第一章 系统发生学概论
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系统发生(phylogeny)
分子系统发生(molecular ;phylogeny) 分子性状构建生物体之间的演化关系。
系统发生学(phylogentics)
谱系基因组学(phylogenomics)
表征关系
分支关系 :物种或类群之间与共同祖先相对进度的关系。
遗传关系: 1 垂直遗传(双亲遗传,母系遗传,父系遗传) 可以转化为物种树
2 水平遗传 (基因水平转移【horizontal gene transfer】) : 不同物种之间进行的遗传物质交流。 不可转化为物种树‘
年代关系:进化时间标度上表示有机体之间的关系。
地理分布关系:生物进化过程中形成的空间分布上的关系。
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进化的两种形式:
线系进化 :时间上世代延续的种
趋异进化(分支进化):一个祖先分支处两个和多个线系。
gene flow:生物个体从起发生地分散出去而导致不同种群之间。
单系群(祖先+所有后代)
多系群(部分后代)
并系群(祖先+部分后代)
分子进化原理:遗传物质的复制是最基本,最核心的原理, 突变是源泉,后遗传漂变和自然选择驱动进化。
异质性:个体内部同源基因拷贝之间存在的遗传变异。
多态性:种内个体之间存在的遗传变异。
基因树→物种树造成错误的原因
- 并源基因引起的基因树的不相合性(直系同源基因与并源基因混淆)
- 基因水平转移
- 重组
- 杂交
- 支系分选/深度溯祖(辐射进化,支系分选的后果十分严重)
分子数据的优点:
1.便宜 2方便,容易处理 3 不依赖化石 4范围宽广 5提供有用特性
6 提供大量性状
两种建树方法:
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基于算法建树的方法 特点:速度快,假设少,缺点不能提供比较不同树之间优劣的方法和标准。
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基于标准建树的方法 缺点:速度慢 MP ML BI ME LS
标准建树的过程:
1 进化模型的选择
2优化标准的选择
3搜索策略的选择
4最优树的检验和评价
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