用生信自学网代码进行肿瘤免疫浸润分析,出现报错怎么办,有没有遇到这个情况的uu

#install.packages('e1071')

#if (!requireNamespace("BiocManager", quietly = TRUE))
#    install.packages("BiocManager")
#BiocManager::install("preprocessCore")

#if (!requireNamespace("BiocManager", quietly = TRUE))
#    install.packages("BiocManager")
#BiocManager::install("limma")


library("limma")         #引用包
expFile="symbol.txt"     #表达数据文件
setwd("C:\\single gene\\145Gene\\25.CIBERSORT")      #设置工作目录

#读取输入文件,并对输入文件整理
rt=read.table(expFile, header=T, sep="\t", check.names=F)
rt=as.matrix(rt)
rownames(rt)=rt[,1]
exp=rt[,2:ncol(rt)]
dimnames=list(rownames(exp),colnames(exp))
data=matrix(as.numeric(as.matrix(exp)),nrow=nrow(exp),dimnames=dimnames)
data=avereps(data)
data=data[rowMeans(data)>0,]

#数

  • 1
    点赞
  • 0
    收藏
    觉得还不错? 一键收藏
  • 10
    评论
GEO(Gene Expression Omnibus)是一个公共数据库,存储了各种物种的表达谱数据和相关信息。在生物信息学中,通过研究GEO数据可以识别基因表达模式和相关通路,从而对疾病发生机制进行研究。而合并代码是指将来自GEO的多个数据集合并起来进行进一步分析和比较。 生信自学提供了合并GEO数据集的代码示例,这个代码主要基于R语言中的Bioconductor包。首先,需要导入所需的R包,如GEOquery和limma等,这些包可以通过install.packages()函数进行安装。 接下来,通过GEOquery包中的getGEO()函数读取GEO数据集。可以通过在函数中指定GEO编号或GEO查询词,来获取GEO数据集的信息。然后,使用exprs()函数提取数据集的表达矩阵。 接下来就是数据的处理和整合。如果从GEO获取的数据集有多个,需要进行合并。可以使用cbind()函数将不同数据集的表达矩阵按列合并,或使用rbind()函数按行合并。合并后的数据集可以进行进一步的数据预处理,如去除低表达的基因和对数据进行标准化等。 最后,可以使用rankProd包和limma包等进行差异分析和富集分析等进一步的生物信息学分析。这些分析可以帮助我们发现不同基因表达的模式,从而进一步研究相关通路和疾病机制。 通过生信自学提供的GEO合并代码示例,我们可以方便地将来自GEO的数据集进行合并和分析,从而深入研究基因表达的模式和生物学机制。这对于疾病的研究以及药物研发等方面具有重要的意义。
评论 10
添加红包

请填写红包祝福语或标题

红包个数最小为10个

红包金额最低5元

当前余额3.43前往充值 >
需支付:10.00
成就一亿技术人!
领取后你会自动成为博主和红包主的粉丝 规则
hope_wisdom
发出的红包
实付
使用余额支付
点击重新获取
扫码支付
钱包余额 0

抵扣说明:

1.余额是钱包充值的虚拟货币,按照1:1的比例进行支付金额的抵扣。
2.余额无法直接购买下载,可以购买VIP、付费专栏及课程。

余额充值