中国科学院微生物研究所冯婕研究员团队的文章“Understanding the rapid spread of antimicrobial resistance genes mediated by IS26”已在mLife网站正式上线。该研究团队对公共数据库中细菌完整基因组携带的IS26及其形成的可移动单元为对象进行研究，发现IS26在细菌物种中广泛分布，IS26形成的可移动单元可介导多种耐药基因在物种间（最高为门水平）频繁地发生水平基因转移，平均贡献率高达41.2%。IS26插入位点的非特异性可能是其分布广扩散快的主要原因。这为全面了解可移动元件对耐药基因传播的作用提供了新的见解。
在细菌耐药性的产生、发展和传播过程中，可移动元件介导的耐药基因的水平基因转移是细菌快速获取、积累和传播耐药的主要途径。近年来，尽管关于插入序列IS在耐药基因传播中的重要作用逐渐受到关注，但插入序列对耐药基因传播的贡献程度仍缺乏系统全面的研究。
该研究深入分析了公共数据库NCBI中的12142个完整的细菌基因组中的IS26元件，共鉴定出2656个携带耐药基因的IS26-bounded可移动单元（translocatable IS26-bounded units with ARGs，tIS26-bU-ARGs）。这些tIS26-bU-ARGs介导124个不同类型的共5439个耐药基因（对12种抗生素产生抗性）在细菌间发生水平基因转移（图1）。其中，β-内酰胺类抗性基因的丰度最高，其次是氨基糖苷类和氟喹诺酮类，均是临床上常用的抗生素。为了评估IS26对耐药基因传播的贡献，该团队计算了IS26对ARGs的贡献率，结果显示，tIS26-bU-ARGs对每个耐药基因的平均贡献率可达41.2%。值得注意的是，tIS26-bU-ARGs的宿主范围非常广泛，包括放线菌门和变形菌门的73个物种，其中最主要的是γ-变形菌门的大肠杆菌、肺炎克雷伯菌、肠沙门氏菌和鲍曼不动杆菌，这些都是临床上常见的病原菌，说明IS26在临床病原菌的耐药基因传播过程中发挥着非常重要的作用。
图1 IS26介导的携带耐药基因的可移动单元的鉴定流程及分布特征
该团队进一步对tIS26-bU-ARGs介导的耐药基因水平基因转移事件进行分析，发现tIS26-bU-ARGs非常活跃。同一tIS26-bU-ARG单元可在2-96种不同的遗传背景中被检测到，说明其水平转移频率非常高；且同一tIS26-bU-ARG单元可分布于不同物种中，说明tIS26-bU-ARGs可介导耐药基因发生跨物种（甚至跨门）传播。线性回归分析显示，tIS26-bU-ARG单元在细菌中的比例呈现单调递增的趋势（图2），说明tIS26-bU-ARG单元介导耐药基因的快速传播扩散。该团队对IS26插入位点的序列特征进行分析后发现，插入位点序列的碱基组成无偏好性，这可能是其广泛分布和快速传播的主要机制。
图2 IS26介导的携带耐药基因的可移动单元的传播扩散趋势
综上所述，插入序列IS26可介导耐药基因在细菌间的快速传播扩散，堪称细菌间耐药基因传播的“快速列车”。因此，后续研究应加强对IS26及相关耐药基因的监测，以促进耐药的防控。
引用本论文：Tang N, Wei D, Zeng Y, Zhang G, Wang C, Feng J, et al. Understanding the rapid spread of antimicrobial resistance genes mediated by IS26. mLife. 2024;3:101–109.
原文链接：
https://doi.org/10.1002/mlf2.12114
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