linux安装轨迹分析所需R包monocle2和monocle3的方法

最新推荐文章于 2024-06-03 16:35:19 发布

生信~鱼

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文章标签： linux r语言 python

本文链接：https://blog.csdn.net/x_yAOTU/article/details/126071592

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一、在安装monocle包以前需要先安装一下依赖包，这里在R里面安装好：

if (!requireNamespace("DDRTree", quietly = TRUE))
  install.packages("DDRTree")
if (!requireNamespace("pheatmap", quietly = TRUE))
  install.packages("pheatmap")
if (!requireNamespace("Seurat", quietly = TRUE))
  install.packages("Seurat")
if (!requireNamespace("dplyr", quietly = TRUE))
  install.packages("dplyr")

二、安装monocle2包，这里在conda环境中安装：

注：之前安装R的时候在conda创建了R环境，可直接在R环境中:安装:


#先看一下版本
conda search monocle
#安装monocle 2.18.0版本
conda install bioconductor-monocle==2.18.0

之前没有创建conda环境的可以先创一个环境，再安装monocle2:


#先看一下版本
conda search monocle
#创建monocle2的环境
conda create -n monocle2
#激活monocle2环境
conda activate monocle2
#安装monocle 2.18.0版本
conda install bioconductor-monocle==2.18.0

#在R里面加载
library(monocle,lib.loc=&#