QIIME 2 2020.8 版本更新学习

最新推荐文章于 2023-08-20 07:01:30 发布

zd200572

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QIIME 2 2020.8 版本现已发布！感谢所有参与的辛勤工作！

提醒一下，我们计划发布的 QIIME 2 计划于 2020 年 11月发布（QIIME 2 2020.11），但请继续关注更新。

查看QIIME 2 2020.8 文档 [1]有关安装最新 QIIME 2 版本的详细信息，以及教程和其他资源。如果您遇到任何问题，请与QIIME 2论坛联系！

虚拟机镜像将在未来一周的某个时候更新（已更新https://docs.qiime2.org/2020.8/install/virtual/）！

q2-diversity 1

beta-phylogenetic

参数 threads被 n_jobs取代，来反映 unifrac的并行化。
alpha

observed_otus被重命名为 observed_features. “Observed features” 更好地描述了QIIME 2使用非分类特征的不同方式。(一个OTU 是一个 feature, 但是一个 feature 不必要是一个 OTU.) alpha-rarefaction 也是这个更新。
- Method 转换成了 Pipeline 来适应q2_diversity_lib的调遣。API用户可能需要升级它们的导入路径。q2cli`（命令行）用户不受影响。
alpha-phylogenetic、beta、beta-phylogenetic
- Method 转换成了 Pipeline 来适应q2_diversity_lib的调遣。API用户可能需要升级它们的导入路径。q2cli`（命令行）用户不受影响。（这条和下面一条重复呢。。。合并一下啦）
alpha-phylogenetic-old
- 这个过时的 Method 移除了。需要通过qiime2获得scikit-bio的faith_pd 实现的用户可以使用q2_diversity_lib.alpha_phylogenetic_passthrough 1.
alpha-phylogenetic-alt

这个方法移除了，因为alpha-phylogenetic有这个实现。
q2-quality-filter 1
- q-score-joined
- 这个过时的 Method 移除了。q-score 方法可以处理合并的reads（joined reads）,所以没必要有两个方法。

请适当地更新你的脚本、流程等。卡壳了？请在QIIME 2论坛寻求帮助！希望在下次qiime2发布之前提前测试一下？请查看下面的开发环境说明:

https://dev.qiime2.org/latest/quickstart/ 3

QIIME 2 Framework

docs

q2-types

实施了改进的AlignedDNAFASTAFormat格式验证.
增加了对创建CasavaOneEightSingleLanePerSampleDirFmt格式的MANIFEST文件时的额外检查，来满足只有反向reads的数据。
增加了新类型和格式以处理 Bowtie2 文件。
添加了一个新的FeatureTable 变量－－ Design，表示转换／编码过的数据，作为仅包含正值的替代。

q2-phylogeny

更新了 IQ-TREE 2 1的引用信息 !(https://forum.qiime2.org/images/emoji/twitter/nail_care.png?v=9)
iqtree 和 iqtree-ultrafast-bootstrap, 添加了一个n_cores_auto新参数，当设置了n_cores auto时使用。也就是 n_cores_max 将限制自动设置的核心数。

q2-longitudinal 2

q2-sample-classifier

q2-quality-filter

q2-diversity

修复了alpha_rarefaction的一个阻止metadata的列命名为“depth”的bug。
连线了alpha, alpha_phylogenetic, beta, beta_phylogenetic,和 alpha_rarefaction 来在 q2_diversity_lib中实现的度量，以提高主要来源引用的灵活、安全和特异性。有关API的更改，请看上面的重大更新。

q2-diversity-lib

添加了alpha_passthrough, beta_passthrough和beta_phylogenetic_passthrough 的Methods,提供尚未在本地实施／限制的 unifracandscikit-biometrics的访问。大多数用户更愿意使用diversity.alpha,diversity.beta,或者diversity.beta_phylogenetic`

q2-demux