医学图像NIFTI(.nii)转换为mhd、raw文件格式

Jiaxxxxxx

已于 2023-04-30 22:38:09 修改

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分类专栏：医学图像处理文章标签： python 机器学习大数据

于 2021-07-30 23:01:25 首次发布

本文链接：https://blog.csdn.net/yyy_77/article/details/119257421

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本文介绍了NIFTI和MHD两种医学影像文件格式，以及它们在神经影像学和其他领域的应用。NIFTI文件因其在机器学习中的便利性而受到青睐。MHD文件通常与.raw文件一起使用，保存CT切片信息。文章提供了Python代码示例，实现了NIFTI到MHD以及MHD到NIFTI的转换，方便进行格式互换。

摘要由CSDN通过智能技术生成

NIFTI(.nii)文件格式

Nifti 格式最初是为神经影像学发明的。神经影像信息学技术计划（NIFTI）将 NIfTI 格式预设为 ANALYZE7.5 格式的替代品。它最初的应用领域是神经影像，但是也被用在其他领域。这种格式的主要特点就是它包含两个能够将每个体素的索引（i,j,k）和它的空间位置（x,y,z）关联起来的仿射坐标。

NIFTI文件更加易用于机器学习，因为NIfTI 是三维图像，处理一个单独的NIfTI 文件要比处理成百上千个DICOM文件更加容易一些。

mhd、raw文件格式

MHD文件是一种医学影像头文件（多用于CT影像），一般一个.mhd文件对应一个.raw文件，那么.raw文件包含多张slice（CT切片）。MHD文件一般保留更多的信息，便于读取和使用，因此有时候需要将NIfTI 格式和MHD格式互转。

python代码实现

import SimpleITK as sitk
import numpy as np
import os
from batchgenerators.utilities.file_and_folder_operations import *

def nii2mhd(file_path):
    itk_img = sitk.ReadImage(file_path)
    save_path = file_path.strip('.gz').strip('.nii')+'.mhd'
    sitk.WriteImage(itk_img, save_path)
    print('convert success:'+save_path)
    
def mhd2nii(file_path):
    itk_img = sitk.ReadImage(file_path)
    save_path = file_path.strip('.mhd')+ '.nii.gz'
    sitk.WriteImage(itk_img, save_path)
    print('convert success:' + save_path)


#批量处理，将文件夹下的所有nii文件转换为mhd文件
if __name__=="__main__":
    root = "F:\\..."
    imgdir = os.listdir(root)
    for i in imgdir:
        a =i.split(".nii")[0]
        imgpath = join(root, a + ".nii.gz" )
        nii2mhd(imgpath)