如何快速get一个物种进化树

在做跨物种演化相关问题时,我们经常需要用一个漂亮的进化树来展示所用物种的基本进化关系。在知道物种的拉丁命名情况下,我们可以选择用LifeMap查询进化关系,再导入iTOL中进行进化树的绘制和美化,具体步骤如下。

LifeMap是NCBI中一个可以交互式生成进化树关系的网站(Lifemap ncbi),精准关联了每个NCBI中的物种之间的图像关系,以及它们所属的界门纲目分类(这个也可以用来查询旁系同源信息)

具体用法可以直接模糊搜索物种名或者拉丁命名,点击“add”即可加入,“add”也会迅速变成绿色的“ok”,右边图像界面随之跳转到该物种的具体分类位置。

选择好所有想要构树的物种之后,可以看到左下方的文字框中有它们的数字编号,点击“Get subtree”可以获取想要的进化树关系如下,点击“View”可以看到右侧整体的可视化关系。

选择复制这段进化树,打开iTOL(iTOL: Interactive Tree Of Life)

登录账号后(或者直接在线也可以)点击菜单选项中的“Upload”,将刚刚复制的进化树描述粘贴进来直接提交即可

接下来就可以根据需要调整美化进化树图像啦

我习惯将支点处添加标记,将线条转换成有弧度的,物种拉丁名倾斜

生成进化树是生物信息学中的一个重要应用,而 Biopython 是 Python 语言中常用的生物信息学工具包之一,可以用来处理和分析生物信息数据,包括生成进化树。 下面是使用 Biopython 生成进化树的基本步骤: 1. 安装 Biopython: 首先需要在你的计算机上安装 Biopython,可以使用 pip 命令进行安装: ``` pip install biopython ``` 2. 准备序列数据: 进化树的生成需要序列数据,可以从 NCBI 或其他数据库中获取。这里以 FASTA 格式的 DNA 序列为例: ``` >seq1 ATCGTACGATCGTACGATCGTACGATCGTACG >seq2 ATCGTACGATCGTACGATCGTACGATCGTACG >seq3 ATCGTACGATCGTACGATCGTACGATCGTACG >seq4 ATCGTACGATCGTACGATCGTACGATCGTACG ``` 3. 读取序列数据: 使用 Biopython 中的 SeqIO 模块可以读取序列数据,代码如下: ```python from Bio import SeqIO sequences = SeqIO.parse("sequences.fasta", "fasta") ``` 其中,"sequences.fasta" 是保存序列数据的文件名,"fasta" 是序列数据的文件格式。 4. 进化树构建: 使用 Biopython 中的 Phylo 模块可以构建进化树,代码如下: ```python from Bio import Phylo from Bio.Phylo.TreeConstruction import DistanceCalculator, DistanceTreeConstructor # 计算序列之间的距离 calculator = DistanceCalculator('identity') dm = calculator.get_distance(sequences) # 构建进化树 constructor = DistanceTreeConstructor() tree = constructor.upgma(dm) # 绘制进化树 Phylo.draw(tree) ``` 其中,DistanceCalculator 和 DistanceTreeConstructor 分别用于计算序列之间的距离和构建进化树,UPGMA 算法是其中一种常用的构建进化树的方法。最后使用 Phylo.draw() 函数可以绘制生成的进化树。 以上是使用 Biopython 生成进化树的基本步骤,你可以根据具体需求对代码进行修改和优化。
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