GWAS中最少需要的SNP标记个数计算方法

GWAS和GS分析中，都有一个假定：假定至少有一个SNP标记与所控制性状的QTL（基因）处于连锁不平衡状态（LD），那怎么满足这个条件呢，就需要覆盖全基因组的标记，需要计算群体LD的衰减距离，进而计算进行GWAS分析时所需要的最少SNP的个数。

公式

$$GWAS所需最小标记量=基因组大小/LD衰减距离$$

举例

现在求出LD衰减距离为1Mb，猪的基因组大小为2458Mb，那么GWAS所需要标记量是多少？

计算方法：
1，因为单位都是Mb，所以可以直接计算
2，2458Mb/1Mb = 2458，注意这个单位是个

所以，该群体做GWAS至少需要2458个SNP标记。