CHIP-seq流程学习笔记（4）-call peak 软件macs2

参考文章：

MACS2 Call Peak 参数详细学习

用MACS2软件call peaks

MACS2为ATAC-seq callpeak

1. 软件说明：

macs2 callpeak --help
usage: macs2 callpeak -t TFILE     # treat组
                      [-c [CFILE]] # control 或 mock(非特异性抗体，如IgG)组
                                   # control:input DNA，没有经过免疫共沉淀处理；
                                   # mock:1）未使用抗体富集与蛋白结合的DNA片段；2）非特异性抗体，如IgG
                      [-f]         # MACS2读入文件格式，默认自动检测输入文件格式
                      [-g GSIZE]   # 有效基因组大小(可比对基因组大小)，人类hs，小鼠mm
                      [-s TSIZE]   # 测序读长；如果不设定，MACS 利用输入的前10个序列自动检测
                      [--outdir OUTDIR] # MACS2结果文件保存路径
                      [-n NAME]    # 为MACS2输出文件命名
                      [-B]  # 保留the fragment pileup, control lambda, -log10pvalue 和 -log10qvalue scores到bedGraph 文件。             
                      [-q QVALUE | -p PVALUE] # qvalue (minimum FDR)设定call significant regions的阈值；
                                              # 默认，0.01，对于 broad marks(组蛋白修饰的chipseq)，可以使用0.05；
                                              # Q-values are calculated from p-values using Benjamini-Hochberg procedure.