R语言编写NMF，其中迭代部分注释

认为，学算法，打印下来，一个一个看是最直观的，本来准备把NMF，每个函数都注解一遍，结果今天自己没事，看了下，乍一看一大片，用一个旁观者的视角看，我并不想继续读下去。所以代码给大家。因为实验室有打印机，我打印看，很快就知道什么流程了，纸上谈兵，上战场就~~~各种弱爆，想想就想哭。（不知道链接是不是一直有效，如果失效在Functional Biogeography of Ocean Microbes Revealedthrough Non-Negative Matrix Factorization 这篇文章里面）

# Non-negative matrix factorization

#
# Args:
# difcon: indicates how difference between the similarity matrice in two iteration.
#too small, in many times it has not convergenced in 2000 steps 
#too large, because it convergenced in 200 steps
#may try to see results on 1e-5,-6,-7,-8,-9,-10, to see if it is sensentive on convergence criteria
#非负矩阵分解
##参数：
#difcon：表示两次迭代中相似度矩阵之间的差异。
#too很小，在很多时候它还没有在2000步骤收敛
#too很大，因为它收敛了200步
#可能试图在1e-5，-6，-7，-8，-9，-10上看到结果，看它是否是敏感的在收敛准则上

#参数含义 Z：为输入矩阵；   K：为准备分类的个数；  method = "lee"：表示选用第一个提出NMF分解lee作者的基于欧式距离来分解；  num.iter = 2000：迭代次数；  seed = 10：初始化种子编号
NMF <- function(Z, k, method = "lee", eps = 1e-16, stopconv = 40, num.iter = 2000, difcon = 1e-10, ifseed = TRUE, seed = 10) {
n <- nrow(Z)              #输入矩阵Z的行数