Microbiome | 二氧化碳浓度升高改变小麦根际微生物群落组成和代谢以矿化有机磷...

---

编译：微科盟沐秋，编辑：微科盟居居、江舜尧。

微科盟原创微文，欢迎转发转载，转载须注明来源《微生态》公众号。

导读

了解大气CO₂升高(eCO₂)如何影响植物根际磷(P)转化，对于维持生态可持续性以应对气候变化至关重要，特别是在土壤P有效性低的农业系统中。本研究使用根箱将根际区域(植物根-土界面)物理分隔为1.5 mm的区段。小麦在eCO₂(800 ppm)和环境CO₂(400 ppm)条件下的两种土壤(Chromosol和Vertosol)中生长，并添加植酸盐(即有机磷)。通过¹³CO₂标记追踪植物-土壤中的光合碳流。对根生长区以及距根部1.5 mm和3 mm的根际相关微生物群落进行扩增子测序。结果表明，eCO₂加速了根际植酸盐矿化。虽然eCO₂条件下与植酸矿化刺激相关的ASVs在两种土壤间存在差异，但这些ASVs属于同一门，与植酸酶和磷酸酶的产生有关。eCO₂条件下小麦根际共生菌根得益于植物C供应和土壤P获取的增加。此外，eCO₂诱导表达戊糖磷酸途径的基因库(RNA/DNA前体生物合成的中心途径)的增加进一步支持了这一结果。综上所述，eCO₂条件下地下碳流的增加刺激了细菌的生长，改变了群落组成，有利于降解芳香族磷化合物的系统发育型。有人提出，在eCO₂条件下，细菌会增加对合成代谢过程的能量投入，以提高微生物对P的利用率，与共生菌根协同作用从而进一步增强有机磷的竞争和矿化。

论文ID

原名：Elevated atmospheric CO₂ alters the microbial community composition and metabolic potential to mineralize organic phosphorus in the rhizosphere of wheat

译名：大气二氧化碳浓度升高改变小麦根际微生物群落组成和代谢以矿化有机磷

期刊：Microbiome

IF：16.837

发表时间：2022.1

通讯作者：金剑，唐才贤

通讯作者单位：澳大利亚拉筹伯大学

DOI号：10.1186/s40168-021-01203-w

实验设计

结果

1 eCO₂对光合碳分配和植酸盐矿化的影响

在两种不同土壤上，eCO₂都显著增加了小麦生物量和植物P含量(图S1)。此外，eCO₂导致小麦植株C固定增加，其表现为在两种土壤中，地上部和根中¹³C富集率分别增加了32%和50%。eCO₂也增加了地下C沉积(¹³C在根际土壤中的富集增加了1.6倍)。此外，eCO₂显著增加了小麦根际矿化植酸盐(Chromosol和Vertosol中分别增加了9%和45%)(图1A)。相比之下，Chromosol和Vertosol中根际土壤有效P的含量分别降低了11%和13%(图1B)。

图1 小麦植株在环境CO₂浓度(aCO₂，400 ppm)和大气CO₂浓度升高(eCO₂，800 ppm)条件下的Chromosol和Vertosol土壤中生长10周，在根际距离1 mm、1.5 mm和3 mm的区室中(A)矿化植酸盐和(B)有效P含量。

2 微生物C、P和呼吸与植酸盐矿化的关系

eCO₂改变了根际微生物特征。小麦根际微生物生物量C从aCO₂处理的258 μg·g^-1(±12.2 SE)增加至eCO₂处理的301(±13.1 SE) μg·g^-1。在Vertosol中，eCO₂使微生物生物量C从152 μg·g^-1(±7.9 SE)增加到172 μg·g^-1(±6.6 SE)(图2A)。但eCO₂并没有增加Chromosol中微生物P的含量，反而降低了Vertosol中根际微生物P的含量(图2B)。在两种土壤中，eCO₂都显著增加了根际微生物的呼吸速率(p<0.01)(图2C)。基于eCO₂对微生物生物量C的增加效应，eCO₂显著提高了两种土壤中微生物C/P比和单位微生物P呼吸速率(图2D，2E)。两种土壤中矿化P与土壤有效P呈负相关，但与微生物C/P比和单位微生物P呼吸速率呈正相关(图3)。

图2 小麦植株在环境CO₂浓度(aCO₂，400 ppm)和大气CO₂浓度升高(eCO₂，800 ppm)条件下的Chromosol和Vertosol土壤中生长10周，在根际距离1 mm、1.5 mm和3 mm的区室中(A)微生物生物量C；(B)微生物P；(C)土壤呼吸速率；(D)微生物C/P比和(E)单位微生物P呼吸速率。

图3 小麦植株在环境CO₂浓度(aCO₂，400 ppm)和大气CO₂浓度升高(eCO₂，800 ppm)条件下的Chromosol和Vertosol土壤中生长10周，小麦根际矿化植酸盐与(A)土壤有效P含量；(B)微生物C/P比和(C)单位微生物P呼吸速率的关系。*、**和***分别表示在p<0.05、p<0.01和p<0.001水平的差异显著性。

3 eCO₂条件下细菌和真菌多样性及其与植酸盐矿化的关系

与Vertosol相比，eCO₂对微生物多样性的影响在Chromosol中更为明显。eCO₂显著增加了Chromosol中0、1.5和3 mm根际区室的细菌物种丰富度，增幅达33%(图4)。Shannon多样性指数的变化趋势与之相似。相对于环境CO₂(aCO₂)，eCO₂条件下生长在Chromosol中的小麦根际细菌均匀度降低。然而，在Vertosol中，根际物种丰富度、Shannon和均匀度指数不受eCO₂的显著影响。与细菌群落类似，当小麦植株在Chromosol的eCO₂环境下生长时，真菌群落在0、1.5和3 mm根际区室中具有更高的物种丰富度和Shannon指数(图4，S2)。然而，在Vertosol中，CO₂处理对真菌群落α-多样性的各项指数均无显著影响。

基于PERMANOVA检验的非度量多维尺度(NMDS)分析进一步表明，根际区域的细菌和真菌群落与非根际土壤有着明显差异，且受到eCO₂的显著影响。在Chromosol中，eCO₂处理下0~3 mm根际细菌和真菌群落与aCO₂处理下的细菌和真菌群落存在明显差异，说明eCO₂改变了微生物群落组成(图5)，eCO₂对Vertosol中微生物群落组成的影响也有类似的趋势。

图4 小麦植株在环境CO₂浓度(aCO₂，400 ppm)和大气CO₂浓度升高(eCO₂，800 ppm)条件下的Chromosol和Vertosol土壤中生长10周，在根际距离1 mm、1.5 mm和3 mm的区室中细菌和真菌物种丰富度、Shannon指数和Pielou均匀度指数。ns，*，**和***分别表示两样本Wilcoxon Mann-Whitney检验在p>0.05、p<0.05、p<0.01和p<0.001水平的差异显著性。

图5 小麦植株在环境CO₂浓度(aCO₂，400 ppm)和大气CO₂浓度升高(eCO₂，800 ppm)条件下的Chromosol和Vertosol土壤中生长10周，在根际距离1 mm、1.5 mm和3 mm的区室中，NMDS分析土壤细菌(A和B)和真菌(C和D)群落组成(基于Bray-Curtis差异)。

为了在本研究中呈现ASVs相对丰度数据中的系统发育尺度基础模式，我们采用系统发育因子分析进一步证实两种土壤都含有响应eCO₂的Bacteroidetes(模型1)，且与植酸盐矿化增加有关(模型2)(图6)。Chromosol中的系统发育因子8、9和15代表拟杆菌门中112个ASVs的丰度；Vertosol中的系统发育因子1代表拟杆菌门中270个ASVs的丰度(还包括Gemmatimonadetes和Chloroflexi)都受到eCO₂的显著影响(p < 0.05)(图6)。这些拟杆菌门中的大多数(Chromosol中96%的系统发育因子8，9和15；Vertosol中70%的系统发育因子1)属于Sphingobacteriaceae、Chitinophagaceae和Microscillaceae；在Vertosol中还包括Hymenobacteraceae。此外，系统发育因子分析表明，Chromosol中因子5(包含47个ASVs)以及Vertosol中的因子1和6(包含105个ASVs)主要属于Gemmatimonadaceae，均对eCO₂有显著响应(p < 0.05)。酸杆菌门的相对丰度从非根际土壤到3 mm、1.5 mm到0 mm根际区室逐步降低，而拟杆菌门的相对丰度则随着根部的靠近而增加(图S3)。

此外，为了阐明微生物丰度与植酸盐矿化之间的联系，采用回归-系统发育因子模型对以植酸盐矿化为解释变量回归的系统发育因子进行加性分析(模型2)。结果表明，所有Bacteroidetes和大多数Gemmatimonadetes的总丰度与根际植酸盐矿化增加有关，这一特征在两种土壤中表现一致(图6)。在真菌属中，eCO₂显著增加了Chromosol中小麦根际Agaricus(担子菌门)丰度以及Claroideoglomus和Funneliformis(球囊菌门)的丰度，以及Vertosol中尚未被鉴定的担子菌门真菌Auriculariales目的丰度(图7)。

图6 以CO₂处理(aCO₂或eCO₂)作为解释变量(模型1)，建模分析eCO₂对细菌系统发育类群(系统发育因子)的影响。将Chromosol(A)和Vertosol(B)中三个根际区室的样品混合(n = 18; Chromosol，n = 18; Vertosol)。系统发育树的边缘颜色表示它们的门水平归属(左)。高亮显示的组(右)代表与CO₂相关的系统发育因子丰度。

图7 小麦植株在环境CO₂浓度(aCO₂, 400 ppm)和大气CO₂浓度升高(eCO₂, 800 ppm)条件下的Chromosol(A)和Vertosol(B)土壤中生长10周，分析eCO₂对根际真菌属丰度的影响。图示列出了对eCO₂有显著响应(p<0.05，Holm校正；log-fold change > 0.5或< −0.5)的真菌属。误差线表示标准误差(n=9)。

4 微生物代谢途径对eCO₂的响应

从细菌标记基因可以估算出，eCO₂显著增加了Chromosol和Vertosol中糖酵解(来自葡萄糖6-磷酸盐)和戊糖磷酸途径的细菌遗传库(图S4)。戊糖磷酸途径产生戊糖和核糖5-磷酸，后者是核苷酸合成的前体物质；糖酵解途径将葡萄糖转化为丙酮酸并产生三磷酸腺苷(ATP)。此外，eCO₂促进了Chromosol和Vertosol中脱氧核糖核苷和核糖核苷再生途径的代谢潜力。采用稀疏偏最小二乘回归(sPLS)分析表明，在Vertosol中，糖酵解和戊糖磷酸途径遗传潜力的增加预示了植酸盐矿化的增加(图8)。此外，一般而言，预测植酸盐矿化增加的代谢途径潜力与有效氮减少和微生物C增加有关(图8)。

图8 小麦植株在环境CO₂浓度(aCO₂, 400 ppm)和大气CO₂浓度升高(eCO₂, 800 ppm)条件下的Chromosol和Vertosol土壤中生长10周，小麦根际区室中与矿化植酸盐、微生物生物量C和有效氮等土壤变量相关的微生物代谢途径(根据MetaCyc数据库)的相对丰度热图。

讨论

1 微生物P需求增加有利于P矿化

eCO₂提高了小麦根际微生物对磷的利用率。微生物磷利用效率的提高归因于eCO₂下根系分泌物的增加导致生物有效碳的增加。eCO₂条件下根际植物源性C增加与微生物生长增加相对应(图2和图4)，这与此前其他植物的研究结果一致。因此，根际微生物生物量的增加导致了更多的磷需求(图2)。然而，本研究中eCO₂导致小麦P吸收增加(图S1)，这可能会加剧根际植物和微生物之间对P的竞争，尤其在缺P土壤中。eCO₂处理下小麦根际中有效P浓度显著降低，进一步表明根际微生物对P的竞争力增强(图1B)。因此，eCO₂显著提高了根际微生物C/P比(图2)，这意味着根际微生物的营养状况从C限制转为P限制，且P利用率得到提高。此外，eCO₂增加了单位微生物P呼吸速率，进一步表明eCO₂在代谢水平上提高了微生物对P的利用，这一效应在Vertosol中最为明显。

eCO₂条件下微生物P利用率的提高可能有利于植酸盐矿化。本研究中，eCO₂条件下小麦根际植酸盐矿化增加(图1)，这一结果得到先前FACE研究结果的支持，该研究报告许多农业土壤中的微生物会提高对有机P组分的获取以响应eCO₂。此外，本研究表明，植酸盐矿化增加以及随之而来的微生物生物量P限制(图2和图3)有利于根际P代谢更强的微生物生长。这在Vertosol中最为明显，其中植酸盐矿化对微生物C/P比的响应更为显著(图3B)。

2 细菌分类学和代谢途径对P矿化和微生物P利用率的影响

eCO₂诱导植酸盐矿化增加的实际作用机制是微生物群落组成和功能如何随着eCO₂条件下植物C流入根际的增加和土壤中植酸盐含量的增加而发生变化。本研究中，在eCO₂条件下，微生物群落β-多样性与植酸盐矿化有关。在P限制性较强的Vertosol土壤中，eCO₂对小麦根际物种丰富度、Shannon指数和Pielou均匀度的影响较小(图4)。而β多样性对eCO₂下根际P矿化的响应更灵敏。结果表明，eCO₂改变了小麦根际细菌群落组成，这种影响在Chromosol中更为显著(图5)。因此，我们猜测在这两种土壤中，一些具有共同代谢特征的细菌类群对eCO₂及其导致的根际磷限制作出了响应。随后的系统发育因子分析表明，在Chromosol和Vertosol中，eCO₂条件下Bacteroidetes和Gemmatimonadetes两大细菌门在根际中相对富集，且与植酸盐矿化呈正相关(图6，图S3)。总的来说，这组细菌由Vertosol中的375个ASVs和Chromosol中的159个ASVs组成。尽管两种土壤的ASVs不同，但它们在C和P转化方面可能具有相似的代谢功能，这将在下面进一步讨论。

在本研究中，Bacteroidetes和Gemmatimonadetes可能参与eCO₂条件下根际C和P的转化过程。在这两种土壤中，最常见的Bacteroidetes科、Chitinophagaceae和Microscillaceae，其次是Sphingobacteriaceae和Hymenobacteraceae。例如，前人研究发现Chitinophagaceae能够矿化复杂的有机化合物，如几丁质和纤维素，并产生β-葡萄糖苷酶。此外，Gemmatimonadaceae的微生物能够适应低营养环境，并在胞内积累多磷酸盐，现已用于废水处理系统中的磷酸盐固定。本研究中，Gemmatimonadaceae对水和土壤中有机P的类似响应表明，Gemmatimonadacea在各种生态系统中对微生物种群的高效植酸盐矿化起着重要作用。

与P矿化相关的Bacteroidetes和Gemmatimonadetes的一些微生物在根际对eCO₂的响应相似，表明相似的系统型和基因可能与eCO₂响应有关。在这两种土壤中，P矿化与编码没食子酸甲酯和没食子酸酯降解途径的许多功能基因存在显著关联(图8)，这些途径参与芳香族化合物的降解。由于植酸盐与芳香族化合物具有相似的C骨架结构，因此C和P的矿化可能是一个共代谢过程。Spoh和Kuzyakov的研究证明，不同森林土壤中的P矿化是由微生物对C的需求驱动的，这一结果也支持了本研究的观点。

eCO₂进一步改变了微生物代谢，提高了微生物P利用率。细菌在eCO₂条件下进行最有利于其生长的代谢机制涉及RNA/DNA前体生物合成的中心途径。P是核苷酸组装形成核酸的关键组分。根据ASV丰度预测发现，在eCO₂条件下，两种土壤的遗传库都向戊糖磷酸途径和嘧啶脱氧核糖核苷再生途径转移(图S4)。戊糖磷酸途径产生用于合成代谢反应的等效物，即烟酰胺腺嘌呤二核苷酸磷酸(NDPH)，并保护微生物细胞免受有毒活性氧(ROS)的侵害。此外，核糖核苷酸的从头合成是一个耗能过程，因此具备有利细胞膜形态和关键酶基因表达能力的细菌具有明显优势，在eCO₂下可以促进嘧啶脱氧核糖核苷的再生。因此，当能量供应充足时(例如eCO₂下根系分泌物增加)，这些系统型在P限制环境中可以增强合成并维持DNA和RNA构件的能力，从而更具竞争力。eCO₂诱导的根际微生物代谢向合成代谢过程的转变可能是微生物群落对供能充足但缺P环境的适应能力，这可能导致在eCO₂条件下微生物P利用率的提高。

3 真菌群落对P矿化的贡献

在Chromosol和Vertosol两种土壤中，真菌Shannon指数的增加与植酸盐矿化增加有关(图S5)。这说明在eCO₂条件下真菌在有机P矿化中具有特殊作用。在eCO₂条件下，Chromosol中Agaricus的丰度和Vertosol中Auriculariales的丰度都相对较高(均属于外生菌根)(图7)，可以获取多种P库及有机质。此外，eCO₂诱导的Chromosol根际Claroideoglomus和Funneliformis的富集与丛枝菌根有关，这可能提高植物对土壤P的竞争力或刺激细菌介导的有机P矿化过程。但目前尚不清楚真菌群落是否直接参与植酸盐矿化，或是通过菌根菌丝体加速正磷酸盐的消耗，从而导致细菌群落向矿化更多有机P的方向转变。本研究中，eCO₂条件下，这些真菌属(即定殖根的丛枝菌根)的相对丰度增加与植酸盐矿化呈正相关，而与有效P呈负相关，表明真菌群落可能通过定殖植物根部消耗正磷酸盐，以及增强根际细菌对有机P的矿化间接影响植酸盐矿化。

此外，与植酸盐矿化相关的真菌属还可能参与有机质的分解以获取养分。在本研究中，Ascobolus和Arachnomyces可能与植酸盐矿化有关(图7)，其中Ascobolus可以获取粪便中的营养，Arachnomyces能够分解木质素和纤维素。因此，eCO₂条件下，真菌群落中的一些属也可能通过分解土壤中的有机化合物直接加速植酸盐的矿化。

结论

CO₂浓度升高促进了小麦根际植酸盐的矿化。在eCO₂条件下，植物C向根际外流增加，刺激了微生物活性，导致微生物群落对P的竞争加剧。eCO₂诱导的能够降解芳香族化合物的细菌属相对丰度的增加可能有助于根际植酸盐矿化。此外，富集的菌根菌可能与植物形成共生关系，进一步消耗根际不稳定P，从而增强根际细菌矿化有机P的能力(图9)。eCO₂条件下微生物合成代谢的增强可能反映了根际微生物群落对缺P条件下植物C流增加的适应能力，从而提高微生物P利用率和有机P矿化。土壤中微生物代谢矿化有机磷的能力似乎相似。由于微生物代谢对C和P转化的刺激，在eCO₂环境下生长的作物根际土壤中有机磷的矿化可能会加速。未来研究应阐明eCO₂条件下根际细菌和真菌综合代谢与有机P矿化的关系。

图9 在eCO₂条件下生长的小麦根际微生物获取植酸盐的示意图。上箭头(↑)和下箭头(↓)分别表示增加和减少。红色箭头和蓝色箭头分别表示C流和P动态。虚线箭头表示未知的P转化过程。

原文链接：

https://microbiomejournal.biomedcentral.com/articles/10.1186/s40168-021-01203-w

猜你喜欢

iMeta简介 高引文章 高颜值绘图imageGP 网络分析iNAP
iMeta网页工具 代谢组MetOrigin 美吉云乳酸化预测DeepKla
iMeta综述 肠菌菌群 植物菌群 口腔菌群 蛋白质结构预测

10000+：菌群分析 宝宝与猫狗 梅毒狂想曲 提DNA发Nature

系列教程：微生物组入门 Biostar 微生物组  宏基因组

专业技能：学术图表 高分文章 生信宝典 不可或缺的人

一文读懂：宏基因组 寄生虫益处 进化树 必备技能：提问 搜索  Endnote

扩增子分析：图表解读 分析流程 统计绘图

16S功能预测   PICRUSt  FAPROTAX  Bugbase Tax4Fun

生物科普:  肠道细菌 人体上的生命 生命大跃进  细胞暗战 人体奥秘  

写在后面

为鼓励读者交流快速解决科研困难，我们建立了“宏基因组”讨论群，己有国内外6000+ 科研人员加入。请添加主编微信meta-genomics带你入群，务必备注“姓名-单位-研究方向-职称/年级”。高级职称请注明身份，另有海内外微生物PI群供大佬合作交流。技术问题寻求帮助，首先阅读《如何优雅的提问》学习解决问题思路，仍未解决群内讨论，问题不私聊，帮助同行。

点击阅读原文，跳转最新文章目录阅读