第2章 系统发生分析基础

第2章 系统发生分析基础

分子进化的动力

1 突变

基因水平：替换 缺失 插入 到位
染色体：重复 缺失 易位 到位 异染色质增加
分类： 中性 有利 有害
突变率（mutation rate）10……-5
中性理论：大部分突变是中性的

2 自然选择

衡量标准：适合度（fitness）

3 遗传漂变

遗传漂变定义(Drift): 指由于偶然发生的变动而造成下一代的基因频率不同于这一代的现象。
群体越小，遗传漂变的可能性越大。
进化的作用取决于群体的大小。
奠基者效应（Founder Effect）：由少数个体的基因频率决定了它们后代中的基因频率的效应，是由为数不多的几个个体建立起来的新群体所产生的一种极端的遗传漂变作用。
瓶颈效应(bottleneck effect)：种群瓶颈效应或人口瓶颈是指某个种群的数量由于突然的灾难所造成的死亡或不能生育造成减少50%以上或者数量级减少的事件。

4 基因流

基因流动，或称为基因移徙（英语：gene flow），是变异基因从一个种群到另一个种群的转移。
基因流动的水平决定了两个群体间的遗传分化程度。

中性理论

生物的大部分突变是中性的。
进化速率是由突变速率决定的。

溯祖理论

溯祖（coalescence）：一个种群中抽样当前等位基因序列可以向后追回溯一个点，在这个点他们共享一个单一个体的序列。
动物界：35门68纲350目

性状和性状分析方法

性状(character）
质量性状 数量性状
性状：分析方法 衍征 祖征 ML BI
同源（homoloy）

基因组水平的同缘关系

直系同源（orthology）：物种形成事件而产生的同缘关系，存在于不同物种之间。
并系同源（paralogy）：由于基因复制事件而产生的同缘关系，可以共存一个基因组中。
外系同源（xenology）：转染或不同直支系间基因水平转移而引起的同缘关系。
同型性状：并非源于共同祖先的相似性状，这种性状的产生是由于独立进化事件产生的。

1. 平行进化
2. 趋同进化（covergence）
3. 回复进化（reversal）