近日中山大学施莽团队联合深圳华大生命科学研究院、复旦大学利用宏转录组测序方法探索全国23个省82个县市共计2438只蚊子个体的病毒组分析。课题组所有成员历时5年，在全国范围内多种生态环境下采集超过80个蚊种，约10万只蚊虫，样点的地理跨度最大达到4000公里，覆盖我国主要人口密集区，以及云南、西藏、内蒙古、新疆等边境地区（图1）。
全球变化的大背景下，由虫媒病毒引起的新发传染病的流行趋势不断上升。然而我们对于蚊等常见媒介生物所携带的病毒多样性和生物地理格局的了解仍然十分有限。
[图1] 样本地理分布与蚊虫多样性
研究团队利用宏转录组学方法解析了每一只蚊虫个体所携带的病毒组成，在华大研究院的测序支持下，形成了迄今为止已发表个体数量最多、地理尺度最大的昆虫个体病毒组数据。在这一数据集中鉴定出393种蚊虫相关病毒，其中249种为潜在的新病毒，包括3种潜在致病的虫媒病毒新物种（图2）。这一发现大大地拓展了目前已知的蚊虫病毒多样性。
基于单个蚊虫的病毒组分析显示：一只蚊子平均携带两种与蚊子相关的病毒种类。在宿主RNA环境中，病毒的丰度最高可达85%。蚊子种类之间病毒种类和丰度的分布有较大的差异。对于五种主要蚊种，骚扰阿蚊每个个体携带的病毒种类数量最多（3.20±1.58 种），其次是白纹伊蚊 (2.90±1.69) （图 3）。
[图3] 病毒多样性和载量比较
虫媒病毒在蚊子体内的流行率并不高，2438只蚊子中我们只在13只蚊子中检测到7种虫媒病毒，而虫媒病毒可能在不同的地点之间存在流行分布不均匀的现象（图4）。
[图4] 虫媒病毒的分布特征
研究结果进一步揭示：蚊子个体和种群水平的病毒组成与宿主系统发育、气候、土地利用类型等因素密切相关，从而确定了病毒多样性的热点宿主（骚扰阿蚊、白纹伊蚊）和热点地区（温度适当、降雨丰富且哺乳动物多样性较高的地区）。这一发现为病原多样性热点假说提供了坚实的证据（图5）。
[图5] 病毒多样性的驱动因素
研究结果发现蚊种、甚至蚊属间存在着大量病毒跨物种传播的现象，其中不同物种或属之间传播的病毒的基因组变异性可能低于同一物种的个体之间传播的病毒。对跨物种传播的分析揭示出蚊虫相关病毒的宿主专一性呈现连续谱，而非“专化-泛化”二元对立，这一发现增进了我们对病毒宿主专一性的认识（图6）。
[图6] 病毒跨物种传播特征
研究结果还发现了许多地理分布十分广泛的病毒种（例如76个种的分布区跨度超过了1000公里）。对其成因进行分析，结果显示：不同地区蚊子种群的遗传相似度与种群间共享的病毒物种数高度相关，这提示蚊虫种群的扩散可能是病毒长距离传播和大尺度生物地理格局形成的重要驱动力（图7）。
[图7] 蚊虫种群遗传相似度网络（上）与病毒共享网络（下）
综上所述，这一大尺度蚊虫个体病毒组研究极大地扩展了已知的蚊虫病毒圈，将蚊虫个体尺度上的病毒多样性与全国尺度上的生物地理格局联系起来，确定了病毒多样性和潜在媒介传播疾病的潜在热点位置和种类。全国范围内单只蚊子病毒组研究不仅为媒介昆虫病毒组的多样性和生物地理学提供了全新的认识，也对公共卫生安全防控方向提供了更清晰的预警。
本研究得到中国疾病预防控制中心病毒病预防控制所、云南地方病防治所、武汉市疾病预防控制中心、哈尔滨兽医研究所、中国疾病预防控制中心传染病预防控制所、呼伦贝尔疾病预防控制中心、内蒙古陈巴尔虎旗疾病预防控制中心、新疆医科大学、贵州省疾病预防控制中心、广东省疾病预防控制中心等合作伙伴在样本采集上的大力支持，以及课题组所有成员和家人们的坚持与努力，该研究成果以“Metagenomic analysis of individual mosquito viromes reveals the geographical patterns and drivers of viral diversity”为题，于2024年3月22日发表于Nature Ecology & Evolution。复旦大学生命科学学院博士生潘远飞、华大研究院赵海龙博士、中山大学医学院博士生苟钦妤为共同第一作者。复旦大学李博教授、华大研究院王达希副研究员、李俊桦研究员、中山大学吴未辰博士、施莽教授为本文通讯作者。
链接：https://www.nature.com/articles/s41559-024-02365-0
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