在做跨物种演化相关问题时,我们经常需要用一个漂亮的进化树来展示所用物种的基本进化关系。在知道物种的拉丁命名情况下,我们可以选择用LifeMap查询进化关系,再导入iTOL中进行进化树的绘制和美化,具体步骤如下。
LifeMap是NCBI中一个可以交互式生成进化树关系的网站(Lifemap ncbi),精准关联了每个NCBI中的物种之间的图像关系,以及它们所属的界门纲目分类(这个也可以用来查询旁系同源信息)
具体用法可以直接模糊搜索物种名或者拉丁命名,点击“add”即可加入,“add”也会迅速变成绿色的“ok”,右边图像界面随之跳转到该物种的具体分类位置。
选择好所有想要构树的物种之后,可以看到左下方的文字框中有它们的数字编号,点击“Get subtree”可以获取想要的进化树关系如下,点击“View”可以看到右侧整体的可视化关系。
选择复制这段进化树,打开iTOL(iTOL: Interactive Tree Of Life)
登录账号后(或者直接在线也可以)点击菜单选项中的“Upload”,将刚刚复制的进化树描述粘贴进来直接提交即可
接下来就可以根据需要调整美化进化树图像啦
我习惯将支点处添加标记,将线条转换成有弧度的,物种拉丁名倾斜