SCLS | 山大刘双江组基于网络构建和配对共培养研究肠道微生物之间相互作用-CSDN博客

肠道中存在数以万亿计的微生物，它们通过互利共生（正相互作用）、拮抗抑制、竞争（负相互作用）等方式形成复杂的微生物互作网络。先前的研究主要利用高通量测序数据解析微生物群落结构并预测微生物关联网络，而预测的微生物网络通常包含数百个节点和上千条边，其高度复杂性使得实验验证互作网络中的微生物互作方式难以进行。因此，该领域的研究一直处于高度描述性阶段，缺乏对微生物相互作用的实验验证，亟需建立相应的研究方法。

近日，山东大学刘双江教授研究组在Science China Life Sciences 上发表了题为“Gut microbial interactions based on network construction and bacterial pairwise cultivation”的研究论文。该研究通过梯度稀释培养降低群落复杂度，构建微生物关联网络和选择关联节点代表菌株进行配对共培养，建立了一套微生物网络构建、互作关系预测和验证微生物相互作用的研究流程。基于人粪菌群的结果表明，网络预测粪菌群中正或者负相互作用关系具有复杂性，在经过验证的肠道微生物间正相互作用中，微生物间的氨基酸、维生素和短链脂肪酸的物质交换，发挥重要作用。

该研究首先通过梯度稀释的方式处理样本，以简化微生物群落的组成。其次，将稀释度为10^-2和10^-4的样品匀浆涂布在YCFA琼脂培养基表面，进行体外培养肠道微生物，并在不同培养时刻收集培养基表面生长的全部微生物。第三，提取全部微生物的总DNA进行时间序列宏基因组测序，根据宏基因组分箱获得的非冗余组装基因组（metagenome-assembled genomes，MAGs）相对丰度数据，利用extended Local Similarity Analysis（eLSA）方法构建微生物关联网络；结合时间序列聚类分析，筛选出鲁棒性高的微生物网络关联节点。第四，开展节点代表菌株的分离和成对共培养实验，结果表明关联节点间占比最多的是中立，其次是偏利共生、偏害共生、竞争和剥削竞争。最后，对预测结果与实验结果一致性进行统计，结果发现该方法对正相互作用预测更加准确（10^-2组和10^-4组分别为81.8%和100%）。关联网络中预测得到的“正向关联”和“负向关联”均包含了复杂的相互作用关系，这凸显了实验验证对微生物网络解析的重要性。

为了进一步探究基因型与互作表型之间的关系，根据互作表型将共培养实验的结果分为两组：1）至少有一方获益的受益组，包括偏利共生（0/+）和剥削竞争（-/+）；2）没有任何一方获益的竞争组，包括偏害共生（0/-）和竞争（-/-）。通过重建微生物的代谢途径，发现受益组中“受益者”的完整KEGG模块数量显著低于“帮助者”，这些缺失/不完整代谢模块主要与氨基酸、维生素和脂肪酸的合成相关。为了验证预测结果的准确性，向YCFA基础培养基中额外添加16种营养元素（包含9种氨基酸、4种维生素和3种脂肪酸）发现其可显著促进绝大部分“受益者”的生长。

综上所述，该研究建立了针对时序生物样本的微生物网络预测和验证研究流程，将其应用于肠道微生物互作研究中，并从基因组学和微生物学的角度，揭示了肠道微生物之间共生关系的作用机制，为基于实验验证的肠道微生物物种水平互作提供了研究方法支撑。

山东大学微生物技术研究院博士姜民志为第一作者，刘双江教授和王玉琳研究员为共同通讯作者。该研究得到国家重点研发计划和泰山青年学者经费的资助。

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https://doi.org/10.1007/s11427-023-2537-0

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