GWAS生物学相关名词解释

1. 背景基因

与所研究的表现型直接有关的基因以外的全部基因的总称

2. LD :

当位于某一座位的特定等位基因与另一座位的某一等位基因同时出现的概率大于群体中因随机分布的两个等位基因同时出现的概率时，就称这两个座位处于连锁不平衡状态（linkage disequilibrium）

LD 衰减距离相关解释（https://www.jianshu.com/p/a36bd4145ef7）

单体型块图（LD bolck）(https://www.omicshare.com/forum/thread-1201-1-1.html)

3. 质量性状与数量性状

质量性状指相对性状的变异呈不连续性，呈现质的中断性变化的性状。由1对或少数几对主基因控制。如鸡羽的芦花斑纹和非芦花斑纹、角的有无、毛色、血型等都属于质量性状。

数量性状指相对性状的变异呈连续性，个体之间的差异不明显，很难明确分组。受微效多基因控制，控制数量性状的基因称为数量性状位点(quantitative trait loci, QTLs).在QTLs中, 基因的效应也有大有小。其中, 效应较大的称为主效QTL, 效应较小的称为微效QTL(或微效多基因)。动植物的许多重要经济性状都是数量性状，如作物的产量、成熟期，奶牛的泌乳量，棉花的纤维长度、细度等等。

但是，生物的许多性状并不是绝对的质量性状或数量性状, 多数表型介于两者之间，同时受到主基因和数量性状位点(QTLs)的控制。水稻包穗性状就是受到主基因和数量性状位点的共同控制。

4. 关联分析和连锁分析

关联分析是以连锁不平衡(linkage disequilibrium, LD)为基础的。连锁不平