分子系统发生学(黄原)
承豆
这个作者很懒,什么都没留下…
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第4 章 系统发生信息学
文件格式1fasta 格式文件后缀:.fas .fastaphylip格式原创 2020-05-27 11:52:48 · 737 阅读 · 0 评论 -
第五章 数据集准备与序列对比
分子数据获得自测数据:1PCR产物的直接测序或克隆测序 2 新一代高通量转录组或基因组测序序列拼接叠连群(contig):拼接获得的较长DNA片段。软件:SOAP来源公共数据库的分子数据过程:1 确定查找的分类单元2 在NCBI主页上选择nucleotideshujuku3在返回结果页面的右侧有Organisms【tree】链接 可以点击{tree}查看一个分类单元被提交到Ge...原创 2020-05-27 11:53:06 · 492 阅读 · 0 评论 -
第2章 系统发生分析基础
第2章 系统发生分析基础分子进化的动力1 突变基因水平:替换 缺失 插入 到位染色体:重复 缺失 易位 到位 异染色质增加分类: 中性 有利 有害突变率(mutation rate)10……-5中性理论:大部分突变是中性的2 自然选择衡量标准:适合度(fitness)3 遗传漂变遗传漂变定义(Drift): 指由于偶然发生的变动而造成下一代的基因频率不同于这一代的现象。...原创 2020-05-27 11:50:40 · 897 阅读 · 0 评论 -
3 系统树
3 系统树系统树:描述基因,个体,种群,物种,或种上之间系统发生关系假说的树状图。系统树的要素:分支型式(括扑结构) 分枝长度 树根 内部节点 外部节点、分支型式(括扑结构):系统树最重要的特征。指分类单元在系统树上的分支情况,各分支的排列及相对位置。内部节点 外部节点:系统树的节点分枝长度:进化时间与进化速率的乘积(b=r * t)**注意:**不同数据类型之间没有可比性生物演化历...原创 2020-05-27 11:52:14 · 1079 阅读 · 0 评论 -
第6章 数据及系统发生信号评估
对准位点在QTL分为4类:不变位点可变位点单态位点简约信号位点**空位位点:**插入或缺失引起的**模糊比对位点:**出现在非编码区和RNA基因的可变区,没有把握对准的所有位点。数据集特征分析:组成偏向性(compositional bias) 组成偏向性差异很大,会引起组成异质性。稳态(stationarity): A 占0.34 C占0.15碱基组成偏向性(bse c...原创 2020-05-27 11:51:50 · 744 阅读 · 0 评论 -
# 第一章 系统发生学概论
第一章 系统发生学概论1系统发生(phylogeny)分子系统发生(molecular ;phylogeny) 分子性状构建生物体之间的演化关系。系统发生学(phylogentics)谱系基因组学(phylogenomics)表征关系分支关系 :物种或类群之间与共同祖先相对进度的关系。遗传关系: 1 垂直遗传(双亲遗传,母系遗传,父系遗传) 可以转化为物种树 ...原创 2019-07-22 13:55:50 · 1444 阅读 · 0 评论 -
第8章 进化模型及其选择
邻接法邻接法:根据最小进化理论推出的一种推论叠加树的方法。一种快速的聚类方法,不需要关于分子钟的假设,不考虑任何优化标准,基本思想是进行类的合并时,不仅要求待合并的类是相近的,而且要求待合并的类远离其他的类,从而通过对完全没有解析出的星型进化树进行分解,来不断改善星型进化树。该方法通过确定距离最近(或相邻)的成对分类单位来使系统树的总距离达到最小。相邻是指两个分类 单位在某一无根分叉树中仅通...原创 2019-07-22 14:14:58 · 2845 阅读 · 0 评论