neo4j图数据库：结构化数据流水线、非结构化数据流水线

最新推荐文章于 2024-05-27 17:40:22 发布

あずにゃん

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分类专栏：人工智能文章标签：人工智能

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neo4j图数据库：Cypher

neo4j图数据库：结构化数据流水线、非结构化数据流水线

命名实体审核任务：BERT中文预训练模型

命名实体审核任务：构建RNN模型

命名实体审核任务：模型训练

命名实体识别任务：BiLSTM+CRF part1

命名实体识别任务：BiLSTM+CRF part2

命名实体识别任务：BiLSTM+CRF part3

在线部分：werobot服务、主要逻辑服务、句子相关模型服务、BERT中文预训练模型+微调模型（目的：比较两句话text1和text2之间是否有关联）、模型在Flask部署

系统联调测试与部署

离线部分+在线部分：命名实体审核任务RNN模型、命名实体识别任务BiLSTM+CRF模型、BERT中文预训练+微调模型、werobot服务+flask

4.1 离线部分简要分析

学习目标:
- 了解离线部分的数据流水线以及组成部分.
- 了解各个组成部分的作用.
离线部分架构图:

离线部分架构展开图:

离线部分简要分析:
- 根据架构展开图图，离线部分可分为两条数据流水线，分别用于处理结构化数据和非结构化数据. 这里称它们为结构化数据流水线和非结构化数据流水线.

结构化数据流水线的组成部分:
- 结构化数据爬虫: 从网页上抓取结构化的有关医学命名实体的内容.
- 结构化数据的清洗: 对抓取的内容进行过滤和清洗, 以保留需要的部分.
- 命名实体审核: 对当前命名实体进行审核, 来保证这些实体符合我们的要求.
- 命名实体写入数据库: 将审核后的命名实体写入数据库之中, 供在线部分使用.

非结构化数据流水线的组成部分:
- 非结构化数据爬虫: 从网页上抓取非结构化的包含医学命名实体的文本.
- 非结构化数据清洗: 对非结构化数据进行过滤和清洗, 以保留需要的部分.
- 命名实体识别: 使用模型从非结构化文本中获取命名实体.
- 命名实体审核: 对当前命名实体进行审核, 来保证这些实体符合我们的要求.
- 命名实体写入数据库: 将审核后的命名实体写入数据库之中, 供在线部分使用.

说明:
- 因为本项目是以AI为核心的项目, 因为结构化与非结构化的数据爬虫和清洗部分的内容这里不做介绍, 但同学们要知道我们的数据来源.

4.2 结构化数据流水线

学习目标:
- 了解需要进行命名实体审核的数据内容.
- 掌握结构化数据流水线中命名实体审核的过程.
- 掌握结构化数据流水线中命名实体写入的过程.

需要进行命名实体审核的数据内容:

...
踝部急性韧带损伤.csv
踝部扭伤.csv
踝部骨折.csv
蹄铁形肾.csv
蹼状阴茎.csv
躁狂抑郁症.csv
躁狂症.csv
躁郁症.csv
躯体形式障碍.csv
躯体感染伴发的精神障碍.csv
躯体感染所致精神障碍.csv
躯体感觉障碍.csv
躯体疾病伴发的精神障碍.csv
转换性障碍.csv
转移性小肠肿瘤.csv
转移性皮肤钙化病.csv
转移性肝癌.csv
转移性胸膜肿瘤.csv
转移性骨肿瘤.csv
轮状病毒性肠炎.csv
轮状病毒所致胃肠炎.csv
软产道异常性难产.csv
...

每个csv文件的名字都是一种疾病名.

以躁狂症.csv为例, 有如下内容:

躁郁样
躁狂
行为及情绪异常
心境高涨
情绪起伏大
技术狂躁症
攻击行为
易激惹
思维奔逸
控制不住的联想
精神运动性兴奋

csv文件的内容是该疾病对应的症状, 每种症状占一行.

进行命名实体审核:
- 进行命名实体审核的工作我们这里使用AI模型实现, 包括训练数据集, 模型训练和使用的整个过程

删除审核后的可能存在的空文件:

# Linux 命令-- 删除当前文件夹下的空文件
find ./ -name "*" -type f -size 0c | xargs -n 1 rm -f

命名实体写入数据库:

将命名实体写入图数据库的原因:
写入的数据供在线部分进行查询，根据用户输入症状来匹配对应疾病.

将命名实体写入图数据库代码:

# 引入相关包
import os
import fileinput
from neo4j import GraphDatabase
from config import NEO4J_CONFIG

driver = GraphDatabase.driver( **NEO4J_CONFIG)

def _load_data(path):
    """
    description: 将path目录下的csv文件以指定格式加载到内存
    :param path:  审核后的疾病对应症状的csv文件
    :return:      返回疾病字典，存储各个疾病以及与之对应的症状的字典
                  {疾病1: [症状1, 症状2, ...], 疾病2: [症状1, 症状2, ...]
    """
    # 获得疾病csv列表
    disease_csv_list = os.listdir(path)
    # 将后缀.csv去掉, 获得疾病列表
    disease_list = list(map(lambda x: x.split(".")[0], disease_csv_list))

    # 初始化一个症状列表, 它里面是每种疾病对应的症状列表
    symptom_list = []
    # 遍历疾病csv列表
    for disease_csv in disease_csv_list:
        # 将疾病csv中的每个症状取出存入symptom列表中
        symptom = list(map(lambda x: x.strip(), 
                           fileinput.FileInput(os.path.join(path, disease_csv))))
        # 过滤掉所有长度异常的症状名
        symptom = list(filter(lambda x: 0<len(x)<100, symptom))
        symptom_list.append(symptom)
    # 返回指定格式的数据
    return dict(zip(disease_list, symptom_list))



def write(path):
    """
    description: 将csv数据写入到neo4j, 并形成图谱
    :param path: 数据文件路径
    """
    # 使用_load_data从持久化文件中加载数据
    disease_symptom_dict = _load_data(path)
    # 开启一个neo4j的session
    with driver.session() as session:

        for key, value in disease_symptom_dict.items():
            cypher = "MERGE (a:Disease{name:%r}) RETURN a" %key
            session.run(cypher)
            for v in value:
                cypher = "MERGE (b:Symptom{name:%r}) RETURN b" %v
                session.run(cypher)
                cypher = "MATCH (a:Disease{name:%r}) MATCH (b:Symptom{name:%r}) \
                          WITH a,b MERGE(a)-[r:dis_to_sym]-(b)" %(key, v)
                session.run(cypher)
        cypher = "CREATE INDEX ON:Disease(name)"
        session.run(cypher)
        cypher = "CREATE INDEX ON:Symptom(name)"
        session.run(cypher)

调用:

# 输入参数path为csv数据所在路径
path = "/data/doctor_offline/structured/reviewed/"
write(path)

输出效果:
通过可视化管理后台查看写入效果.

4.3 非结构化数据流水线

学习目标:
- 了解需要进行命名实体识别的数据内容.
- 掌握非结构化数据流水线中命名实体识别的过程.
- 掌握非结构化数据流水线中命名实体审核的过程.
- 掌握非结构化数据流水线中命名实体写入的过程.

需要进行命名实体识别的数据内容:

...
麻疹样红斑型药疹.txt
麻疹病毒肺炎.txt
麻痹性臂丛神经炎.txt
麻风性周围神经病.txt
麻风性葡萄膜炎.txt
黄体囊肿.txt
黄斑囊样水肿.txt
黄斑裂孔性视网膜脱离.txt
黄韧带骨化症.txt
黏多糖贮积症.txt
黏多糖贮积症Ⅰ型.txt
黏多糖贮积症Ⅱ型.txt
黏多糖贮积症Ⅵ型.txt
黏多糖贮积症Ⅲ型.txt
黏多糖贮积症Ⅶ型.txt
黑色丘疹性皮肤病.txt
...

每个txt文件的名字都是一种疾病名.

以黑色丘疹性皮肤病.txt为例, 有如下内容:

初呈微小、圆形、皮肤色或黑色增深的丘疹，单个或少数发生于颌部或颊部，皮损逐渐增大增多，数年中可达数百，除眶周外尚分布于面部、颈部和胸上部。皮损大小形状酷似脂溢性角化病及扁平疣鶒。不发生鳞屑，结痂和溃疡，亦无瘙痒及其他主观症状

txt中是对该疾病症状的文本描述.

进行命名实体识别:
- 进行命名实体识别的工作我们这里使用AI模型实现, 包括模型训练和使用的整个过程

进行命名实体审核:
- 同4.2 结构化数据流水线中的命名实体审核.

命名实体写入数据库:
- 同4.2 结构化数据流水线中的命名实体写入数据库.

本章总结:
- 学习了离线部分的数据流水线以及组成部分.
  - 根据架构展开图图，离线部分可分为两条数据流水线，分别用于处理结构化数据和非结构化数据. 这里称它们为结构化数据流水线和非结构化数据流水线.
- 结构化数据流水线的组成部分:
  - 结构化数据爬虫: 从网页上抓取结构化的有关医学命名实体的内容.
  - 结构化数据的清洗: 对抓取的内容进行过滤和清洗, 以保留需要的部分.
  - 命名实体审核: 对当前命名实体进行审核, 来保证这些实体符合我们的要求.
  - 命名实体写入数据库: 将审核后的命名实体写入数据库之中, 供在线部分使用.
- 非结构化数据流水线的组成部分:
  - 非结构化数据爬虫: 从网页上抓取非结构化的包含医学命名实体的文本.
  - 非结构化数据清洗: 对非结构化数据进行过滤和清洗, 以保留需要的部分.
  - 命名实体识别: 使用模型从非结构化文本中获取命名实体.
  - 命名实体审核: 对当前命名实体进行审核, 来保证这些实体符合我们的要求.
  - 命名实体写入数据库: 将审核后的命名实体写入数据库之中, 供在线部分使用.
- 学习了需要进行命名实体审核的数据内容.
- 学习了结构化/非结构化数据流水线中命名实体审核的过程.
- 学习了结构化/非结构化数据流水线中命名实体写入的过程.
- 学习了需要进行命名实体识别的数据内容.
- 非结构化数据流水线中命名实体识别的过程.

# 引入相关包
import os
import fileinput
""" neo4j-driver的安装：pip install neo4j-driver """
from neo4j import GraphDatabase

"""
./neo4j-community-3.5.18/conf/neo4j.conf中配置
	# Bolt 连接地址
	dbms.connector.bolt.enabled=true
	dbms.connector.bolt.tls_level=OPTIONAL
	dbms.connector.bolt.listen_address=0.0.0.0:7687
"""
#neo4j连接配置信息
NEO4J_CONFIG={
              #./neo4j-community-3.5.18/conf/neo4j.conf中配置的 dbms.connector.bolt.listen_address=0.0.0.0:7687
              "uri":"bolt://192.168.88.26:7687",
              #登录neo4j的用户名和密码
              "auth":("neo4j","nagisa"),
              #是否加密
              "encrypted":False
              }
#读取neo4j连接配置信息
driver = GraphDatabase.driver( **NEO4J_CONFIG)

def _load_data(path):
    """
    description: 将path目录下的csv文件以指定格式加载到内存
    :param path:  审核后的疾病对应症状的csv文件
    :return:      返回疾病字典，存储各个疾病以及与之对应的症状的字典
                  {疾病1: [症状1, 症状2, ...], 疾病2: [症状1, 症状2, ...], ... }
    """
    # 获得疾病csv文件名(带.csv)的列表
    disease_csv_list = os.listdir(path)
    # 将后缀.csv去掉, 获得csv文件名(不带.csv)的疾病列表
    disease_list = list(map(lambda x: x.split(".")[0], disease_csv_list))

    # 初始化一个症状列表, 它里面是每种疾病对应的症状列表
    symptom_list = []
    # 遍历csv文件名(不带.csv)的疾病列表
    for disease_csv in disease_csv_list:
        # 将疾病csv文件中的每个症状取出存入symptom列表中
        symptom = list(map(lambda x: x.strip(),
                           #读取每个csv文件名(带.csv)
                           fileinput.FileInput(os.path.join(path, disease_csv))))
        # 过滤掉所有长度异常的症状名
        symptom = list(filter(lambda x: 0<len(x)<100, symptom))
        #每种疾病csv文件对应的症状列表
        symptom_list.append(symptom)
    # 返回指定格式的数据：{疾病1: [症状1, 症状2, ...], 疾病2: [症状1, 症状2, ...], ... }
    return dict(zip(disease_list, symptom_list))

def write(path):
    """
    description: 将csv数据写入到neo4j, 并形成图谱
    :param path: 数据文件路径
    """
    # 使用_load_data从持久化文件中加载数据：{疾病1: [症状1, 症状2, ...], 疾病2: [症状1, 症状2, ...], ... }
    disease_symptom_dict = _load_data(path)
    # 开启一个neo4j的session
    with driver.session() as session:
        #遍历 字典中的 每个键值对
        for key, value in disease_symptom_dict.items():
            #merge命令: 若节点存在, 则等效与match命令; 节点不存在, 则等效于create命令.
            #使用“疾病名”作为 Disease节点标签下的name属性对应的属性值
            cypher = "MERGE (a:Disease{name:%r}) RETURN a" %key
            session.run(cypher)
            #遍历该key(疾病名)对应的症状列表中每个症状
            for v in value:
                #使用“症状名”作为 Symptom节点标签下的name属性对应的属性值
                cypher = "MERGE (b:Symptom{name:%r}) RETURN b" %v
                session.run(cypher)
                # MATCH命令: 匹配(查询)已有数据。使用merge创建关系: 可以创建有/无方向性的关系。
                # 创建一个节点a到b的无方向关系, 这个关系r的标签为dis_to_sym, 代表a-dis_to_sym-b，即疾病名-dis_to_sym-症状名，方向为相互的
                cypher = "MATCH (a:Disease{name:%r}) MATCH (b:Symptom{name:%r}) WITH a,b MERGE(a)-[r:dis_to_sym]-(b)" %(key, v)
                session.run(cypher)
        #创建索引: 使用create index on:节点标签(属性名)来创建索引
        cypher = "CREATE INDEX ON:Disease(name)"
        session.run(cypher)
        cypher = "CREATE INDEX ON:Symptom(name)"
        session.run(cypher)

# 输入参数path为csv数据所在路径：结构化的命名实体审核过的数据
#structured 表示结构化数据。reviewed表示命名实体审核过的数据内容
path = "./data/structured/reviewed/"
write(path)

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日萌社人工智能AI：Keras PyTorch MXNet TensorFlow PaddlePaddle 深度学习实战（不定时更新）4.1 离线部分简要分析学习目标: 了解离线部分的数据流水线以及组成部分. 了解各个组成部分的作用. 离线部分架构图:离线部分架构展开图:离线部分简要分析: 根据架构展开图图，离线部分可分为两条数据流水线，分别用于处理结构化数据和非结构化数据. 这里称它们为结构化数据流水线和非结构化数据流水线. 结构化数据流水线的组成部分: .
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