Ubuntu16 系统下安装amber

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  修改下载源，改为阿里或上海交大。

1. 解压缩

tar xvfj AmberTools17.tar.bz2
tar xvfj Amber16.tar.bz2

2. 设置环境变量
   export AMBERHOME=/home/myname/amber16
   #对于所有用户修改 /etc/profile，对于单个用户修改~/.bashrc

3. 安装依赖包
   sudo apt-get install csh flex gfortran g++ xorg-dev zlib1g-dev libbz2-dev patch python-tk python-matplotlib

4. 配置

./configure gnu #用gcc编译器
./configure intel #用intel 编译器

source /home/myname/amber16/amber.sh
#配置结束后生成amber.sh 和amber.csh，或者在 /etc/profile 或 ~/.bashrc 增加一行

5. 编译安装
   make install

并行计算
安装好Openmpi, openMPI安装

http://hmli.ustc.edu.cn/doc/mpi/openmpi-install.htm

可参考，注意文中用intel编译器

因此事先安装好Intel编译器

amber16并行安装可以参考
https://www.cnblogs.com/yanzhi123/p/3567458.html

1. 下载openmpi版本在1.5-1.9之间（具体看$AMBERHOME/AmberTools/src/configure_openmpi ）
   解压到 $AMBERHOME/AmberTools/src 这个目录

2. 在src目录运行./configure_openmpi intel (或gnu)

3. 设置环境变量

4. 随后返回到amber主目录，运行

./configure -mpi intel

5. make install

GPU加速计算
安装好NVIDIA驱动和 cuda toolkit
这里NVIDIA驱动为390.run
cuda toolkit为cuda8.0

安装驱动时应关闭图形界面，service lightdm stop
且以root用户安装