHGP蛋白序列的比较（c）。

双歧杆菌属是婴儿时期的重要菌群，对婴幼儿利用母乳具有重要作用。研究团队在构建的参考目录基础上，进一步分析了8种重要双歧杆菌的泛基因组及其对母乳低聚糖的降解利用能力等。分娩方式对婴幼儿肠道菌群影响较大，为进一步阐明剖宫产和自然分娩对其肠道菌群的影响，研究团队在基因组水平对通过不同分娩方式下的婴幼儿肠道菌群进行了深入分析，包括耐药基因在基因组水平的变化规律等。最后，比较了婴幼儿与成年人肠道菌群的在基因组结构和功能的差异性，揭示了婴幼儿时期肠道菌群的特异性。

综上，该研究成功构建了目前最大的婴幼儿肠道菌群基因组和基因参考目录，并在此基础上对婴幼儿肠道菌群领域关注的重点问题进行了分析。研究结果将对后续的婴幼儿肠道菌群研究提供重要的参考意义，为更全面的认识婴幼儿肠道菌群的发育、阐明其与婴幼儿疾病的关系奠定了基础。

王少璞副研究员为该论文的通讯作者，研究方向为母婴肠道菌群与新生儿疾病。目前以第一作者/通讯作者在Nature Communications、Gut Microbes、Trends in Genetics、Trends in Microbiology、FEMS Microbiology Reviews, Carbohydrate Polymers等期刊发表多篇论文。该研究得到了国家重点研发计划、国家自然科学基金等支持。

参考文献

Zeng, S., Patangia, D., Almeida, A. et al. A compendium of 32,277 metagenome-assembled genomes and over 80 million genes from the early-life human gut microbiome. Nat Commun 13, 5139 (2022). https://doi.org/10.1038/s41467-022-32805-z

10000+：菌群分析宝宝与猫狗梅毒狂想曲提DNA发Nature

系列教程：微生物组入门 Biostar 微生物组宏基因组

专业技能：学术图表高分文章生信宝典不可或缺的人

一文读懂：宏基因组寄生虫益处进化树必备技能：提问搜索 Endnote

扩增子分析：图表解读分析流程统计绘图

16S功能预测 PICRUSt FAPROTAX Bugbase Tax4Fun

生物科普: 肠道细菌人体上的生命生命大跃进细胞暗战人体奥秘

写在后面

为鼓励读者交流快速解决科研困难，我们建立了“宏基因组”讨论群，己有国内外6000+ 科研人员加入。请添加主编微信meta-genomics带你入群，务必备注“姓名-单位-研究方向-职称/年级”。高级职称请注明身份，另有海内外微生物PI群供大佬合作交流。技术问题寻求帮助，首先阅读《如何优雅的提问》学习解决问题思路，仍未解决群内讨论，问题不私聊，帮助同行。

点击阅读原文，跳转最新文章目录阅读