atomsk建模——任意取向模型的注意点

​atomsk建模需要注意晶格对称性

Atomsk 会利用 fcc和bcc 晶格的对称性来减小单元的尺寸。

在 fcc 晶格中，当一个米勒指数为奇数而另外两个为偶数时，沿给定 [hkl] 方向的最短晶格向量实际上是 1/2[hkl]。

在 bcc 晶格中，当所有三个米勒指数都是奇数时，沿 [hkl] 方向的周期减少到 1/2[hkl]。

atomsk官网原文：

​​​​​​​Atomsk - 教程 - 晶体取向 (univ-lille.fr)

实例

例如用Atomsk建立[1-10] [11-2] [111]取向的NiTi模型，

atomsk --create bcc 3.01 Ti Ni orient [1-10] [11-2] [111] -wrap NiTi.xsf

​​​​​​​[111]方向得到的尺寸并不是预期的3√3=5.2，而是2.6，得到的模型中Ti:Ni=4:2，明显不是我们想要的

但我们可以根据晶格的对称性推导出最小的晶胞

取巧的，可以用以下命令大致观察晶胞的原子分布

atomsk --create bcc 3.01 Ti Ni orient [1-10] [11-2] [111] -wrap Ti.xsf

atomsk --create bcc 3.01 Ni Ti orient [1-10] [11-2] [111] -wrap Ni.xsf

atomsk --merge z 2 Ti.xsf Ni.xsf  NiTi.xsf lmp

需要注意的是，得到的原子坐标不能马上使用，因为使用merge命令的时候原子会比实际上靠的更近，所以此步骤目的是为了观察晶胞的原子分布，具体的原子坐标需要用晶格的对称性推导

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