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中国农业科学院深圳农业基因组研究所（简称“基因组所”）成立于2014年，由农业农村部、中国农业科学院和深圳市政府共同支持建设。基因组所通过整合生物学和大数据科学，来认识与利用农业生物基因组，服务全球农业生产。为此，基因组所成立了组学技术、合成生物学、植物基因组、动物基因组、生态基因组、食品科学等研究中心和相关技术平台。基因组所的长期愿景是致力于通过颠覆性创新来促进全球农业可持续发展，服务于个性化食品供给体系，并提升人类健康水平和农民社会地位！
成立以来，组建了近1000人的研究队伍；形成了以组学技术为核心、辐射农业、食品和生态方向的学科体系；在包括 Science、Nature、Cell 等顶级期刊在内的杂志上发表SCI论文450多篇，以基因组设计育种育成国审、省审新品种40余个，农业基因组学等研究领域占据世界前沿。基因组所联合深圳市相关部门提出了建设“深圳国际食品谷”建议，规划已得到市政府批复，将在深圳构建农业食品产学研协作生态，做出科技推动农业食品产业转型升级的先行示范。
详见：https://agis.caas.cn/
食品科学研究中心：
任务目标
以食品安全和个体化营养等需求为出发点，基于食品组学和人类健康大数据，食品科学中心致力于：
1.丰富完善与食品相关的基因组、微生物组、转录组、蛋白组、代谢组等多组学数据库；
2.解析健康大数据，发掘和改善人群微生物组与特异的营养问题的关系；
3.构建"从餐桌到农田"，消费者需求驱动的逆向链条科技创新模式；
4.为食品的质量标准制定、智能制造、保鲜运输等应用提供理论基础和实施方案；
研究方向：一个宗旨(“个性化食品设计”)、三大科研主题(食品组学、肠道宏基因组学、人类对食物性状的感知)、筹建四个支持系统(国际食品谷联盟、食品安全标准实验室、国际食品政策智库、集成数据管理系统)。
详见：https://www.agis.org.cn/kjcx/yjzx/290787.htm
刘永鑫课题组简介
课题组组长刘永鑫，中国农业科学院深圳基因组所食品中心研究员，iMeta期刊执行主编，宏基因组公众号创始人。2014年博士毕业于中国科学院大学生物信息学专业，2014-2022年在中国科学院遗传与发育生物学研究所历任博士后、工程师、高级工程师。主要研究方向为微生物组研究方法、食品组与微生物组功能研究和科学传播，以(共同)第一/通讯作者在Nature Biotechnology、 Nature Microbiology、 iMeta等期刊发表论文30余篇，在Science、Cell Host & Microbe、Microbiome等期刊合作发表论文20余篇，累计发表论文50余篇，被引18000余次。主编《微生物组实验手册》专著，由300多位同行参与，共同打造本领域长期更新的中文百科全书。创办宏基因组公众号，16万+同行关注，分享原创文章3千余篇，累计阅读量超4千万，打造本领域最具影响、服务同行的科学传播平台。发起iMeta期刊，联合全球千位专家共同打造宏基因组学、微生物组和生物信息学顶刊，解决我国本领域期刊出版卡脖子问题，预计IF>20。
发表文章详见：
ResearchGate: https://www.researchgate.net/profile/Yong-Xin-Liu-2
Web of Science: https://www.webofscience.com/wos/author/rid/AAE-2470-2019
Google Scholar: https://scholar.google.com/citations?user=NoxNy_IAAAAJ
研究方向
实验室将以宏基因组研究方法开发（图1）为立足点，关注科学问题是人体基因组、菌群与食品营养的关系（图2）。
图1. 宏基因组研究方法开发。
宏基因组领域现有的方法仍然处于初级阶段，需要不断地进行改进和创新。扩增子已经有3套引用过万的成熟流程，目前仍缺少标准化的宏基因组分析和可视化流程，开展相关工作有利于全面推动本领域发展并争存国际制高点。动植物微生物组研究，都会受到大量宿主污染的困扰，解决高宿主含量样本微生物富集去宿主的困难，将极大拓展宏基因组研究的应用边界。之前的研究是单一组学为主，正在向多组学转变，开发和优化多组学整合分析将更好地恢复微生物组的真实面貌，发现生物学规律的真相，更准确地回答科学问题。
图2. 人体基因组、菌群与食品营养的关系。
近些年的研究表明肠道微生物可能通过其代谢分子影响人类健康，解码微生物基因组对揭示其潜在的功能非常重要。过去10年，全球已发表上万个样本肠道菌群宏基因组测序，以及挖掘的20余万个宏基因组组装基因组，为一些功能菌的挖掘、变化规律的验证提供了一定的数据基础。但这些数据目前仍停留在数据阶段，绝大多数的功能未知，需要更系统的数据库组织形式、挖掘和新方法的出现来解析其中的功能微生物和基因，以便更好理解微生物组在人类营养和健康中的作用，从而推动基于肠道菌群与精准食品营养学发展。
招聘者期待
招收硕士研究生2名
调剂通知原文：https://agis.caas.cn/xwzx/yw/bf15fab0814843c58059aed4bfcd5c40.htm
1. 研究背景
0710Z1 生物信息学 一志愿专业应为0710生物学、0775计算机科学与技术、0836生物工程
086000 生物与医药 一志愿专业应为0710生物学、0832食品科学与工程、0836生物工程、0860生物与医药、095135食品加工与安全
a. 分析背景的申请者有计算机基础、生物信息学等分析相关课程的背景；熟悉Linux命令行、R/Python语言代码的使用，独立编写代码者优先；
b. 实验背景的申请者要有的分子生物学、微生物学相关课程背景；
c. 计算和实验背景都具备的申请者优先考虑，两者具备其一即可申请；
2. 学习并深度掌握新知识新技术的能力，对课题组研究方向感兴趣，有很强的自我驱动能力；
3. 独立性并适应合作环境。
你能得到什么
入职以后，你会有以下独特的提升机会：
1.学习宏基因组学测序和分析技术，并深入学习我们的经验；
2.丰富的基础、食品和临床菌群样本和经验丰富的合作者；
3.在一个开放的有很多新机遇的宏基因组学研究中创新和发现；
4.研发开创性的技术并将其应用到深度发掘各种形式的菌群(人类、动物、植物样本)和它们的宏基因组，研究菌群与宿主和不同食品之间的相互作用。
申请方式
邮件主题和附件请注明“姓名+现单位/毕业院校+申请专业”。
申请者请将Word版个人简历，包含照片、个人简介、教育经历、研究经历和论文发表、优势及成果自述（<200字）、对本组研究方向感兴趣的点和工作计划等(<200字)。邮件发送至：liuyongxin@caas.cn 并抄送 gaoyunyun@caas.cn
所有应聘材料我们将会严格保密，课题组会在收到申请的3天内与初审合格者微信或E-mail联系，安排面试。
生活日常
2024年初团队成员合影
团建
海底捞聚餐
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第1卷第1期
第1卷第2期
第1卷第3期
第1卷第4期
期刊简介
“iMeta” 是由威立、肠菌分会和本领域数百位华人科学家合作出版的开放获取期刊，主编由中科院微生物所刘双江研究员和荷兰格罗宁根大学傅静远教授担任。目的是发表原创研究、方法和综述以促进宏基因组学、微生物组和生物信息学发展。目标是发表前10%(IF > 15)的高影响力论文。期刊特色包括视频投稿、可重复分析、图片打磨、青年编委、前3年免出版费、50万用户的社交媒体宣传等。2022年2月正式创刊发行！
联系我们
iMeta主页：http://www.imeta.science
出版社：https://onlinelibrary.wiley.com/journal/2770596x
投稿：https://mc.manuscriptcentral.com/imeta
邮箱：office@imeta.science
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