Microbiome | 烟台大学张燕英团队揭示海水养殖对鳗草根际沉积物和海水微生物组的影响...-CSDN博客

不同海水养殖区域鳗草根际沉积物及海水微生物组的新见解

Novel insights into the rhizosphere and seawater microbiome of Zostera marina in diverse mariculture zones

Research Article，2024-2-14，Microbiome，[IF 15.5]

原文链接：https://doi.org/10.1186/s40168-024-01759-3

第一作者：孙浩

通讯作者：张燕英

通讯单位：烟台大学海洋学院

- 摘要 -

背景：海草能够提供多种生态服务，具有高水平的初级生产力。然而，海水养殖的发展影响了海草床生态系统的稳态。植物与微生物之间的联系对海草健康至关重要，但目前对环境微生物组的作用以及它们在海水养殖环境下对海草的影响知之甚少。本研究探讨了海水养殖对海草鳗草（Zostera marina）根际沉积物和海水微生物组的影响，重点关注了细菌、真菌以及其他真核生物在群落组成、多样性、代谢以及对海水养殖环境的响应情况。

结果：根际沉积物与海水之间的细菌群落在组成、丰富度、多样性和内部相互作用关系上存在显著差异，而真菌和真核生物群落的差异较小。海带和海参养殖区的海水和根际沉积物中发现了更为复杂的细菌和真菌共现性网络。与其他三个区域相比，海带养殖区的海水具有更高水平的异化和同化硝酸盐还原、反硝化和固氮过程。海带养殖区根际沉积物中的同化硫酸盐还原酶含量高于其他三个区域。四环素、磺胺和磺胺嘧啶抗性基因在海带以及海参养殖区明显富集。

结论：我们的研究结果有助于更好地了解海水养殖对海草和海草床生态系统的影响，揭示其潜在的运作机制，从而有助于提高人们对人类活动影响自然生态系统的稳定、抗生素使用监管以及环境生态修复的认识。

- 结果 -

最近，烟台大学的张燕英团队在Microbiome杂志上发表了题为“Novel insights into the rhizosphere and seawater microbiome of Zostera marina in diverse mariculture zones”的研究文章。该文章通过对从自然海区以及海水养殖区获得的鳗草根际沉积物和海水样品中的细菌、真菌以及其他真核生物进行组成、功能以及环境响应方面进行分析，揭示了海水养殖影响下微生物的变化及其与鳗草在代谢功能方面的联系。

海草在世界各地广泛分布，是唯一适应水下环境的开花植物，该研究所关注的鳗草广泛分布于北半球沿海区域。海草床生态系统能够充当碳的“汇”，每年可固定高达27.4 Tg的海洋有机碳。最近的研究表明，植物-微生物的相互作用促进了多种代谢物交换，微生物群落的存在对于海草种子萌发、植物激素产生和针对病原体的防御机制的形成至关重要。海草根际沉积物和海水是氮和硫代谢的热点区域，这一过程由特定的微生物，特别是细菌进行调控，包括固氮、硝化、铵生成、硫化物氧化和硫酸盐还原。而真菌和其他真核生物如海藻等对海草群落的稳定性和初级生产力的发展有重要作用，但该领域的研究相比于细菌仍然较少。与海草相关的微生物，包括细菌、真菌和真核藻类，越来越被认为是海草生态学的关键组成部分。

海水养殖对于提高沿海地区的收入和促进海洋经济发展至关重要。然而，它不可避免地会影响原有的生态稳态。中国拥有亚洲最大的海水养殖面积和产量，在过去的几十年里，中国的海水养殖以~6%的年增长率持续增长。然而，海水养殖的快速发展造成了许多环境问题，如海洋污染、富营养化、抗生素残留和食品安全问题。抗生素残留物使水体和沉积物中的抗生素抗性基因富集，改变了微生物群落结构及其参与的生物地球化学循环过程，最终威胁海洋生物的稳定。

为此，研究人员研究了自然海区、海带养殖区、海参养殖区和海草床修复区鳗草根际沉积物和海水中细菌、真菌以及真核生物群落的组成差异，分析了不同物种类群与环境之间的相互作用关系，阐释了不同环境下的KEGG功能差异，着重关注氮代谢以及硫代谢过程。研究发现根际沉积物与海水之间的细菌群落在组成、丰富度、多样性和内部相互作用关系上存在显著差异，而真菌和真核生物群落的差异较小。通过共现性网络分析发现海水养殖使得鳗草根际沉积物和海水中细菌和真菌群落变得更复杂。此外，作者还分析了四个不同海区中的抗生素抗性基因的情况，发现海带和海参的养殖使该区域环境中的四环素、磺胺和磺胺嘧啶抗性基因显著上升。

综上，该研究揭示了海水养殖对海草微生物组的影响，可以提高人们对海水养殖与海草床生态系统之间相互作用的认识与理解。这些新颖的见解有助于唤起人们对保护海洋环境免受人类活动干扰的重视。

- 主要图表 -

图1：纲水平上自然海区（N）、海带养殖区（SJ）、海参养殖区（SC）和海草床修复区（SR）鳗草根际沉积物和海水中的细菌、真核生物和真菌群落组成。

A，细菌群落。B，真核生物群落。C，真菌群落。

图2：自然海区、海带养殖区、海参养殖区和海草床修复区鳗草根际沉积物和海水中的细菌、真核生物和真菌群落的富集分析。

A、B、C，海水中的细菌、真核生物和真菌群落。

D、E、F，根际沉积物中的细菌、真核生物和真菌群落。

图3：ASV水平上自然海区、海带养殖区、海参养殖区和海草床修复区鳗草根际沉积物和海水中细菌群落的共现性网络分析。

A、B、C、D，四个区域的海水样品。

E、F、G、H，四个区域的根际沉积物样品。

图4：自然海区、海带养殖区、海参养殖区和海草床修复区鳗草根际沉积物和海水中细菌、真核生物和真菌群落中不同物种类群对环境的响应。

A、B、C，海水样品中的细菌、真核生物和真菌组分。

D、E、F，根际沉积物样品中的细菌、真核生物和真菌组分。

图5：自然海区、海带养殖区、海参养殖区和海草床修复区鳗草根际沉积物和海水中不同生物组分对KEGG功能的贡献。

图6：自然海区、海带养殖区、海参养殖区和海草床修复区鳗草根际沉积物和海水中KEGG功能富集分析。

A，海水样品。B，根际沉积物样品。

图7：自然海区、海带养殖区、海参养殖区和海草床修复区鳗草根际沉积物和海水中氮代谢差异。

A，海水样品。B，根际沉积物样品。

参考文献

Sun, H., Wang, T., Liu, S. et al. Novel insights into the rhizosphere and seawater microbiome of Zostera marina in diverse mariculture zones. Microbiome 12, 27 (2024). https://doi.org/10.1186/s40168-024-01759-3.

- 第一作者简介 -

烟台大学

孙浩

讲师

烟台大学优秀青年学者，讲师。博士毕业于中国海洋大学，主要研究海洋动植物与海洋微生物之间的相互作用，揭示它们之间的相互作用机制。至今已发表SCI论文20余篇，包括以第一作者/通讯作者身份在Microbiome、Science of The Total Environment、Environmental Microbiology、Microbial Ecology等刊物上发表SCI论文11篇。

- 通讯作者简介 -

烟台大学

张燕英

教授

烟台大学，教授。博士毕业于中国科学院南海海洋研究所，先后在美国俄克拉荷马大学（周集中院士），圣地亚哥州立大学（Rohwer Forest 教授）访学。研究方向微海洋微生物生态学及资源利用，主要研究海洋微生物群落结构和功能，重点关注海洋动植物共附生微生物组学、微生物介导的关键生源要素循环、益生微生物资源挖掘及利用。先后主持国家自然科学基金、国家重点研发子课题、国家 863 子课题等国家级项目8项，获海洋科学技术二等奖 1 项，参与出版学术专著 2 部，授权国家发明专利 15 项，发表 SCI学术论文 50 余篇。

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