一代测序:又称Sanger测序(多分子,单克隆)

  • 第一代DNA测序技术在1975年,由Sanger等人开创,并在1977年完成第一个基因组序列(噬菌体X174),全长5375个碱基。研究人员经过30年的实践并对技术及测序策略的不断改进(如使用了不同策略的作图法、鸟枪法),2001年完成的首个人类基因组图谱就是以改进了的Sanger法为其测序基础。

    一代测序的原理是首先在模板中分别加入A、T、G、C和四种ddNTP双脱氧核苷酸(加入ddNTP序列合成会终止)。第一个加入ddATP,这样每一个位置上的A位置会大量的被ddATP替代,然后终止,然后再分别加入其他的ddNTP,让他随机终止。这样对得到的这些序列进行跑胶。就得到了如下的胶图。根据ACGT的加入顺序和位置,获取信息。这个方法准确率高,费用高,是先合成,再测序的。

在这里插入图片描述
一代测序的根本:正常的PCR反应,需要添加dNTP作为合成材料,相邻的两个脱氧核苷酸之间通过形成磷酸二酯键,使得新合成的DNA按照模板不断延伸。第一代测序基于PCR反应,在反应体系中掺入了一定量的ddNTP,ddNTP不含3’-OH,无法和下一个核苷酸之间形成磷酸二酯键,DNA链终止延伸。
一代测序的相对于二代测序来说,读长较长。极为准确。但是测序成本高,通量低。
优势:

  1. 准确性高:过程细致,质控环节多,不容易污染,测序结果直观可视,不用建库因而假阳性结果极低。可以分辨出碱基置换、颠换、缺失和插入4种变异形式。
  2. 针对个性化基因检测有价格优势:第一代测序价格低廉,设备运行时间短,适用于低通量的快速研究项目。
    劣势:
  3. 测序通量低:第一代测序技术一个反应只能得到一条序列;
  4. 对于大量测序成本略高:第一代测序技术虽然单个反应价格低廉,但是获得大量序列的成本很高。
    应用
  5. PCR产物测序:对目的基因的PCR产物进行测序,得到目的基因序列;
  6. 重测序:突变、SNPs、插入或缺失克隆产物的验证;
  7. 分型分析:微生物和真菌分类学鉴定、HLA分型、病毒分型等;
  8. 临床应用:肿瘤突变基因的检测和肿瘤个体化治疗,致病基因位点明确并且数量有限的单基因遗传病检测;
  9. 对新一代测序技术的结果进行验证。
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Sanger测序效率可以通过多种方法进行计算,以下是一种简单的Python实现: ```python # 输入参数 read_length = 500 # 读长 coverage = 10 # 覆盖度 genome_size = 1e6 # 基因组大小 # 计算每个位置的错误率 q = 10 ** (-0.1 * read_length) # 计算每个位置的正确率 p = 1 - q # 计算每个位点被正确测序的概率 prob_correct = p ** coverage # 计算整个基因组被正确测序的概率 prob_genome_correct = prob_correct ** (genome_size / read_length) # 计算测序效率 efficiency = 1 - (1 - prob_genome_correct) ** coverage # 输出结果 print("Sanger测序效率为:{:.2%}".format(efficiency)) ``` 解释一下代码中的每个部分: - `read_length`:读长,即每次测序的DNA片段长度。 - `coverage`:覆盖度,即每个位点被测序的次数。 - `genome_size`:基因组大小。 - `q`:计算每个位置的错误率,使用Sanger测序的质量值公式计算。其中0.1为质量值的转换因子。 - `p`:计算每个位置的正确率。 - `prob_correct`:计算每个位点被正确测序的概率,即每个位点被测序的所有次数都正确的概率。 - `prob_genome_correct`:计算整个基因组被正确测序的概率,即每个位点都正确测序的概率的连乘积。 - `efficiency`:计算Sanger测序的效率,即至少有一个位点错误的概率。 需要注意的是,这只是一种简单的计算方法,实际上Sanger测序的效率还受到许多其他因素的影响,如测序质量、测序深度、序列比对等。

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