chipseq
文章平均质量分 70
CHarLoTTe♚
这个作者很懒,什么都没留下…
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MACS2 -m/--mfold使用
macs2 callpeak -m 5 50 -q 0.05 -t Dy_7_1_clean.bam.sort -f BAM -g mm --outdir /Data/wu_lab/yuanye/projects/CUT_TAG/zwh/peak/ -n Dy_7_1_H3K9me3 -Bhttp://www.360doc.com/content/18/0205/00/19913717_727772514.shtml原创 2022-08-08 21:56:28 · 945 阅读 · 0 评论 -
Rolling_average_plots
教程:bedtools的使用技巧(持续更新)bedtools使用指南bedtools统计窗口内平均覆盖深度目的:画一个类似这样的图思路:1.划分参考基因组,将参考基因组划分为大小一样的n个窗口。比如划分hg19,每个窗口大小10kb。将这些窗口作为后续计算reads数的区间。2.利用bedtools coverage 计算每个区间的reads数,并根据RRPM进行normalization。3.利用metaplot/python的时间序列分析(pandas函数)进行作图。1.划分b原创 2022-05-11 11:24:45 · 276 阅读 · 0 评论 -
ATAC数据做heatmap信号热图与谱图(deeptools)
简介:本次使用的是孔老师的数据,目的想用ATAC数据中combine相对于control来说down的peak来做一组信号热图与谱图。因此bed文件使用的是提取的down的peak.bed文件。参考以下教程https://www.jianshu.com/p/1f38674b2475deeptools 提供了computeMatrix命令以计算特定基因组区域的ChIP-seq信号,并通过plotHeatmap和plotProfile函数分别产生ChIP-seq信号热图与谱图。computeMatr原创 2022-05-11 11:22:27 · 3553 阅读 · 2 评论 -
生信小tips
说明:做生信过程中有很多小细节需要注意,留个备忘录方便后面查找命令对染色体命名列内容修改第一列为染色体号,如果要修改成chr格式 sed -i -e 's/^/chr/g' ().narrowPeak原创 2021-12-30 09:55:50 · 2426 阅读 · 6 评论 -
从头chipseq
1.下载sra文件wget http……ncbi(data).sra2.将sra文件转为fastq文件fastq-dump --split-3 filename注:- -split-3 如果是双端测序则出现两个fastq文件,如果是单端测序则只有一个文件。得到的文件应该是fastq,下面非为两个方法去找后面的peak。一.nf-core-chipseq pipeline进行分析说明:该方法适用于有输入文件即input的chipseq分析,如果没有input文件则无法设计design.csv文原创 2021-08-06 09:43:11 · 1199 阅读 · 0 评论 -
2021-08-03
将sra文件转成fastq格式yuanye@DNA:~/projects/dongfeng/ChIP_seq/2021_7_29/data/fastq$ ~/software/sratoolkit.2.11.0-ubuntu64/bin/fastq-dump --split-3 SRR…….1将fastq格式压缩yuanye@DNA:~/projects/dongfeng/ChIP_seq/2021_7_29/data/fastq$ gzip -c SRR…….1_1.fastq > SRR…原创 2021-08-03 20:54:50 · 86 阅读 · 0 评论