Atomsk球形化合物建模方法

大家好，我是小马老师。
最近几个学员在做球形化合物相关的模拟，为方便大家学习，本文以Al2O3为例介绍一下球形化合物的建模方法。
（1）下载cif结构文件
首先到晶体库网站下载相应的cif文件
https://www.crystallography.net/

（2）atmosk正交化
下载的Al2O3模型是一个斜交结构，先进行正交化

atomsk Al2O3.cif -orthogonal-cell Al2O3_cell.xsf

得到结构：

（3）扩胞
假如球的半径为20埃米，扩胞时要保证Al2O3在各个方向的尺寸超过40埃米，这样才能切出完整的一个球体。

atomsk Al2O3_cell.xsf -dup 10 5 4 Al2O3.xsf

得到结构：

（4）切出球体
先在长方体结构中选择一个球形的区域，然后删掉球区域外侧的原子

atomsk Al2O3.xsf -select out sphere 0.5*box 0.5*box 0.5*box 20 -rmatom select Al2O3_sphere.lmp

得到结构：

建模完成。
只要能找到初始的cif文件，都能够用这个方法建出球体、圆柱、圆锥、圆台等结构。

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来源：公号 lammps加油站