要获取NIfTI文件中特定区域(如Desikan-Killiany或Schaefer 2018)的MNI坐标,您通常需要执行以下步骤:
加载NIfTI文件:使用适当的工具(如NiBabel或其他NIfTI文件加载库)加载您的NIfTI文件。
获取区域标签/标签图:对于Desikan-Killiany或Schaefer 2018,您需要获取相应的区域标签图像。这些图像通常是包含整个大脑的3D标签图,其中每个区域都有一个唯一的整数值。
获取区域的MNI坐标:一旦您知道了区域的标签,您可以通过检查标签图像中具有相同标签值的像素来获取该区域的MNI坐标。这些像素的位置可以通过转换矩阵转换为MNI空间坐标。
实现utils.get_centroids()函数:根据您提到的utils.get_centroids()函数,这个函数可能是一个封装了上述步骤的工具函数,用于从NIfTI文件中提取特定区域的MNI坐标。
上图给出的是Desikan-Killiany atlas, 那么如何求每个区域的MNI坐标呢,具体的函数utils.get_centroids(), 下面给出详细的代码: