一文get微生物基因组分析全功能

微生物分析花样多，不懂编程真受挫。

开源软件上百种，我也不知选哪种。

画图改参真上头，文章被拒无处投。

别慌，经典的CLC Genomics Workbench基于图形化操作界面，提供了一整套完整的微生物基因组分析工具！让您轻松完成病原微生物溯源、纯株测序数据、宏基因组、16S/18S/ITS等数据分析。帮助您快速获得系统进化树、物种丰度和多样性、耐药和毒力基因、功能注释、代谢通路、MLST分型、病毒整合位点等结果。

接下来的系列小视频将带您全面了解CLC微生物基因组分析功能，生成发表文章用的高质量图片~

01

突变分析和SNP tree构建

Variant detection：鉴定微生物基因组突变位点

Create SNP Tree：基于SNP位点构建进化树

02

宏基因组分析及丰度展示

Taxonomic profiling：一键完成宏基因组数据分析，获得物种丰度图表

03

扩增子分析和多样性比较

OTU clustering：分析16S/18S/ITS数据，得到物种丰度图表

Alpha diversity和Beta diversity：分析并展示组间的多样性差异

Identify pathway：借助PICRUSt2 multiplication table推测EC number，并富集代谢通路

04

耐药和毒力基因鉴定

Find resistance：鉴定序列中的耐药和毒力基因

Annotate CDS：注释CDS、结构域、GO term等信息

05

cgMLST和wgMLST分析

Type with MLST scheme：快速得到菌株MLST分型，构建minimum spinning tree

06

病毒整合位点鉴定

Identify viral integration sites：快速鉴定病毒与宿主基因组的整合位点

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END