在进行sceasy格式转换时,
sceasy::convertFormat(h5ad_file, from="anndata", to="seurat", main_layer="counts", outFile=rds_file)
总是出现下面的报错
Above error raised while reading key '/layers' of type <class 'h5py._hl.group.Group'> from /.
一开始以为是原本的anndata对象中没有layers层,于是手动添加了data.X作为layers,但仍然报同样的错。。。
adata.layers["counts"] = adata.X
后面查找了一番发现这个是因为anndata的版本更新问题,可使用 write 等函数保存anndata为h5ad格式,但0.8.0以前的版本无法读取0.8.0以后的版本保存的h5ad文件
于是将sceasy包重新安装了最新的版本,问题解决!
以及这里是不用手动添加counts的,原始的矩阵信息存储在了data如下