如果是需要计算蛋白质等体系的MM能量,不需要进行结构优化,即单点MM能量,在隐式环境中的输入脚本为:
energy minimization
&cntrl
imin=1,
ntb=0,
maxcyc=1,
cut=9999.0,
/
然后运行命令:
sander -O -i min.in -o md1.out -p prmtop -c inpcrd1
md1.out的结果
如果是需要计算蛋白质等体系的MM能量,不需要进行结构优化,即单点MM能量,在隐式环境中的输入脚本为:
energy minimization
&cntrl
imin=1,
ntb=0,
maxcyc=1,
cut=9999.0,
/
然后运行命令:
sander -O -i min.in -o md1.out -p prmtop -c inpcrd1
md1.out的结果