第4 章 系统发生信息学

                                                                                   # 文件格式

1fasta 格式

文件后缀：.fas .fasta
phylip格式是Felsenstein的PHYLIP软件包所使用的格式。文件后缀.phy。
Clustal格式：文件格式是有比对程序Clustal生成的。文件后缀是.al。注意（将Custal转换为其他格式，最好在写字板中将所有保守序列信息标记（如*）替换掉）
Nexus格式：以“begin模块名”的命令开始，“end；”行结束
Nexus文件的特点：1 易于编写 2文件具有很强的可扩展性 3 包容性强 4 模块性
MEGA格式：
MSF格式
XM格式
FASTQ格式

格式转换软件

1 Seq Veter
2 DataConvert
3 ForCon
系统树的文件格式：NEXUS、Newick、XML
系统树分析软件：语言：C++ JAva python R xml