PyMOL中使用AlphaFold的pLDDT对蛋白进行染色

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参考教程：

所需脚本color_b.py：

流程：

        1.下载所需脚本color_b.py。

        2.将所需脚本保存到工作目录下

        3.运行命令：

        4.over！

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参考教程：

        按 B 因子着色 ：： PyMOL Notes (dgoppenheimer.github.io)

所需脚本color_b.py：

        scripts/color_b.py at master · rhilt13/scripts · GitHub

流程：

        1.下载所需脚本color_b.py。

        2.将所需脚本保存到工作目录下

                默认工作目录是当前pdb文件所在目录，可在Pymol命令行使用pwd命令查看

        3.运行命令：

        run color_b.py

        color_b selection='Alpha_ZDHHC4',mode=ramp,gradient=bgr,nbins=3,sat=.5, value=1

•  selection是下图中红框框中的东东，即将要进行染色的区域

• mode=ramp：为渐变模式选择渐变 

        B 值范围的划分可以采用以下两种模式之一：“hist”或“ramp”。'hist' 就像一个直方图（大小相等的 B 值增量导致每个 bin 中的原子数不相等）。'ramp' 作为 B 值范围的斜坡，选择的范围在每个组中提供相等数量的原子。

• gradient=bgr：从众多预设渐变中选择一个，如下：

        'bgr': blue -> green -> red  #表示pLDDT从低到高依次被染成蓝、绿、红色

        'rgb': red -> green -> blue

        'bwr': blue -> white -> red

        'rwb': red -> white -> blue

        'bmr': blue -> magenta -> red

        'rmb': red -> magenta -> blue

        …………

• nbins=3：设置颜色渐变的素材箱数。数字越大，渐变越宽。

        要实现上图的效果，将箱子数设为3。

        设置成4就会出现四种颜色，即红绿蓝之间的一种渐变颜色，如下图所示：

4.over！

        help(color_b)可查看帮助文档