问题描述
大课题组的同学咨询怎么使用atomsk或者lammps建立氮气的模型,由于之前一直做的是金属体系的建模,没有涉及过非金属体系建模。所以记录一下,如果有更好的建模方法,欢迎留言探讨。
两种建模方法
网上查询及咨询老师后有两种比较简单的建模方法:
1、MS建模
对于非金属体系建模,MS明显比atomsk还有lammps更加适用。
具体建模方法未深入研究。
2、CIF文件建模
咨询老师得知,对于这种常见的气体建模,一般都能找到对应的CIF文件,这时就可以使用atomsk进行扩胞。
一个简单的示例:
1、打开“Materials Project”网站,首先点击“N”元素,进行搜索,显示结果在下面。本案例中已第一个结果为例,点击“mp-154”,这是一个具有立方结构的N2。
网址:Materials Project - Materials Explorer
2、下载CIF文件,如图步骤操作
3、打开atomsk,使用以下命令行
atomsk N2.cif -duplicate 3 4 10 W2.lmp #X方向重复3个盒子,Y方向重复4个,Z方向重复10个
结果如下图:
本案例模型链接:
链接:https://pan.baidu.com/s/1ZiwYecQuVaFnYsrYOep1PQ?pwd=diul
提取码:diul