RNA-seq
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CHarLoTTe♚
这个作者很懒,什么都没留下…
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生信小tips
说明:做生信过程中有很多小细节需要注意,留个备忘录方便后面查找命令对染色体命名列内容修改第一列为染色体号,如果要修改成chr格式 sed -i -e 's/^/chr/g' ().narrowPeak原创 2021-12-30 09:55:50 · 2681 阅读 · 6 评论 -
从头RNASEQ
1.QC质控 步骤与CHIPSEQ相同2.STAR进行比对2.1建立STAR索引建立索引前首先下载参考基因组文件人类参考基因组网站https://www.gencodegenes.org/human/↑下载GTF文件以及fa文件。利用wget -c可以无断点下载。鼠的基因组同上。建立索引时 STAR --runMode genomeGenerate --runThreadN 16 --genomeDir /Data/wu_lab/reference/starindex/mouse原创 2021-10-27 16:25:09 · 1160 阅读 · 2 评论 -
rnaseq_dongfeng_overlapABC_heatmap
提要:本次实验给了我三个样品ABC,其中A是单端测序仅有一个文件,B,C为双端测序,有两个文件。给我的数据都是clean data,因此我没有进行质控,直接从STAR比对开始,然后利用了rsem进行转录本定量。利用DEseq2进行差异表达分析。其中分组为B相对与A上调的基因为upAB,B相对于C上调的基因为upBC。分别找到两组上调基因后去overlap共同的基因,然后将这些overlap到的基因做个火山图。寻找上调差异基因** 设计一个sampleAB,BC.txt的文件 **** 以及一个ge原创 2021-08-18 14:52:55 · 308 阅读 · 0 评论 -
RNA-seq流程——使用hisat2进行序列比对(不利用循环&利用循环)(未完待续)
RNA-seq流程——使用hisat2进行序列比对(不利用循环&利用循环)(未完待续)本次使用ky老师的文件进行序列比对,比对时使用双端比对,_1.clean.fq.gz,_2.clean.fq.gz一、不利用循环进行比对1.进行比对前,首先将目录转到有.fq.gz的文件夹下hisat2 -t -p 8 -x /f/xudonglab/yuanye/reference/UCSC_mm10/hisat2_index/hisat2_index_mm10 \#最后的\一定要加,不然程序直接就运行了,包括原创 2021-06-14 14:58:28 · 3228 阅读 · 5 评论 -
RNA-seq做数据质控
本次我利用ky老师的数据进行第一次RNA-seq分析流程训练,本次的样品为DIPG4-3,4各两组RNA-seq做数据质控1.使用fastqc命令对数据进行质控首先进入存有数据的目录中,并对目录进行变量命名dir=/f/xudonglab/yuanye/projects/kongyu/RNA_seq/2021_02_22使用fastqc命令进行数据质控(base) yuanye@DNA:~/projects/kongyu/RNA_seq/2021_02_22$ fastqc -t 4 -o原创 2021-06-10 17:22:35 · 717 阅读 · 0 评论