第二篇：Haploview做单倍型教程2--分析教程

大家好，我是邓飞，这里介绍一下如何使用Haploview进行单倍型的分析。

计划分为三篇文章：

• 第一篇：Haploview做单倍型教程1–软件安装
• 第二篇：Haploview做单倍型教程2–分析教程
• 第三篇：Haploview做单倍型教程3–结果解读

今天是第二篇。

1. 数据准备

需要做单倍型分析的是基因型数据，一般是显著性的SNP，提取上下游500kb，然后进行block的分析。

这里，准备的是plink数据，比如我们要提取：

• 染色体是6
• 开始位置是1000000
• 终止位置是2000000

vcftools --vcf aaa.vcf --chr 6 --from-bp 1000000--to-bp 2000000--recode --out block1

将其转化为plink的map和ped数据：

plink --vcf block1.recode.vcf --recode --out a1

2. 整理数据

将map的第二列和第四列提取出来，保存为a1.info文件。

ped数据，保持不变：

3. 导入数据

选择第一种格式：Linkage Format，然后将ped数据导入到Data File中，将info数据导入到Locus Information File文件中。

结果：

查看Block：

查看TaggerSNP：

上面就是下数据分析实操方法。

下一篇介绍Haploview结果如何解读及如何微调结果。

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