单细胞数据处理
文章平均质量分 67
木与长清
基因组学小菜鸟勇敢冲击单细胞空间组!我爱工作!
展开
-
从单细胞表达矩阵构建Anndata对象
单细胞表达矩阵压缩包转化成Anndata对象原创 2024-07-31 20:29:16 · 330 阅读 · 0 评论 -
scanpy读取10x单细胞数据
利用Python中scanpy包导入10x genomics单细胞数据原创 2024-05-22 16:09:28 · 1416 阅读 · 0 评论 -
从GEO单细胞数据创建AnnData对象
从基本的单细胞数据创建anndata对象进行下游分析原创 2024-05-13 11:11:27 · 740 阅读 · 1 评论 -
单细胞数据下采样downsampling
在进行单细胞数据分析时,遇到过大的单细胞数据有时会需要适当减少数据量进行测试。这个功能可以通过python中scanpy的函数轻松实现。单细胞数据来自2023年的Cell人胎脑,"Spatiotemporal transcriptome。fraction就是采样的比例,可以看到现在单细胞数目变成了3517,大概是原本的1/10。现在如果想要继续缩小单细胞的数据量,下采样1/10的细胞进行后续分析,可以如下。可以看到此时的单细胞数目是35175,基因数为36601。首先进行数据和包的导入。原创 2024-07-18 16:35:40 · 268 阅读 · 0 评论