如何求NIfTI文件的MNI坐标,如求Desikan-Killiany,Schaefer2018等图谱的MNI坐标

本文介绍了如何利用Python工具处理NIfTI文件,以获取Desikan-Killiany和Schaefer 2018脑图谱的MNI坐标。通过加载NIfTI文件,结合区域标签图,使用自定义函数`utils.get_centroids()`来确定特定脑区的MNI空间位置。
摘要由CSDN通过智能技术生成

要获取NIfTI文件中特定区域(如Desikan-Killiany或Schaefer 2018)的MNI坐标,您通常需要执行以下步骤:

加载NIfTI文件:使用适当的工具(如NiBabel或其他NIfTI文件加载库)加载您的NIfTI文件。

获取区域标签/标签图:对于Desikan-Killiany或Schaefer 2018,您需要获取相应的区域标签图像。这些图像通常是包含整个大脑的3D标签图,其中每个区域都有一个唯一的整数值。

获取区域的MNI坐标:一旦您知道了区域的标签,您可以通过检查标签图像中具有相同标签值的像素来获取该区域的MNI坐标。这些像素的位置可以通过转换矩阵转换为MNI空间坐标。

实现utils.get_centroids()函数:根据您提到的utils.get_centroids()函数,这个函数可能是一个封装了上述步骤的工具函数,用于从NIfTI文件中提取特定区域的MNI坐标。

在这里插入图片描述
上图给出的是Desikan-Killiany atlas, 那么如何求每个区域的MNI坐标呢,具体的函数utils.get_centroids(), 下面给出详细的代码:

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