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CHarLoTTe♚
这个作者很懒,什么都没留下…
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Rolling_average_plots
教程:bedtools的使用技巧(持续更新)bedtools使用指南bedtools统计窗口内平均覆盖深度目的:画一个类似这样的图思路:1.划分参考基因组,将参考基因组划分为大小一样的n个窗口。比如划分hg19,每个窗口大小10kb。将这些窗口作为后续计算reads数的区间。2.利用bedtools coverage 计算每个区间的reads数,并根据RRPM进行normalization。3.利用metaplot/python的时间序列分析(pandas函数)进行作图。1.划分b原创 2022-05-11 11:24:45 · 327 阅读 · 0 评论 -
ATAC数据做heatmap信号热图与谱图(deeptools)
简介:本次使用的是孔老师的数据,目的想用ATAC数据中combine相对于control来说down的peak来做一组信号热图与谱图。因此bed文件使用的是提取的down的peak.bed文件。参考以下教程https://www.jianshu.com/p/1f38674b2475deeptools 提供了computeMatrix命令以计算特定基因组区域的ChIP-seq信号,并通过plotHeatmap和plotProfile函数分别产生ChIP-seq信号热图与谱图。computeMatr原创 2022-05-11 11:22:27 · 4289 阅读 · 2 评论 -
火山图 volcano
一、数据集准备主要用到的就是log2foldchange和pvalue/padj值二、画图library(ggplot2)k_DIPG17_2_1_merge_2vs1_25 <- read.csv("DIPG17_2_1_merge_2vs1_25.csv")DIPG17_2_1_merge_2vs1_25_up<-subset(k_DIPG17_2_1_merge_2vs1_25,pvalue<0.05 & log2FoldChange >1)DIPG17_原创 2021-12-16 17:30:42 · 691 阅读 · 0 评论 -
KEGG图
泡泡图r中作图输入文件类型library(ggplot2)setwd("F:/chip-seq/dongfeng/2021_8_11")library(readxl)f <- read_excel("KEGG-2.xls")FoldEnrichment=f$`Fold Enrichment`pathway=f$Termp = ggplot(f,aes(FoldEnrichment,pathway))p = p + geom_point(aes(size=Count))p1 =原创 2021-10-19 16:15:03 · 384 阅读 · 0 评论